Nucleoproteína

Las nucleoproteínas son proteínas conjugadas con ácidos nucleicos (ya sea ADN o ARN ). ^[1] Las nucleoproteínas típicas incluyen ribosomas , nucleosomas y proteínas de la nucleocápside viral.

Las nucleoproteínas tienden a tener carga positiva, lo que facilita la interacción con las cadenas de ácidos nucleicos con carga negativa. Se conocen las estructuras terciarias y las funciones biológicas de muchas nucleoproteínas. ^{[2] [3]} Las técnicas importantes para determinar las estructuras de las nucleoproteínas incluyen la difracción de rayos X , la resonancia magnética nuclear y la criomicroscopía electrónica .

Los genomas de los virus (ya sea ADN o ARN ) están extremadamente compactados en la cápside viral . ^{[4] [5]} Por lo tanto, muchos virus son poco más que una colección organizada de nucleoproteínas con sus sitios de unión apuntando hacia adentro. Las nucleoproteínas virales caracterizadas estructuralmente incluyen influenza , ^[6] rabia , ^[7] ébola , bunyamwera , ^[8] Schmallenberg , ^[8] hazara , ^[9] fiebre hemorrágica de Crimea-Congo , ^[10] y Lassa . ^[11]

Una desoxirribonucleoproteína (DNP) es un complejo de ADN y proteína. ^[12] Los ejemplos prototípicos son los nucleosomas , complejos en los que el ADN genómico se envuelve alrededor de grupos de ocho proteínas histonas en los núcleos de las células eucariotas para formar la cromatina . Las protaminas reemplazan a las histonas durante la espermatogénesis.

Las desoxirribonucleoproteínas más extendidas son los nucleosomas , cuyo componente es el ADN nuclear . Las proteínas combinadas con el ADN son las histonas y las protaminas ; las nucleoproteínas resultantes se encuentran en los cromosomas . Por tanto, todo el cromosoma , es decir, la cromatina en los eucariotas, está formada por dichas nucleoproteínas. ^{[2] [13]}

En las células eucariotas, el ADN está asociado con una masa aproximadamente igual de proteínas histonas en un complejo nucleoproteico altamente condensado llamado cromatina . ^[14] Las desoxirribonucleoproteínas en este tipo de complejo interactúan para generar un complejo regulador multiproteico en el que el ADN intermedio se enrolla o forma un bucle. Las desoxirribonucleoproteínas participan en la regulación de la replicación y transcripción del ADN. ^[15]

Las desoxirribonucleoproteínas también participan en la recombinación homóloga , un proceso de reparación del ADN que parece ser casi universal. Un paso intermedio central en este proceso es la interacción de múltiples copias de una proteína recombinasa con ADN monocatenario para formar un filamento de DNP. Las recombinasas empleadas en este proceso son producidas por arqueas (recombinasa RadA), ^[16] por bacterias (recombinasa RecA) ^[17] y por eucariotas desde levaduras hasta humanos ( recombinasas Rad51 y Dmc1 ). ^[18]

Una ribonucleoproteína (RNP) es un complejo de ácido ribonucleico y proteína de unión al ARN . Estos complejos desempeñan un papel integral en una serie de funciones biológicas importantes que incluyen la transcripción, la traducción y la regulación de la expresión génica ^[20] y la regulación del metabolismo del ARN. ^[21] Algunos ejemplos de RNP incluyen el ribosoma , la enzima telomerasa , las ribonucleoproteínas de la bóveda , la ARNasa P , hnRNP y las RNP nucleares pequeñas ( snRNP ), que se han implicado en el empalme del pre-ARNm ( spliceosoma ) y se encuentran entre los principales componentes del nucléolo . ^[22] Algunos virus son ribonucleoproteínas simples, que contienen solo una molécula de ARN y varias moléculas de proteína idénticas. Otros son complejos de ribonucleoproteína o desoxirribonucleoproteína que contienen varias proteínas diferentes y, excepcionalmente, más moléculas de ácido nucleico. ^{[ cita requerida ]} Actualmente, se pueden encontrar más de 2000 RNP en el banco de datos de proteínas (PDB) del RCSB. ^[23] Además, la base de datos de interfaz proteína-ARN (PRIDB) posee una colección de información sobre las interfaces proteína-ARN basada en datos extraídos del PDB. ^[24] Algunas características comunes de las interfaces proteína-ARN se dedujeron en base a estructuras conocidas. Por ejemplo, las RNP en las snRNP tienen un motivo de unión al ARN en su proteína de unión al ARN. Los residuos de aminoácidos aromáticos en este motivo dan como resultado interacciones de apilamiento con el ARN. Los residuos de lisina en la porción helicoidal de las proteínas de unión al ARN ayudan a estabilizar las interacciones con los ácidos nucleicos. Esta unión de ácidos nucleicos se fortalece por la atracción electrostática entre las cadenas laterales de lisina positiva y las cadenas principales de fosfato de ácidos nucleicos negativos . Además, es posible modelar las RNP computacionalmente. ^[25] Aunque los métodos computacionales para deducir las estructuras de las RNP son menos precisos que los métodos experimentales, proporcionan un modelo aproximado de la estructura que permite predecir la identidad de los aminoácidos y los residuos de nucleótidos importantes. Esta información ayuda a comprender la función general de las RNP.

'RNP' también puede referirse a partículas de ribonucleoproteína . Las partículas de ribonucleoproteína son focos intracelulares distintos para la regulación postranscripcional . Estas partículas juegan un papel importante en la replicación del virus de la influenza A. [ ^27] El genoma viral de la influenza está compuesto por ocho partículas de ribonucleoproteína formadas por un complejo de ARN de sentido negativo unido a una nucleoproteína viral. Cada RNP lleva consigo un complejo de ARN polimerasa . Cuando la nucleoproteína se une al ARN viral , es capaz de exponer las bases de nucleótidos que permiten que la polimerasa viral transcriba el ARN. En este punto, una vez que el virus ingresa a una célula huésped, estará preparado para comenzar el proceso de replicación.

Los anticuerpos anti-RNP son autoanticuerpos asociados con la enfermedad mixta del tejido conectivo y también se detectan en casi el 40% de los pacientes con lupus eritematoso . Dos tipos de anticuerpos anti-RNP están estrechamente relacionados con el síndrome de Sjögren : SS-A (Ro) y SS-B (La). Los autoanticuerpos contra snRNP se denominan anticuerpos anti-Smith y son específicos del LES. La presencia de un nivel significativo de anti-U1-RNP también sirve como un posible indicador de EMTC cuando se detecta junto con varios otros factores. ^[28]

Las ribonucleoproteínas desempeñan una función de protección. Los ARNm nunca se encuentran como moléculas de ARN libres en la célula. Siempre se asocian con ribonucleoproteínas y funcionan como complejos de ribonucleoproteínas. ^[14]

De la misma manera, los genomas de los virus de ARN de cadena negativa nunca existen como moléculas de ARN libre. Las ribonucleoproteínas protegen sus genomas de la ARNasa . ^[29] Las nucleoproteínas son a menudo los principales antígenos de los virus porque tienen determinantes antigénicos específicos de la cepa y del grupo .

• Proteína de unión al ADN
• Proteína de unión al ARN

• Base de datos de interfaz proteína-ARN PRIDB