TMUB2
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| Identificadores | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alias | TMUB2 , FP2653, dominio transmembrana y similar a la ubiquitina que contiene 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identificaciones externas | MGI : 1919303; HomoloGene : 18581; GeneCards : TMUB2; OMA : TMUB2 - ortólogos | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Wikidatos | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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La proteína 2 que contiene el dominio transmembrana y similar a la ubiquitina es una proteína que en los humanos está codificada por el gen TMUB2 . [4] [5] [6]
Gene
El gen TMUB2 se encuentra en el cromosoma humano 17 , en el locus 17q21.31. [6] TMUB2 se encuentra entre dos genes vecinos, ASB16-AS1 a la izquierda y ATXN7L3 a la derecha. [7] TMUB2 tiene una longitud de 4,99 Kb . El gen TMUB2 se puede transcribir en tres posibles variantes de ARNm . [8]
Expresión
Es probable que TMUB2 se exprese de forma ubicua en todo el cuerpo humano. [9] Tiene un alto nivel de expresión que es 2,9 veces mayor que otros genes humanos . [10] [11]
Proteína
La proteína TMUB2 tiene una función que actualmente no se conoce. Consiste en una cadena larga de 321 aminoácidos en humanos. La proteína humana tiene un peso molecular de 33,8 kdal , un punto isoeléctrico de 4,73899 y tres regiones transmembrana . [12] Es probable que varíen en los ortólogos .
Homología
Parálogos
TMUB1 es el único parálogo de TMUB2. [13] [14] Estas proteínas comparten un 38% de identidad y un 51% de similitud. [15]
Ortólogos
La siguiente tabla presenta una selección de algunos de los ortólogos de TMUB2 para mostrar la diversidad de proteínas entre especies . [15]
| Especies | Nombre común | Número de acceso | Longitud de secuencia (aa) | Identidad de secuencia | Similitud de secuencia |
|---|---|---|---|---|---|
| Pan trogloditas | Chimpancé | XP_003953053.1 | 301 | 100% | 100% |
| Felis Catus | Gato | XP_003997025.1 | 322 | 95% | 95% |
| Músculo músculo | Ratón | AAH29841.2 | 319 | 85% | 88% |
| Caimán Mississippiensus | Caimán | XP_006271613.1 | 306 | 61% | 71% |
| Haliaeetus leucocephalus | Águila calva | XP_010559728 | 301 | 59% | 70% |
| Danio rerio | Pez cebra | NP_001005573.1 | 291 | 47% | 60% |
| Acromyrmex echinatior | Hormiga | XP_011049429.1 | 354 | 23% | 42% |
| Nannochloropsis gaditana * | Algas | EWM26843.1 | 476 | 41% | 54% |
| Coccidioides immitis RS * | Hongo patógeno | XP_001242306.1 | 418 | 38% | 50% |
*Cobertura de consultas limitada
Interacciones de proteínas
En los seres humanos, la ubiquitina C (UBC) es una proteína con una interacción conocida con TMUB2. [16] [17] [18] [19] Otras interacciones propuestas incluyen BCL2L13 (BCL2-like 13), [20] SGTA (proteína pequeña rica en glutamina que contiene repeticiones de tetratricopéptidos), [20] y UBQLN1 (ubiquilina-1). [20] [21] [22]
Referencias
- ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000034757 – Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Referencia de PubMed sobre ratón". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (junio de 1996). "Un método de "doble adaptador" para mejorar la construcción de bibliotecas de escopetas". Anal Biochem . 236 (1): 107–113. doi :10.1006/abio.1996.0138. PMID 8619474.
- ^ Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (junio de 1997). "Secuenciación de ADNc por concatenación a gran escala". Genome Res . 7 (4): 353–8. doi :10.1101/gr.7.4.353. PMC 139146 . PMID 9110174.
- ^ ab "Gen Entrez: dominio transmembrana TMUB2 y similar a ubiquitina que contiene 2".
- ^ Navegador de genomas de la UCSC: búsqueda BLAT
- ^ Gen NCBI: TMUB2
- ^ Visor de perfiles EST: humano
- ^ Vista previa: TMUB2
- ^ Perfiles GEO del NCBI
- ^ Banco de trabajo de biología SDSC 2.0
- ^ Tarjetas genéticas: TMUB2
- ^ Gen NCBI: TMUB1
- ^ ab NCBI BLAST: Herramienta básica de búsqueda de alineación local
- ^ Danielsen Jannie señor; Sylvestersen Kathrine B; Bekker-Jensen Simon; Szklarczyk Damián; Poulsen Jon W; Cuerno Heiko; Jensen Lars J; Mailand Niels; Nielsen Michael L. (2011). "El análisis espectrométrico de masas de la ubiquitilación de lisina revela promiscuidad a nivel de sitio". Proteómica molecular y celular . 10 (3): M110.003590. doi : 10.1074/mcp.M110.003590 . PMC 3047152 . PMID 21139048.
- ^ Wagner SA; Beli P.; Weinert BT; Nielsen ML; Cox J.; Mann M.; Choudhary C. (2011). "Un estudio cuantitativo de sitios de ubiquitilación in vivo en todo el proteoma revela funciones reguladoras generalizadas". Molecular & Cellular Proteomics . 10 (10): M111.013284. doi : 10.1074/mcp.M111.013284 . PMC 3205876 . PMID 21890473.
- ^ Kim Woong; Bennett Eric J.; Huttlin Edward L.; Guo Ailan; Li Jing; Possemato Anthony; Sowa Mathew E.; et al. (2011). "Evaluación sistemática y cuantitativa del proteoma modificado por ubiquitina". Molecular Cell . 44 (2): 325–40. doi :10.1016/j.molcel.2011.08.025. PMC 3200427 . PMID 21906983.
- ^ Povlsen Lou K.; Beli Petra; Wagner Sebastian A.; Poulsen Sara L.; Sylvestersen Kathrine B.; Poulsen Jon W.; Nielsen Michael L.; Bekker-Jensen Simon; Mailand Niels; Choudhary Chunaram (2012). "El análisis de la dinámica de la ubiquitinación en todo el sistema revela un papel clave para la ubiquitinación de PAF15 en la evasión del daño del ADN". Nature Cell Biology . 14 (10): 1089–1098. doi :10.1038/ncb2579. PMID 23000965. S2CID 26442522.
- ^ abc Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, et al. (noviembre de 2014). "Un mapa a escala del proteoma de la red del interactoma humano". Cell . 159 (5): 1212–26. doi :10.1016/j.cell.2014.10.050. PMC 4266588 . PMID 25416956.
- ^ STRING: Redes de asociación de proteínas funcionales
- ^ Base de datos BioGRID
Lectura adicional
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "Clonación de ADN mediante recombinación específica de sitio in vitro". Genome Res . 10 (11): 1788–1795. doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948 . PMID 11076863.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Hacia un catálogo de genes y proteínas humanas: secuenciación y análisis de 500 nuevos ADNc humanos que codifican proteínas completas". Genome Res . 11 (3): 422–435. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072 . PMID 11230166.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generación y análisis inicial de más de 15.000 secuencias completas de ADNc humano y de ratón". Proc. Natl. Sci. EE. UU . . 99 (26): 16899–16903. Bibcode :2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932.
- Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "La iniciativa de descubrimiento de proteínas secretadas (SPDI), un esfuerzo a gran escala para identificar nuevas proteínas humanas secretadas y transmembrana: una evaluación bioinformática". Genome Res . 13 (10): 2265–2270. doi :10.1101/gr.1293003. PMC 403697 . PMID 12975309.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Secuenciación completa y caracterización de 21.243 ADNc humanos de longitud completa". Nat. Genet . 36 (1): 40–45. doi : 10.1038/ng1285 . PMID: 14702039.
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- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "Del ORFeome a la biología: una línea de trabajo genómica funcional". Genome Res . 14 (10B): 2136–2144. doi :10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336 .
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