Norma mínima de información
Los estándares mínimos de información son conjuntos de pautas y formatos para informar los datos derivados de métodos específicos de alto rendimiento. Su propósito es garantizar que los datos generados por estos métodos puedan ser verificados, analizados e interpretados fácilmente por la comunidad científica en general . En última instancia, facilitan la transferencia de datos de artículos de revistas (datos no estructurados) a bases de datos (datos estructurados) en un formato que permite extraer datos de múltiples conjuntos de datos. Los estándares mínimos de información están disponibles para una amplia variedad de tipos de experimentos, incluidos los microarrays ( MIAME ), RNAseq ( MINSEQE ), metabolómica (MSI) y proteómica ( MIAPE ). [1]
Los estándares mínimos de información suelen tener dos partes. En primer lugar, hay un conjunto de requisitos de presentación de informes, que normalmente se presentan como una tabla o una lista de verificación. En segundo lugar, hay un formato de datos. La información sobre un experimento debe convertirse al formato de datos adecuado para que se envíe a la base de datos pertinente. En el caso de MIAME , el formato de datos se proporciona en formato de hoja de cálculo (MAGE-TAB). Algunas de las comunidades que mantienen estándares mínimos de información también proporcionan herramientas para ayudar a los investigadores experimentales a anotar sus datos. [1]
Normas MI
Los estándares de información mínima individuales son elaborados por las comunidades de especialistas interdisciplinarios centrados en la problemática del método específico utilizado en biología experimental. Los estándares luego proporcionan especificaciones sobre qué información sobre los experimentos ( metadatos ) es crucial e importante para ser reportada junto con los datos resultantes para que sea completa. [2] [3] La necesidad de esta estandarización está impulsada en gran medida por el desarrollo de métodos experimentales de alto rendimiento que proporcionan enormes cantidades de datos. El desarrollo de estándares de información mínima de diferentes métodos se está armonizando desde 2008 mediante el proyecto "Información mínima sobre una investigación biomédica o biológica" (MIBBI). [4]
MIAPPE, Información mínima sobre un experimento de fenotipado de plantas
MIAPPE es un proyecto abierto, impulsado por la comunidad, que tiene como objetivo armonizar los datos de los experimentos de fenotipado de plantas. MIAPPE comprende una lista conceptual de metadatos necesarios para describir adecuadamente un experimento de fenotipado de plantas.
MIQE, Información mínima para la publicación de experimentos de PCR cuantitativa en tiempo real
Estas directrices se publicaron en 2009 como base de los requisitos que deben cumplir muchas revistas a la hora de enviar datos de QPCR, pero lamentablemente no se cumplen lo suficiente. [5]
MIAME, microarray de expresión génica
Información mínima sobre un experimento de microarrays (MIAME) [3] describe la información mínima sobre un experimento de microarrays que se necesita para permitir la interpretación de los resultados del experimento de manera inequívoca y potencialmente reproducir el experimento y tiene como objetivo facilitar la difusión de datos de experimentos de microarrays. Fue publicado por la FGED Society en 2001 y fue el primer estándar de información mínima publicado para experimentos de alto rendimiento en las ciencias de la vida.
MIAME contiene una serie de extensiones para cubrir dominios biológicos específicos, incluidos MIAME-env, MIAME-nut y MIAME-tox, que cubren la genómica ambiental, la genómica nutricional y la toxogenómica, respectivamente.
MINI: Información mínima sobre una investigación en neurociencia
MINI: Electrofisiología
La electrofisiología es una tecnología que se utiliza para estudiar las propiedades eléctricas de las células y los tejidos biológicos. La electrofisiología generalmente implica la medición de cambios de voltaje o flujo de corriente eléctrica en una amplia variedad de escalas, desde proteínas de un solo canal iónico hasta tejidos completos. Este documento es un módulo único, como parte de la familia de documentos de pautas de presentación de informes de Información mínima sobre una investigación en neurociencia (MINI), producido mediante consulta comunitaria y continuamente disponible para comentarios públicos. Un módulo MINI representa la información mínima que se debe informar sobre un conjunto de datos para facilitar el acceso y el análisis computacional para permitir que un lector interprete y evalúe críticamente los procesos realizados y las conclusiones alcanzadas, y para respaldar su corroboración experimental. En la práctica, un módulo MINI comprende una lista de verificación de información que se debe proporcionar (por ejemplo, sobre los protocolos empleados) cuando se describe un conjunto de datos para su publicación. La especificación completa del módulo MINI se puede encontrar aquí. [6]
MIARE, experimento de ARNi
Información mínima sobre un experimento de ARNi (MIARE) es una guía de informe de datos que describe la información mínima que debe informarse sobre un experimento de ARNi para permitir la interpretación y reproducción inequívocas de los resultados.
MIACA, ensayo basado en células
Los avances en genómica y genómica funcional han permitido realizar análisis a gran escala de la función de genes y proteínas mediante análisis biológicos celulares de alto rendimiento. De este modo, las células en cultivo pueden ser perturbadas in vitro y los efectos inducidos registrados y analizados. Las perturbaciones pueden desencadenarse de varias maneras, por ejemplo, con moléculas (siRNA, construcciones de expresión, pequeños compuestos químicos, ligandos para receptores, etc.), a través de tensiones ambientales (como cambios de temperatura, falta de suero, privación de oxígeno, etc.), o combinaciones de las mismas. Las respuestas celulares a dichas perturbaciones se analizan para identificar eventos moleculares en los procesos biológicos abordados y comprender los principios biológicos. Proponemos la Información Mínima Acerca de un Ensayo Celular (MIACA) para informar un ensayo celular, y CA-OM, el modelo de objeto de ensayo celular modular, para facilitar el intercambio de datos e información complementaria, y para comparar e integrar datos que se originan a partir de enfoques diferentes, aunque complementarios, y para dilucidar principios de orden superior. Hay documentos que describen MIACA y brindan información adicional, así como la lista de términos que deben informarse.
MIAPE, experimentos proteómicos
Los documentos de Información mínima sobre un experimento proteómico describen la información que se debe proporcionar junto con un experimento proteómico. El documento principal describe los procesos y principios que sustentan el desarrollo de una serie de documentos específicos del dominio que ahora cubren todos los aspectos de un flujo de trabajo de proteómica basado en MS.
MIMIx, interacciones moleculares
Este documento ha sido desarrollado y mantenido por el grupo de trabajo de Interacción Molecular de HUPO-PSI (www.psidev.info) y describe la información mínima sobre un experimento de Interacción Molecular.
MIAPAR, reactivos de afinidad proteica
La información mínima sobre un reactivo de afinidad de proteínas ha sido desarrollada y mantenida por el grupo de trabajo de interacción molecular de HUPO-PSI (www.psidev.info) en conjunto con la Iniciativa de anticuerpos de HUPO y un consorcio europeo de productores de aglutinantes y busca alentar a los usuarios a mejorar su descripción de los reactivos de unión, como los anticuerpos, utilizados en el proceso de identificación de proteínas.
MIABE, entidades bioactivas
La información mínima sobre una entidad bioactiva fue elaborada por representantes de grandes compañías farmacéuticas y del mundo académico que buscan mejorar la descripción de moléculas generalmente pequeñas que se unen a objetivos específicos de un organismo vivo y potencialmente modulan su actividad. Este documento abarca moléculas similares a fármacos, así como herbicidas, pesticidas y aditivos alimentarios. Se mantiene principalmente a través del programa EMBL-EBI Industry (www.ebi.ac.uk/industry).
MIGS/MIMS, secuencias de genoma/metagenoma
Esta especificación está siendo desarrollada por el Consorcio de Estándares Genómicos
MIFlowCyt, citometría de flujo
Información mínima sobre un experimento de citometría de flujo
La Información Mínima sobre un Experimento de Citometría de Flujo (MIFlowCyt) es un estándar relacionado con la citometría de flujo que establece criterios para registrar información sobre la descripción general del experimento, las muestras, la instrumentación y el análisis de datos. [2] Promueve la anotación consistente de cuestiones clínicas, biológicas y técnicas relacionadas con un experimento de citometría de flujo . [2] [7] [8]
MISFISHIE, experimentos de hibridación in situ e inmunohistoquímica
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MIAPA, Análisis filogenético
Los criterios para la información mínima sobre un análisis filogenético se describieron en 2006. [9]
MIRAGE, Glicómica
El proyecto MIRAGE cuenta con el apoyo y la coordinación del Beilstein-Institut para establecer directrices para el manejo y procesamiento de datos en la investigación glicómica [1] [10] [11]
MIAO, ORF
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MIAMET, experimento de metabolómica
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MIAFGE, Experimento de Genómica Funcional
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MIRIAM, Información mínima requerida en la anotación de modelos
La Información Mínima Requerida en la Anotación de Modelos ( MIRIAM ), es un conjunto de reglas para la curación y anotación de modelos cuantitativos de sistemas biológicos.
MIASE, Información mínima sobre un experimento de simulación
La Información Mínima Acerca de un Experimento de Simulación ( MIASE ) es un esfuerzo por estandarizar la descripción de experimentos de simulación en el campo de la biología de sistemas.
CIMR, información básica para la elaboración de informes de metabolómica
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STRENDA, Normas para la presentación de datos enzimáticos
Los Estándares para la presentación de informes de datos enzimáticos ( STRENDA ) son una iniciativa que se centra específicamente en el desarrollo de directrices para la presentación de informes (descripción de metadatos) de experimentos enzimáticos con el objetivo de mejorar la calidad de los datos enzimáticos publicados en la literatura científica.
Referencias
- ^ ab EMBL-EBI. «Estándares mínimos de información | Bioinformática para los aterrorizados» . Consultado el 28 de junio de 2021 . Este artículo incorpora texto disponible bajo la licencia CC BY 4.0.
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Enlaces externos
- MIBBI (Información Mínima para Investigaciones Biológicas y Biomédicas) Una 'ventanilla única' para explorar la gama de proyectos existentes, fomentar el desarrollo colaborativo y, en última instancia, promover la integración gradual.
- Catálogo BioSharing
