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Las nucleasas quiméricas son un ejemplo de proteínas diseñadas que deben comprender un dominio de unión al ADN para dar especificidad a la secuencia y un dominio de nucleasa para la escisión del ADN .
Los dominios de unión al ADN, incluidos los motivos básicos hélice-bucle-hélice , dedo de zinc , hélice-giro-hélice y cremallera de leucina , se han utilizado en la construcción de nucleasas específicas de secuencia. De estos, se ha sugerido que los dedos de zinc son los más importantes debido a su modularidad, lo que permite la construcción de un dominio de unión al ADN hecho a medida. [1]
El dominio de nucleasa es responsable de la escisión física de las cadenas de ADN y puede introducir roturas tanto de cadena simple como de cadena doble. FokI es un ejemplo de una endonucleasa específica de secuencia cuyo dominio de nucleasa no específico introduce roturas de cadena doble y se ha utilizado en una variedad de experimentos que incluyen la identificación de sitios de unión de alta y baja afinidad de factores de transcripción in vitro , para estudiar el reclutamiento de factores a sitios promotores in vivo utilizando la identificación de la posición de la proteína con un ensayo de cola de nucleasa y para estudiar proteínas específicas para la interacción con el ADN en la conformación Z-ADN (Durai et al., 2005 y referencias allí).