Biomodelos
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| Contenido | |
|---|---|
| Descripción | Un repositorio para almacenar, intercambiar y recuperar modelos computacionales de interés biológico. |
| Tipos de datos capturados | modelos computacionales |
| Organismos | todo |
| Contacto | |
| Centro de investigación | EMBL-EBI , BI , Caltech |
| Cita primaria | Número de identificación personal 20587024 |
| Fecha de lanzamiento | 2005 |
| Acceso | |
| Normas | MIRIAM |
| Formato de datos | SBML , BioPAX , SciLab , Octave , XPP, VCML, RDF/XML |
| Sitio web | Instancia principal de EBI, espejo de Caltech |
| Descargar URL | FTP de EBI |
| URL del servicio web | JABÓN |
| Herramientas | |
| Web | Visualización de modelos, múltiples estrategias de navegación, búsqueda avanzada, descarga masiva, modelo del mes |
| Misceláneas | |
| Licencia | Dedicación de dominio público CC0 |
| Versión | 28 (septiembre de 2014) |
| Política de curación | Sí (manual) |
Entidades que se pueden marcar como favoritas | Sí |
BioModels es un repositorio gratuito y de código abierto para almacenar, intercambiar y recuperar modelos cuantitativos de interés biológico creado en 2006. [1] [2] [3] Todos los modelos en la sección curada de la base de datos BioModels han sido descritos en literatura científica revisada por pares .
Los modelos almacenados en la rama curada de BioModels cumplen con MIRIAM , el estándar de curación y anotación de modelos. Los curadores han simulado los modelos para comprobar que, cuando se ejecutan en simulaciones, proporcionan los mismos resultados que se describen en la publicación. Los componentes del modelo están anotados, por lo que los usuarios pueden identificar cómodamente cada elemento del modelo y recuperar más información de otros recursos.
Los modeladores pueden enviar los modelos en SBML y CellML . Posteriormente, los modelos se pueden descargar en SBML , VCML , XPP, SciLab , Octave , BioPAX y RDF/XML . Las redes de reacción de los modelos se presentan en algunos formatos gráficos, como PNG , SVG y el applet gráfico de Java , en el que algunas redes se presentaron siguiendo la Notación Gráfica de Biología de Sistemas . Además, hay disponible un resumen legible por humanos de cada modelo en formato PDF .
Contenido
BioModels se compone de varias ramas. La rama curada alberga modelos que están bien curados y anotados. La rama no curada proporciona modelos que aún no están curados, que no se pueden curar (modelos espaciales, modelos de estado estable, etc.) o que son demasiado grandes para curarlos. Los modelos no curados se pueden mover más tarde a la rama curada. El repositorio también alberga modelos que se generaron automáticamente a partir de bases de datos de rutas.
Todos los modelos están disponibles gratuitamente bajo la licencia Creative Commons CC0 Public Domain Dedication y se puede acceder a ellos fácilmente a través del sitio web o los servicios web. [4] También se pueden descargar archivos de todos los modelos desde el servidor FTP de EBI.
BioModels anunció su 31.° lanzamiento el 26 de junio de 2017. [5] Actualmente, ofrece públicamente 144 710 modelos. Esto corresponde a 1640 modelos publicados en la literatura y 143 070 modelos generados automáticamente a partir de recursos de vías.
La deposición de modelos en BioModels es recomendada por muchas revistas científicas, incluidas Molecular Systems Biology , todas las revistas de la Public Library of Science , todas las revistas de BioMed Central y todas las revistas publicadas por la Royal Society of Chemistry .
Desarrollo
BioModels es desarrollado por el equipo BioModels.net en el EMBL - EBI , Reino Unido, el laboratorio Le Novère en el Instituto Babraham , Reino Unido, y el equipo SBML en Caltech , EE. UU. [6]
Fondos
El desarrollo de BioModels se ha beneficiado de los fondos del Laboratorio Europeo de Biología Molecular , el Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas , la Iniciativa de Medicamentos Innovadores , el Séptimo Programa Marco (7PM) , el Instituto Nacional de Ciencias Médicas Generales , la DARPA y el Centro Nacional de Recursos de Investigación .
Referencias
- ^ Le Novère N. , Bornstein B., Broicher A., Courtot M., Donizelli M., Dharuri H., Li L., Sauro H., Schilstra M., Shapiro B., Snoep JL, Hucka M. Base de datos BioModels: una base de datos centralizada y gratuita de modelos cinéticos cuantitativos, publicados y seleccionados de sistemas bioquímicos y celulares. Nucleic Acids Research (2006), 34: D689-D691.
- ^ Li, Chen; Donizelli, Marco; Rodriguez, Nicolas; Dharuri, Harish; Endler, Lukas; Chelliah, Vijayalakshmi; Li, Lu; He, Enuo; Henry, Arnaud; Stefan, Melanie I; Snoep, Jacky L; Hucka, Michael; Le Novère, Nicolas ; Laibe, Camille (2010). "Base de datos BioModels: un recurso mejorado, curado y anotado para modelos cinéticos cuantitativos publicados". BMC Systems Biology . 4 (1): 92. doi : 10.1186/1752-0509-4-92 . PMC 2909940 . PMID 20587024.
- ^ Chelliah V., Juty N., Ajmera I., Raza A., Dumousseau M., Glont M., Hucka M., Jalowicki G., Keating S., Knight-Schrijver V., Lloret-Villas A., Natarajan K., Pettit J.-B., Rodriguez N., Schubert M., Wimalaratne S., Zhou Y., Hermjakob H., Le Novère N., Laibe C. BioModels: décimo aniversario. Investigación de ácidos nucleicos (2015) 43 (D1): D542-D548
- ^ Li C., Courtot M., Le Novère N. y Laibe C (2009) BioModels.net Web Services, un conjunto de herramientas gratuito e integrado para software de modelado computacional, Briefings in Bioinformatics, doi :10.1093/bib/bbp056
- ^ Base de datos BioModels: Hinxton, 26 de junio de 2017
- ^ Financiadores y colaboradores de BioModels
Enlaces externos
- Sitio web oficial de BioModels
- Sitio espejo de Caltech
