Anne O'Tate

Anne O'Tate es una aplicación web gratuita [1] que analiza conjuntos de registros identificados en PubMed , la base de datos bibliográfica de artículos de más de 5.500 revistas biomédicas de todo el mundo. Si bien PubMed tiene su propia gama amplia de opciones de búsqueda para identificar conjuntos de registros relevantes para la consulta de un investigador, carece de la capacidad de analizar estos conjuntos de registros en mayor profundidad, un proceso para el cual se han utilizado los términos minería de texto y desglose . Anne O'Tate puede realizar dicho análisis y puede procesar conjuntos de hasta 25.000 registros de PubMed. [1]

Descripción

Una vez que se ha identificado un conjunto de artículos utilizando Anne O'Tate con su interfaz similar a PubMed y su sintaxis de búsqueda, se puede analizar el conjunto y se pueden mostrar las palabras y los conceptos mencionados en 'campos' (secciones) específicos de los registros de PubMed en orden de frecuencia. [2] Los 'campos' que Anne O'Tate puede mostrar de esta manera son:

Temas (MeSH)

Esta opción puede ayudar a identificar posibles encabezados de temas médicos (conocidos como términos MeSH, pero llamados "Temas" por Anne O'Tate) para un tema para el cual no existe un encabezado de tema o "término de entrada" (referencias cruzadas al término MeSH preferido) correspondiente o donde el proceso de mapeo automático de PubMed (identificar un término MeSH e incluirlo en una formulación de búsqueda) falla.

Por ejemplo, si se buscan artículos sobre “Transferencia de conocimientos” (para los que no existe ningún término MeSH o de entrada correspondiente), se obtendrá un conjunto de unos 530 estudios en PubMed (hasta agosto de 2011); el análisis de Anne O'Tate sugiere que términos MeSH como “Difusión de la innovación” o “Difusión de la información” pueden ser conceptos adicionales adecuados para recuperar un conjunto de referencias más “sensible” (completo). Este método de identificación de posibles términos MeSH no está disponible en PubMed.

Autores

Esta opción puede ayudar a identificar autores que han escrito con frecuencia sobre un tema determinado, o puede ayudar a identificar posibles expertos o revisores pares.

Revistas

La identificación de revistas que publican artículos sobre el tema en investigación puede ayudar a seleccionar revistas adecuadas para considerar para los manuscritos o para una exploración detallada de artículos relevantes ("búsqueda manual" [3] ) que no se encuentran en la búsqueda en PubMed.

Otros campos

También se pueden analizar las afiliaciones de los autores (direcciones) y los años de publicación. Se pueden identificar las "palabras importantes" de los títulos y resúmenes que pueden "[...] aparecer con mayor frecuencia en el subconjunto de resultados que en MEDLINE en su conjunto, por lo que distinguen el subconjunto de resultados del resto de MEDLINE" [4] y ayudan a refinar aún más una búsqueda en PubMed. [5] [6] [7]

Historia

Anne O'Tate (un juego de palabras con la palabra "anotar") fue desarrollado por Neil R Smalheiser y un equipo de investigadores de la Universidad de Chicago . Es parte del Proyecto Arrowsmith, que desarrolló herramientas como "Arrowsmith" propiamente dicha, una aplicación de comparación de textos, [8] "Adam", una base de datos de abreviaturas médicas, [9] y ''Author-ity'' (una herramienta de desambiguación de autores), [10] "Compendium", una lista de herramientas de minería de textos biomédicos , y Anne O'Tate. El proyecto se basa en la investigación dirigida por Don R. Swanson en la Universidad de Chicago [11], que albergó la herramienta original. [12] Neil R. Smalheiser dirigió investigaciones adicionales en la Universidad de Illinois en Chicago , con financiación de los Institutos Nacionales de Salud . [13]

Otras aplicaciones de minería de texto de PubMed

Se ha desarrollado una amplia gama de aplicaciones de minería de texto para PubMed [4] que utilizan su propia interfaz, como GoPubMed , ClusterMed o PubReMiner. Solo Anne O'Tate utiliza la interfaz estándar de PubMed, la sintaxis de búsqueda y algunas de sus funciones.

Referencias

  1. ^ ab Smalheiser, NR; Zhou, W.; Torvik, VI (2008). "Anne O'Tate: una herramienta para respaldar la síntesis, el desglose y la exploración de los resultados de búsqueda de PubMed impulsados ​​por el usuario". Journal of Biomedical Discovery and Collaboration . 3 : 2. doi : 10.1186/1747-5333-3-2 . ​​PMC  2276193 . PMID  18279519.
  2. ^ Palidwor, GA; Andrade-Navarro, MA (2010). "MLTrends: Representación gráfica del uso de términos en MEDLINE a lo largo del tiempo". Journal of Biomedical Discovery and Collaboration . 5 : 1–6. doi : 10.5210/disco.v5i0.2680 . PMC 2990277 . PMID  20333611. 
  3. ^ Langham, J.; Thompson, E.; Rowan, K. (1999). "Identificación de ensayos controlados aleatorizados a partir de la literatura sobre medicina de urgencias: comparación de la búsqueda manual frente a la búsqueda en MEDLINE". Anales de Medicina de Urgencias . 34 (1): 25–34. doi :10.1016/s0196-0644(99)70268-4. PMID  10381991.
  4. ^ ab Lu, Z. (2011). "PubMed y más allá: un estudio de herramientas web para buscar literatura biomédica". Base de datos . 2011 : baq036. doi :10.1093/database/baq036. PMC 3025693 . PMID  21245076. 
  5. ^ Wilczynski, NL; Walker, CJ; McKibbon, KA; Haynes, RB (1995). "Razones de la pérdida de sensibilidad y especificidad de términos y palabras de texto metodológicos MeSH en MEDLINE". Actas. Simposio sobre aplicaciones informáticas en la atención médica : 436–440. PMC 2579130. PMID  8563319 . 
  6. ^ Greenhalgh, T. (1997). "Cómo leer un artículo. La base de datos Medline". BMJ ( Clinical Research Ed.) . 315 (7101): 180–183. doi :10.1136/bmj.315.7101.180. PMC 2127107. PMID  9251552. 
  7. ^ Smalheiser, NR; Zhou, W.; Torvik, VI (2011). "Distribución de términos "característicos" en la literatura de MEDLINE". Información . 2 (4): 266–276. doi : 10.3390/info2020266 .
  8. ^ Smalheiser, NR; Torvik, VI; Zhou, W. (2009). "Interfaz de búsqueda de dos nodos de Arrowsmith: un tutorial sobre cómo encontrar vínculos significativos entre dos conjuntos distintos de artículos en MEDLINE". Métodos informáticos y programas en biomedicina . 94 (2): 190–197. doi :10.1016/j.cmpb.2008.12.006. PMC 2693227 . PMID  19185946. 
  9. ^ Zhou, W.; Torvik, VI; Smalheiser, NR (2006). "ADAM: Otra base de datos de abreviaturas en MEDLINE". Bioinformática . 22 (22): 2813–2818. doi : 10.1093/bioinformatics/btl480 . PMID  16982707.
  10. ^ Torvik, VI; Smalheiser, NR (2009). "Desambiguación del nombre del autor en MEDLINE". ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data . 3 (3): 1–29. doi :10.1145/1552303.1552304. PMC 2805000 . PMID  20072710. 
  11. ^ Swanson, DR; Smalheiser, NR (verano de 1999). "Enlaces textuales implícitos entre registros de Medline: uso de Arrowsmith como ayuda para el descubrimiento científico" (PDF) . Library Trends . 48 (1): 48–59. Archivado desde el original (PDF) el 2016-03-10 . Consultado el 4 de julio de 2011 .
  12. ^ "Arrowsmith-2 en Linux". Universidad de Chicago. Archivado desde el original el 18 de junio de 2009. Consultado el 4 de julio de 2011 .
  13. ^ Smalheiser, NR (octubre de 2005). "El proyecto Arrowsmith: informe de situación de 2005". Discovery Science . 8.ª conferencia internacional sobre ciencia de los descubrimientos. Lecture Notes in Computer Science. Vol. 3735. págs. 26–43. doi :10.1007/11563983_5. ISBN 978-3-540-29230-2.
  • Anne O'Tate
  • Página de inicio de PubMed
  • Hoja informativa sobre encabezamientos de temas médicos
  • "La página de inicio del Proyecto Arrowsmith". Universidad de Illinois en Chicago, Departamento de Psiquiatría. 20 de diciembre de 2007. Consultado el 4 de julio de 2011 .
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