Sacaribacterias
Linaje bacteriano

Sacaribacterias
Ca. Nanosynbacter lyticus (también conocida como TM7x, verde) y huéspedes bacterianos (rojo).
Las barras de escala miden 5 μm.
Clasificación científica
Dominio:
Bacteria
(sin clasificar):
Grupo de RCP
Filo:
Sacaribacterias

Albertsen y otros, 2013
Clase:
"Saccharimonadia"

Corregido. McLean et al. 2020
Orden:
"Saccharimonadales"

Corregido. McLean et al. 2020
Familias
  • "Nanogingivaláceas"
  • "Nanoperiodontomorbáceas"
  • "Nanosynbacteraceae"
  • "Nanosyncoccaceae"
  • "Saccharimonadáceas"
Sinónimos
  • División de candidatos TM7

Saccharibacteria , anteriormente conocida como TM7 , [1] es un linaje bacteriano importante. Fue descubierto mediante la secuenciación del ARNr 16S . [2]

Se cultivó TM7x de la cavidad oral humana y se reveló que es un coco extremadamente pequeño (200-300 nm) y tiene un estilo de vida distintivo que no se había observado anteriormente en microbios asociados a humanos. [3] Es un epibionte obligado de varios huéspedes, incluida la cepa Actinomyces odontolyticus (XH001), pero también tiene una fase parasitaria que mata a su huésped. La secuencia completa del genoma reveló un genoma altamente reducido (705 kB) [4] y una falta total de capacidad biosintética de aminoácidos. En 2014 se informó sobre un cultivo axénico de TM7 de la cavidad oral, pero no se puso a disposición ninguna secuencia o cultivo. [5]

Junto con el Candidato Phylum TM6, [6] fue nombrado a partir de secuencias obtenidas en 1994 en un estudio ambiental de una muestra de suelo de turbera en Alemania donde 262 fragmentos de 16S rDNA amplificados por PCR fueron clonados en un vector plasmídico , llamado clones TM para Torf, Mittlere Schicht ( lit. turba, capa media). [7] Se ha encontrado en varios ambientes desde entonces, como en lodos activados , [8] [9] lodos de plantas de tratamiento de agua , [10] suelo de selva tropical , [11] saliva humana , [12] [13] en asociación con esponjas , [14] cucarachas , [15] minas de oro , [16] sedimento de acuífero modificado con acetato , [17] y otros ambientes (excepto termófilos ), lo que lo convierte en un filo abundante y extendido. Recientemente, se detectaron rADN de TM7 y células completas en lodos activados con una identidad de >99,7 % con un TM7 de piel humana y una identidad de 98,6 % con el TM7a oral humano, [18] lo que sugiere que los aislados de TM7 metabólicamente activos en sitios ambientales pueden servir como organismos modelo para investigar el papel que desempeñan las especies de TM7 en la salud humana.

Propiedades

Las sondas FISH específicas de TM7 identificaron especies de lodos de un biorreactor que revelaron la presencia de envolturas celulares grampositivas y varios morfotipos : un filamento envainado (abundante), una varilla que se presenta en cadenas cortas, un filamento grueso y cocos ; el primero puede ser la causa del tipo Eikelboom 0041 (problemas de volumen de lodos activados). [10] La mayoría de los filos bacterianos son didermos gramnegativos , mientras que solo Bacillota , Actinomycetota y Chloroflexota son monodermos . [19]

Utilizando una membrana de policarbonato como soporte de crecimiento y extracto de suelo como sustrato, se cultivaron microcolonias de este clado consistentes en varillas filamentosas largas de hasta 15 μm de largo con menos de 50 células o varillas cortas con varios cientos de células por colonia, después de 10 días de incubación. [20]

Gracias a un chip microfluídico que permite aislar y amplificar el genoma de una sola célula, se secuenció el genoma de tres células con morfología de filamento largo y ARNr 16S idéntico para crear un borrador de secuencia del genoma que confirma algunas propiedades previamente comprobadas, dilucida algunas de sus capacidades metabólicas, revela nuevos genes e insinúa posibles capacidades patogénicas. [21]

Se han identificado más de 50 filotipos diferentes [19] y tiene una divergencia de secuencia de ADNr 16S intradivisión relativamente modesta del 17 %, que varía del 13 al 33 %. [10] Un árbol filogenético interactivo de TM7, [18] construido con jsPhyloSVG , [22] permite un acceso rápido a las secuencias de GenBank y cálculos de matrices de distancia entre las ramas del árbol.

Los estudios de sondeo de isótopos estables han descubierto que algunos miembros de este filo pueden degradar el tolueno . [23] [24]

Taxonomía

120 proteínas marcadoras basadas en GTDB 08-RS214 [25] [26] [27]
Saccharimonadales

" Ca. Chaera"

" Ca. Nanoperiodontomorbus"

" Ca. Nanogingivalis"

" Ca. Nanosyncoccus"

" Cerca de Microsaccharimonas"

" Ca. Saccharimonas"

" Ca. Nanosynbacter "

Rappe y Giovannini 2003 [19]
Patescibacteria
Grupo de parcubacterias

ABY1 ( OD1 -ABY1) [28]

Gracilibacterias (grupo BD1-5)

(OD1) [28] [29]

Microgenomatos (grupo OP11)

Bacterias dojka (WS6)

Sacaribacterias (TM7)

SC3

WS5 [30] [31] [32]

Guaymas1 ( relacionado con Thermodesulfobacteriota ) [33]

( RCP )
Dinis y otros, 2011 [18]
Sacaribacterias

Sacaribacterias I

Sacaribacterias II

Sacaribacterias IV

Grupo TM7a

Sacaribacterias III

Árbol filogenético de unión de vecinos de división de candidatos TM7 [18]

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) [34] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) [1].

  • Clase " Saccharimonadia " , corregido por McLean et al. 2020 ["Nanoperiodontomorbia" , corregido por McLean et al. 2020 ; "Nanosyncoccia" , corregido por McLean et al. 2020 ]
    • Orden " Saccharimonadales " McLean et al. 2020 ["Nanogingivalales" corrig. McLean et al. 2020 ; "Nanoperiodontomorbales" corrig. McLean et al. 2020 ; "Nanosynbacterales" McLean et al. 2020 ; "Nanosyncoccales" McLean et al. 2020 ]
      • " Ca. Minimicrobia" Ibrahim et al. 2021
        • " Ca. M. naudis" Ibrahim et al. 2021
        • " Ca. M. vallesae" Ibrahim et al. 2021
      • Corrección de " Ca. Mycolatisynbacter" . Batinovic et al. 2021 [" Ca. Mycosynbacter" Batinovic et al. 2021 ] (JR1)
        • " Ca. M. amalyticus" corrig. Batinovic et al. 2021
      • Corrección de la expresión " Ca. Nanosynsaccharibacterium" por McLean et al. 2020
      • Familia AMD01
        • Corrección " Ca. Chaera" . Lemos et al. 2019
          • " Ca. C. renei" corrig. Lemos et al. 2019
      • Familia " Nanogingivalaceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. nanogingivalis" McLean et al. 2020 (CMJM_G6_1_HOT_870; UMGS1907)
          • " Ca. N. gingivitcus" McLean et al. 2020
      • Familia " Nanoperiodontomorbaceae " corregido por McLean et al. 2020
        • Corrección de " Ca. Nanoperiodontomorbus" . McLean et al. 2020 (EAM_G5_1_HOT_356; UBA1103)
          • Corrección de " Ca. N. periodonticus" por McLean et al. 2020
      • Familia " Nanosynbacteraceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. Nanosynbacter " McLean et al. 2020 (TM7x)
          • " Ca. N. featherlites" McLean et al. 2020
          • " Ca. N. lyticus" McLean et al. 2020
      • Familia " Nanosyncoccaceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. Nanosyncoccus" McLean et al. 2020 (G3_2_Rum_HOT_351B; UBA2866)
          • " Ca. N. alces" McLean et al. 2020
          • " Ca. N. nanoralicus" McLean et al. 2020
      • Familia " Saccharimonadaceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. Saccharimonas" Albertsen et al. 2013
          • " Ca. S. aalborgensis" Albertsen et al. 2013
      • Familia UBA1547
        • " Ca. Microsaccharimonas" corrig. Lemos et al. 2019 ["Candidatus Saccharibacter" Lemos et al. 2019 no Jojima et al. 2004 ] (AMD02; UBA6175)
          • " Ca. M. sossegonensis" corrig. Lemos et al. 2019

Véase también

Referencias

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