Microbiota
Comunidad de microorganismos
Diversas comunidades microbianas de microbiota característica forman parte de los microbiomas de las plantas y se encuentran en las superficies externas y en los tejidos internos de la planta huésped, así como en el suelo circundante. [1]

La microbiota es el conjunto de microorganismos que pueden ser comensales , mutualistas o patógenos y que se encuentran en todos los organismos multicelulares , incluidas las plantas . La microbiota incluye bacterias , arqueas , protistas , hongos y virus , [2] [3] y se ha descubierto que es crucial para la homeostasis inmunológica, hormonal y metabólica de su huésped.

El término microbioma describe los genomas colectivos de los microbios que residen en un nicho ecológico o bien los microbios mismos. [4] [5] [6]

El microbioma y el huésped surgieron durante la evolución como una unidad sinérgica de la epigenética y las características genéticas, a veces denominada colectivamente como holobionte . [7] [8] La presencia de microbiota en los intestinos humanos y de otros metazoos ha sido fundamental para comprender la coevolución entre metazoos y bacterias. [9] [10] La microbiota juega un papel clave en las respuestas inmunes y metabólicas intestinales a través de su producto de fermentación ( ácido graso de cadena corta ), el acetato . [11]

Introducción

Las especies de bacterias predominantes en la piel humana

Todas las plantas y los animales, desde las formas de vida más simples hasta los humanos, viven en estrecha asociación con organismos microbianos. [12] Varios avances han impulsado la percepción de los microbiomas, entre ellos:

  • la capacidad de realizar análisis genómicos y de expresión genética de células individuales y de comunidades microbianas enteras en las disciplinas de metagenómica y metatranscriptómica [13]
  • bases de datos accesibles para investigadores de múltiples disciplinas [13]
  • métodos de análisis matemático adecuados para conjuntos de datos complejos [13]

Los biólogos han llegado a apreciar que los microbios constituyen una parte importante del fenotipo de un organismo , mucho más allá del estudio de caso simbiótico ocasional. [13]

Tipos de relaciones entre microbios y huéspedes

El comensalismo , un concepto desarrollado por Pierre-Joseph van Beneden (1809-1894), profesor belga de la Universidad de Lovaina durante el siglo XIX [14], es fundamental para el microbioma, donde la microbiota coloniza un huésped en una coexistencia no dañina. La relación con su huésped se denomina mutualista cuando los organismos realizan tareas que se sabe que son útiles para el huésped, [15] : 700  [16] parasitaria , cuando es desventajosa para el huésped. Otros autores definen una situación como mutualista donde ambos se benefician, y comensal, donde el huésped no afectado beneficia al simbionte. [17] Un intercambio de nutrientes puede ser bidireccional o unidireccional, puede depender del contexto y puede ocurrir de diversas formas. [17] La ​​microbiota que se espera que esté presente y que en circunstancias normales no causa enfermedades se considera flora normal o microbiota normal ; [15] la flora normal no solo puede ser inofensiva, sino que puede proteger al huésped. [18]

Adquisición y cambio

La adquisición inicial de la microbiota en animales, desde mamíferos hasta esponjas marinas , se produce al nacer, e incluso puede ocurrir a través de la línea de células germinales. En las plantas, el proceso de colonización puede iniciarse bajo tierra en la zona de la raíz , alrededor de la semilla en germinación, la espermosfera , u originarse en las partes aéreas, la filosfera y la zona floral o antósfera. [19] La estabilidad de la microbiota de la rizosfera a lo largo de las generaciones depende del tipo de planta, pero aún más de la composición del suelo, es decir, del entorno vivo y no vivo. [20] Clínicamente, se puede adquirir nueva microbiota a través del trasplante de microbiota fecal para tratar infecciones como la infección crónica por C. difficile . [21]

Microbiota por huésped

Microbiota patógena causante de inflamación en el pulmón

Humanos

La microbiota humana incluye bacterias , hongos , arqueas y virus. Se excluyen los microanimales que viven en el cuerpo humano. El microbioma humano se refiere a sus genomas colectivos . [15]

Los seres humanos están colonizados por muchos microorganismos; la estimación tradicional era que los humanos viven con diez veces más células no humanas que células humanas; estimaciones más recientes han reducido esta relación a 3:1 e incluso a aproximadamente 1:1 en número (1:350 en masa). [22] [23] [24] [25] [26]

De hecho, son tan pequeños que hay alrededor de 100 billones de microbiota en el cuerpo humano, [27] alrededor de 39 billones según estimaciones revisadas, con solo 0,2 kg de masa total en un cuerpo humano de "referencia" de 70 kg. [26]

El Proyecto del Microbioma Humano secuenció el genoma de la microbiota humana, centrándose particularmente en la microbiota que normalmente habita en la piel, la boca, la nariz, el tracto digestivo y la vagina. [15] Alcanzó un hito en 2012 cuando publicó los resultados iniciales. [28]

Animales no humanos

  • Los anfibios tienen microbiota en su piel. [29] Algunas especies son capaces de portar un hongo llamado Batrachochytrium dendrobatidis , que en otras puede causar una infección mortal quitridiomicosis dependiendo de su microbioma, resistiendo la colonización de patógenos o inhibiendo su crecimiento con péptidos cutáneos antimicrobianos. [30]
  • Los marsupiales recién nacidos nacen con tejidos inmunes histológicamente inmaduros y no pueden desarrollar su propia defensa inmunológica específica. Por lo tanto, dependen en gran medida del sistema inmunológico de su madre [31] y de la leche [32] para su protección. La mayoría de los marsupiales tienen bolsas y su propia microbiota cambia a lo largo de las etapas reproductivas: estro, parto/estro y postestro [33] . Se han identificado péptidos antimicrobianos en algunas secreciones de la piel y de las bolsas, que presumiblemente ayudan a las crías en este momento vulnerable.
  • En los mamíferos, los herbívoros como el ganado dependen de su microbioma ruminal para convertir la celulosa en proteínas, ácidos grasos de cadena corta y gases. Los métodos de cultivo no pueden proporcionar información sobre todos los microorganismos presentes. Los estudios metagenómicos comparativos arrojaron el sorprendente resultado de que los bovinos individuales poseen estructuras comunitarias, fenotipos previstos y potenciales metabólicos marcadamente diferentes, [34] a pesar de que se les alimentó con dietas idénticas, estuvieron alojados juntos y fueron aparentemente funcionalmente idénticos en su utilización de los recursos de la pared celular vegetal.
  • Los ratones se han convertido en los mamíferos más estudiados en lo que respecta a sus microbiomas. La microbiota intestinal se ha estudiado en relación con la enfermedad alérgica de las vías respiratorias, la obesidad, las enfermedades gastrointestinales y la diabetes. El cambio perinatal de la microbiota a través de antibióticos de dosis bajas puede tener efectos duraderos en la susceptibilidad futura a la enfermedad alérgica de las vías respiratorias. La frecuencia de ciertos subconjuntos de microbios se ha relacionado con la gravedad de la enfermedad. La presencia de microbios específicos en las primeras etapas de la vida posnatal instruye futuras respuestas inmunitarias. [35] [36] En ratones gnotobióticos se encontró que ciertas bacterias intestinales transmitían un fenotipo particular a los ratones receptores libres de gérmenes, que promovía la acumulación de células T reguladoras colónicas y cepas que modulaban la adiposidad del ratón y las concentraciones de metabolitos cecales. [37] Este enfoque combinatorio permite una comprensión a nivel de sistemas de las contribuciones microbianas a la biología humana. [38] Pero también se han estudiado otros tejidos mucoides como el pulmón y la vagina en relación con enfermedades como el asma, la alergia y la vaginosis. [39]
  • Los insectos tienen sus propios microbiomas. Por ejemplo, las hormigas cortadoras de hojas forman enormes colonias subterráneas que cosechan cientos de kilogramos de hojas cada año y no pueden digerir la celulosa de las hojas directamente. Mantienen jardines de hongos como fuente principal de alimento de la colonia. Si bien el hongo en sí no digiere la celulosa, una comunidad microbiana que contiene una diversidad de bacterias sí lo hace. El análisis del genoma de la población microbiana reveló muchos genes con un papel en la digestión de la celulosa. El perfil de enzimas degradadoras de carbohidratos previsto de este microbioma es similar al del rumen bovino, pero la composición de especies es casi completamente diferente. [40] La microbiota intestinal de la mosca de la fruta puede afectar la apariencia de su intestino, al impactar la tasa de renovación epitelial, el espaciamiento celular y la composición de diferentes tipos de células en el epitelio. [41] Cuando la polilla Spodoptera exigua se infecta con baculovirus, los genes relacionados con el sistema inmunitario se regulan a la baja y la cantidad de su microbiota intestinal aumenta. [42] En el intestino de los dípteros, las células enteroendocrinas detectan los metabolitos derivados de la microbiota intestinal y coordinan las ramas antibacterianas, mecánicas y metabólicas de la respuesta inmune innata intestinal del huésped a la microbiota comensal. [43]
  • Los peces tienen su propio microbioma, incluida la especie de corta vida Nothobranchius furzeri (pez killi turquesa). La transferencia de la microbiota intestinal de los peces killi jóvenes a los peces killi de mediana edad extiende significativamente la esperanza de vida de estos últimos. [44]

Plantas

Vías de colonización de tubérculos de papa por bacterias [45]

Recientemente se descubrió que el microbioma de las plantas se origina en la semilla. [46] Los microorganismos que se transmiten a través de la semilla migran a la plántula en desarrollo en una ruta específica en la que cierta comunidad se mueve a las hojas y otras a las raíces. [46] En el diagrama de la derecha, la microbiota que coloniza la rizosfera , ingresa a las raíces y coloniza la siguiente generación de tubérculos a través de los estolones , se visualiza con un color rojo. Las bacterias presentes en el tubérculo madre , que pasan a través de los estolones y migran a la planta, así como a la siguiente generación de tubérculos, se muestran en azul. [45]

  • El suelo es el principal reservorio de bacterias que colonizan los tubérculos de papa.
  • Las bacterias se reclutan del suelo más o menos independientemente de la variedad de papa.
  • Las bacterias pueden colonizar los tubérculos predominantemente desde el interior de las plantas a través del estolón.
  • La microbiota bacteriana de los tubérculos de papa está formada por bacterias transmitidas de una generación de tubérculos a la siguiente y bacterias reclutadas del suelo que colonizan las plantas de papa a través de la raíz. [45]
Micrografía óptica de una sección transversal de una raíz coralloide de una cícada, que muestra la capa que alberga cianobacterias simbióticas.

Las plantas son huéspedes atractivos para los microorganismos, ya que proporcionan una variedad de nutrientes. Los microorganismos en las plantas pueden ser epífitas (que se encuentran en las plantas) o endófitas (que se encuentran dentro del tejido vegetal). [47] [48] Los oomicetos y los hongos han desarrollado, a través de la evolución convergente, una morfología similar y ocupan nichos ecológicos similares. Desarrollan hifas , estructuras filiformes que penetran en la célula huésped. En situaciones mutualistas, la planta a menudo intercambia azúcares hexosas por fosfato inorgánico del simbionte fúngico. Se especula que estas asociaciones muy antiguas han ayudado a las plantas cuando colonizaron la tierra por primera vez. [17] [49] Las bacterias promotoras del crecimiento de las plantas (PGPB) proporcionan a la planta servicios esenciales como la fijación de nitrógeno , la solubilización de minerales como el fósforo, la síntesis de hormonas vegetales , la mejora directa de la absorción de minerales y la protección contra patógenos. [50] [51] Los PGPB pueden proteger a las plantas de los patógenos al competir con el patógeno por un nicho ecológico o un sustrato, produciendo aleloquímicos inhibidores o induciendo resistencia sistémica en las plantas hospedantes al patógeno [19]

Investigación

La relación simbiótica entre un huésped y su microbiota está siendo investigada en el laboratorio para determinar cómo puede moldear el sistema inmunológico de los mamíferos. [52] [53] En muchos animales, el sistema inmunológico y la microbiota pueden participar en una "intercomunicación" intercambiando señales químicas, lo que puede permitir que la microbiota influya en la reactividad y la focalización inmunológicas. [54] Las bacterias pueden transferirse de madre a hijo a través del contacto directo y después del nacimiento . [55] A medida que se establece el microbioma infantil, las bacterias comensales pueblan rápidamente el intestino, lo que provoca una variedad de respuestas inmunes y "programa" el sistema inmunológico con efectos duraderos. [54] Las bacterias pueden estimular el tejido linfoide asociado con la mucosa intestinal, lo que permite que el tejido produzca anticuerpos para patógenos que pueden ingresar al intestino. [54]

El microbioma humano puede desempeñar un papel en la activación de los receptores tipo Toll en los intestinos, un tipo de receptor de reconocimiento de patrones que las células huésped utilizan para reconocer peligros y reparar daños. Los patógenos pueden influir en esta coexistencia, lo que conduce a una desregulación inmunológica que incluye la susceptibilidad a enfermedades, mecanismos de inflamación , tolerancia inmunológica y enfermedades autoinmunes . [56] [57]

Coevolución de la microbiota

Coral ramificado blanqueado (en primer plano) y coral ramificado normal (en segundo plano). Islas Keppel, Gran Barrera de Coral .

Los organismos evolucionan dentro de los ecosistemas de modo que el cambio de un organismo afecta el cambio de los demás. La teoría hologenómica de la evolución propone que un objeto de la selección natural no es el organismo individual, sino el organismo junto con sus organismos asociados, incluidas sus comunidades microbianas.

Arrecifes de coral . La teoría del hologenoma se originó en estudios sobre arrecifes de coral. [58] Los arrecifes de coral son las estructuras más grandes creadas por organismos vivos y contienen comunidades microbianas abundantes y altamente complejas. Durante las últimas décadas, se han producido importantes disminuciones en las poblaciones de coral. El cambio climático , la contaminación del agua y la sobrepesca son tres factores de estrés que se han descrito como causantes de la susceptibilidad a las enfermedades. Se han descrito más de veinte enfermedades de coral diferentes, pero de estas, solo un puñado han tenido sus agentes causales aislados y caracterizados. El blanqueamiento de los corales es la más grave de estas enfermedades. En el mar Mediterráneo, el blanqueamiento de Oculina patagonica se describió por primera vez en 1994 y poco después se determinó que se debía a una infección por Vibrio shiloi. De 1994 a 2002, el blanqueamiento bacteriano de O. patagonica ocurrió cada verano en el Mediterráneo oriental. Sin embargo, sorprendentemente, después de 2003, O. patagonica en el Mediterráneo oriental ha sido resistente a la infección por V. shiloi , aunque otras enfermedades aún causan blanqueamiento. La sorpresa surge del conocimiento de que los corales son seres vivos de larga duración, con una vida útil del orden de décadas, [59] y no tienen sistemas inmunológicos adaptativos . [ cita requerida ] Sus sistemas inmunológicos innatos no producen anticuerpos, y aparentemente no deberían ser capaces de responder a nuevos desafíos excepto en escalas de tiempo evolutivas. [ cita requerida ]

El misterio de cómo los corales lograron adquirir resistencia a un patógeno específico condujo a una propuesta en 2007 de que existe una relación dinámica entre los corales y sus comunidades microbianas simbióticas. Se cree que al alterar su composición, el holobionte puede adaptarse a condiciones ambientales cambiantes mucho más rápidamente que mediante mutación y selección genética únicamente. La extrapolación de esta hipótesis a otros organismos, incluidas las plantas y los animales superiores, condujo a la propuesta de la teoría hologenómica de la evolución. [58]

En 2007, [actualizar]la teoría del hologenoma todavía se encontraba en debate. [60] Una crítica importante ha sido la afirmación de que V. shiloi fue identificado erróneamente como el agente causante del blanqueamiento de los corales, y que su presencia en O. patagonica blanqueada era simplemente la de una colonización oportunista. [61] Si esto es cierto, la observación básica que conduce a la teoría sería inválida. La teoría ha ganado una popularidad significativa como una forma de explicar los cambios rápidos en la adaptación que de otra manera no se pueden explicar por los mecanismos tradicionales de selección natural. Dentro de la teoría del hologenoma, el holobionte no solo se ha convertido en la unidad principal de la selección natural, sino también en el resultado de otro paso de integración que también se observa a nivel celular ( simbiogénesis , endosimbiosis ) y genómico. [7]

Métodos de investigación

Secuenciación de amplicones dirigida

Parte de una serie sobre
Microbiomas
Microbiomas vegetales
Microbiomas marinos
Microbiomas humanos
Otros microbiomas
Microbiota
Holobiontes
Viromas
Relacionado
Proyectos

La secuenciación de amplicones dirigida se basa en tener algunas expectativas sobre la composición de la comunidad que se está estudiando. En la secuenciación de amplicones diana, se selecciona un marcador filogenéticamente informativo para la secuenciación. Tal marcador debería estar presente idealmente en todos los organismos esperados. También debería evolucionar de tal manera que se conserve lo suficiente como para que los cebadores puedan dirigirse a genes de una amplia gama de organismos mientras evolucionan lo suficientemente rápido como para permitir una resolución más fina a nivel taxonómico. Un marcador común para los estudios del microbioma humano es el gen del ARNr 16S bacteriano ( es decir , "ADNr 16S", la secuencia de ADN que codifica la molécula de ARN ribosómico). [62] Dado que los ribosomas están presentes en todos los organismos vivos, el uso de ADNr 16S permite amplificar el ADN de muchos más organismos que si se usara otro marcador. El gen del ARNr 16S contiene regiones de evolución lenta y 9 regiones de evolución rápida, también conocidas como regiones hipervariables (HVR); [63] El primero se puede utilizar para diseñar iniciadores amplios, mientras que el segundo permite una distinción taxonómica más fina. Sin embargo, la resolución a nivel de especie no suele ser posible utilizando el ADNr 16S. La selección de iniciadores es un paso importante, ya que todo lo que no pueda ser seleccionado por el iniciador no se amplificará y, por lo tanto, no se detectará; además, se pueden seleccionar diferentes conjuntos de iniciadores para amplificar diferentes HVR en el gen, o pares de ellos. La elección apropiada de qué HVR amplificar debe realizarse de acuerdo con los grupos taxonómicos de interés, ya que se ha demostrado que diferentes regiones objetivo influyen en la clasificación taxonómica. [64]

Los estudios específicos de las comunidades eucariotas y virales son limitados [65] y están sujetos al desafío de excluir el ADN del huésped de la amplificación y la biomasa eucariota y viral reducida en el microbioma humano. [66]

Una vez secuenciados los amplicones, se utilizan métodos filogenéticos moleculares para inferir la composición de la comunidad microbiana. Esto se puede hacer mediante metodologías de agrupamiento , agrupando los amplicones en unidades taxonómicas operativas (OTU); o alternativamente, con metodologías de eliminación de ruido, identificando variantes de secuencia de amplicones (ASV).

Luego se infieren las relaciones filogenéticas entre las secuencias. Debido a la complejidad de los datos, las medidas de distancia como las distancias UniFrac se definen generalmente entre muestras de microbioma, y ​​se llevan a cabo métodos multivariados posteriores en las matrices de distancia. Un punto importante es que la escala de datos es extensa y se deben adoptar enfoques adicionales para identificar patrones a partir de la información disponible. Las herramientas utilizadas para analizar los datos incluyen VAMPS, [67] QIIME , [68] mothur [69] y DADA2 [70] o UNOISE3 [71] para la eliminación de ruido.

Secuenciación metagenómica

La metagenómica también se utiliza ampliamente para estudiar las comunidades microbianas. [72] [73] [74] En la secuenciación metagenómica, el ADN se recupera directamente de muestras ambientales de manera no dirigida con el objetivo de obtener una muestra imparcial de todos los genes de todos los miembros de la comunidad. Estudios recientes utilizan la secuenciación shotgun Sanger o la pirosecuenciación para recuperar las secuencias de las lecturas. [75] Las lecturas luego se pueden ensamblar en contigs . Para determinar la identidad filogenética de una secuencia, se compara con secuencias de genoma completo disponibles utilizando métodos como BLAST . Una desventaja de este enfoque es que muchos miembros de las comunidades microbianas no tienen un genoma secuenciado representativo, pero esto también se aplica a la secuenciación de amplicones de ARNr 16S y es un problema fundamental. [62] Con la secuenciación shotgun, se puede resolver al tener una alta cobertura (50-100x) del genoma desconocido, haciendo efectivamente un ensamblaje de genoma de novo . Tan pronto como se dispone de un genoma completo de un organismo desconocido, se puede comparar filogenéticamente y colocar al organismo en su lugar en el árbol de la vida , mediante la creación de nuevos taxones . Un enfoque emergente es combinar la secuenciación shotgun con datos de ligación por proximidad ( Hi-C ) para ensamblar genomas microbianos completos sin cultivo. [76]

A pesar de que la metagenómica está limitada por la disponibilidad de secuencias de referencia, una ventaja significativa de la metagenómica sobre la secuenciación dirigida de amplicones es que los datos metagenómicos pueden dilucidar el potencial funcional del ADN de la comunidad. [77] [78] Los estudios de genes dirigidos no pueden hacer esto, ya que solo revelan la relación filogenética entre el mismo gen de diferentes organismos. El análisis funcional se realiza comparando las secuencias recuperadas con bases de datos de anotaciones metagenómicas como KEGG . Las vías metabólicas en las que participan estos genes se pueden predecir con herramientas como MG-RAST, [79] CAMERA [80] e IMG/M . [81]

Enfoques basados ​​en ARN y proteínas

Se han realizado estudios de metatranscriptómica para estudiar la expresión génica de las comunidades microbianas a través de métodos como la pirosecuenciación del ARN extraído. [82] Los estudios basados ​​en la estructura también han identificado ARN no codificantes (ARNnc) como las ribozimas de la microbiota. [83] La metaproteómica es un enfoque que estudia las proteínas expresadas por la microbiota, lo que brinda información sobre su potencial funcional. [84]

Proyectos

El Proyecto del Microbioma Humano, lanzado en 2008, fue una iniciativa de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos para identificar y caracterizar los microorganismos que se encuentran tanto en humanos sanos como enfermos. [85] El proyecto de cinco años, mejor caracterizado como un estudio de viabilidad con un presupuesto de 115 millones de dólares, probó cómo los cambios en el microbioma humano están asociados con la salud o la enfermedad humana. [85]

El Proyecto del Microbioma de la Tierra (EMP, por sus siglas en inglés) es una iniciativa para recolectar muestras naturales y analizar la comunidad microbiana en todo el mundo. Los microbios son muy abundantes, diversos y tienen un papel importante en el sistema ecológico. Sin embargo, en 2010 [update], se estimó que el esfuerzo total de secuenciación de ADN ambiental global había producido menos del 1 por ciento del ADN total encontrado en un litro de agua de mar o un gramo de suelo, [86] y las interacciones específicas entre microbios son en gran parte desconocidas. El EMP tiene como objetivo procesar hasta 200.000 muestras en diferentes biomas, generando una base de datos completa de microbios en la Tierra para caracterizar entornos y ecosistemas por composición e interacción microbiana. Usando estos datos, se pueden proponer y probar nuevas teorías ecológicas y evolutivas. [87]

Microbiota intestinal y diabetes tipo 2

La microbiota intestinal es muy importante para la salud del huésped porque desempeña un papel en la degradación de polisacáridos no digestibles (fermentación de almidón resistente, oligosacáridos, inulina), fortaleciendo la integridad intestinal o dando forma al epitelio intestinal, recolectando energía, protegiendo contra patógenos y regulando la inmunidad del huésped. [88] [89]

Varios estudios demostraron que la composición bacteriana intestinal en pacientes diabéticos se alteró con el aumento de los niveles de Lactobacillus gasseri , Streptococcus mutans y miembros de Clostridiales, con una disminución de las bacterias productoras de butirato como Roseburia intestinalis y Faecalibacterium prausnitzii. [90] [91] Esta alteración se debe a muchos factores como el abuso de antibióticos, la dieta y la edad .

La disminución de la producción de butirato se asocia con defectos en la permeabilidad intestinal, lo que podría conducir a la endotoxemia , que es el aumento del nivel de lipopolisacáridos circulantes de la pared celular de las bacterias gramnegativas. Se ha descubierto que la endotoxemia tiene asociación con el desarrollo de resistencia a la insulina. [90]

Además, la producción de butirato afecta el nivel de serotonina. [90] Un nivel elevado de serotonina contribuye a la obesidad, que se sabe que es un factor de riesgo para el desarrollo de diabetes.

Desarrollo de la microbiota intestinal y antibióticos

La colonización de la microbiota intestinal humana puede comenzar incluso antes del nacimiento. [92] Existen múltiples factores ambientales que afectan el desarrollo de la microbiota, siendo el modo de nacimiento uno de los más impactantes. [93]

Otro factor que se ha observado que causa grandes cambios en la microbiota intestinal, particularmente en niños, es el uso de antibióticos, asociándose con problemas de salud como un IMC más alto, [94] [95] y además un mayor riesgo de enfermedades metabólicas como la obesidad. [96] En bebés se observó que la amoxicilina y los macrólidos causan cambios significativos en la microbiota intestinal caracterizada por un cambio en las clases bacterianas Bifidobacteria, Enterobacteria y Clostridia. [97] Un solo ciclo de antibióticos en adultos causa cambios tanto en la microbiota bacteriana como fúngica, con cambios aún más persistentes en las comunidades fúngicas. [98] Las bacterias y los hongos viven juntos en el intestino y lo más probable es que haya una competencia por las fuentes de nutrientes presentes. [99] [100] Seelbinder et al . encontraron que las bacterias comensales en el intestino regulan el crecimiento y la patogenicidad de Candida albicans por sus metabolitos, particularmente por propionato, ácido acético y 5-dodecenoato. [98] Candida se ha asociado previamente con EII [101] y además se ha observado que aumenta en pacientes que no responden a un fármaco biológico, infliximab, administrado a pacientes con EII grave. [102] El propionato y el ácido acético son ácidos grasos de cadena corta (AGCC) que se ha observado que son beneficiosos para la salud de la microbiota intestinal. [103] [104] [105] Cuando los antibióticos afectan el crecimiento de bacterias en el intestino, puede haber un crecimiento excesivo de ciertos hongos, que pueden ser patógenos cuando no se regulan. [98]

Cuestiones de privacidad

El ADN microbiano que habita en el cuerpo humano de una persona puede identificarla de forma única. La privacidad de una persona puede verse comprometida si dona anónimamente datos de ADN microbiano. Su condición médica y su identidad podrían ser reveladas. [106] [107] [108]

Véase también

Referencias

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