Michael Ashburner

Biólogo inglés (1942-2023)

Michael Ashburner
Michael Ashburner
Nacido( 23 de mayo de 1942 )23 de mayo de 1942 [6]
Brighton , Sussex , Inglaterra [7]
Fallecido7 de julio de 2023 (7 de julio de 2023)(81 años)
Nacionalidadbritánico
EducaciónEscuela secundaria High Wycombe
Alma máterUniversidad de Cambridge (licenciatura, doctorado)
Conocido por
Cónyuge
Francesca Ryan
( nacido en  1963 )
[6]
Premios
Carrera científica
Campos
Instituciones
TesisEstudios sobre el hinchamiento en los cromosomas de las glándulas salivales de Drosophila  (1968)
Asesor de doctoradoAlan Henderson [5]
Sitio webwww.gen.cam.ac.uk/research-groups/ashburner

Michael Ashburner FRS MAE [11] (23 de mayo de 1942 - 7 de julio de 2023) fue un biólogo inglés y profesor del Departamento de Genética de la Universidad de Cambridge . [12] También fue codirector y cofundador del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) [13] del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) [14] [15] y miembro del Churchill College, Cambridge . [16] [17]

Educación

Nacido en Brighton , Sussex, Inglaterra , [7] Ashburner asistió a la High Wycombe Royal Grammar School de 1953 a 1960. [6] Estudió en el Churchill College, Cambridge , [6] y recibió su Licenciatura en Artes en Ciencias Naturales Tripos (Genética) en 1964, su Doctorado supervisado por Alan Henderson [18] [5] del Departamento de Genética en 1968, y se le otorgó un Doctorado en Ciencias en 1978. [19]

Investigación y carrera

La mayor parte de la investigación de Ashburner se centró en el organismo modelo Drosophila melanogaster . [8] [20] [21] [22] [23] [24] [25] La carrera de Ashburner comenzó en el período temprano de la biología molecular, antes del desarrollo de la mayoría de las técnicas de ADN recombinante que se utilizan hoy en día, como el Northern/Southern/Western blotting. Sin embargo, al observar patrones de "soplado" en cromosomas politénicos , [20] estableció la existencia de una cascada de controles genéticos en el desarrollo postlarval desencadenado por la ecdisona . [26] El modelo de Ashburner de 1974 se convirtió en un paradigma para la regulación génica de los metazoos , en la misma medida en que el modelo de Jacob - Monod lo hizo para los procariotas. Ashburner colaboró ​​ampliamente y fue mentor de numerosos estudiantes de doctorado y estudiantes de investigación postdoctoral durante su carrera. [27] [28]

Ashburner también fue miembro del consorcio que finalmente secuenció y anotó el genoma de Drosophila melanogaster . Los recuerdos de Ashburner sobre la secuenciación del genoma de D. melanogaster forman la base de un libro titulado "Won for All: How the Drosophila Genome Was Sequenced" (Ganado para todos: cómo se secuenció el genoma de Drosophila). [29] [30] [31] [32] Un esfuerzo prolongado de su laboratorio para caracterizar la región Adh [21] resultó invaluable para validar las estrategias de anotación cuando se dispuso de información genómica a gran escala. Ashburner y sus colegas han recibido financiación del Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC) , el Consejo de Investigación Médica (MRC) [33] y el Consejo de Investigación en Ingeniería y Ciencias Físicas (EPSRC) [34] para sus estudios sobre la genómica de Drosophila aprovechando el genoma de D. melanogaster y su anotación.

Biología computacional

Ashburner también fue un pionero en la aplicación de las computadoras a la biología. Sus contribuciones incluyen su participación activa en la creación de FlyBase [10] y el desarrollo de Ontologías Biomédicas Abiertas [35] para permitir la anotación de información biológica mediante búsquedas automáticas, en particular la Ontología Genética [9] [36]

[37] y ChEBI . [38] Fue fundamental en el establecimiento del EBI, [39] así como en asegurar su ubicación en el Reino Unido, [19] y actuó como el primer jefe del EBI junto con Graham Cameron. [40]

Promoción de la ciencia abierta

Como parte de su participación en la secuenciación del genoma de D. melanogaster , Ashburner desempeñó un papel decisivo para garantizar que la secuencia y las anotaciones resultantes se pusieran a disposición del público. [29] Además, Ashburner defendió firmemente que el genoma humano publicado en Science en 2000 por Celera Genomics se pusiera a disposición del público de forma gratuita, [41] [42] [43] [44] y se manifestó repetidamente contra la privatización de los recursos genómicos. [44] [45] Ashburner también fue uno de los firmantes de la primera carta abierta a Science en 2001 pidiendo un repositorio centralizado y abierto de la literatura científica, [46] y posteriormente se convirtió en un firme defensor de la publicación de acceso abierto , [47] [48] hablando a favor de esta causa en la literatura científica [19] [49] y en los medios populares. [50] [51] [52] También proporcionó evidencia escrita al Comité Selecto de Ciencia y Tecnología del Parlamento del Reino Unido en apoyo de la publicación de acceso abierto [53] y formó parte del consejo asesor inicial de UK PubMed Central , [54] el primer sitio espejo global del repositorio PubMed Central de literatura biológica disponible de forma gratuita.

Premios y honores

Ashburner fue elegido Miembro Honorario Extranjero de la Academia Estadounidense de Artes y Ciencias en 1993. [55] Recibió la Medalla Gregor Mendel de la Academia de Ciencias de la República Checa en 1998, el primer Premio George W. Beadle [2] de la Sociedad de Genética de América en 1999, un Doctorado honorario de la Universidad de Creta en 2002, un Doctorado honorario en Ciencias de la Universidad de Edimburgo en 2003, la Medalla de la Sociedad de Genética de la Sociedad de Genética del Reino Unido en 2005 y el Premio Franklin de la Organización de Bioinformática en 2006. Ashburner fue elegido Miembro de la Royal Society (FRS) en 1990 , [11] su certificado de elección dice:

"Distinguido por sus investigaciones de amplio alcance sobre la citología, la genética y la evolución de Drosophila melanogaster. Fue el primero en hacer un mapa completo de las bocanadas en los cromosomas politénicos de las glándulas salivales y en definir la etapa en la que se expresaba cada una. Continuó demostrando los efectos de varios estímulos, especialmente el choque térmico y la ecdisona, sobre las bocanadas en loci específicos, y correlacionó bocanadas particulares con productos genéticos particulares. Combinando metodología genética, citológica y molecular, ha investigado en detalle regiones cromosómicas particulares, especialmente la que rodea al gen Adh (alcohol deshidrogenasa), revelando muchas características novedosas de estructura y función. También ha hecho importantes contribuciones a la comprensión de la evolución y la especiación dentro del grupo de especies de D. melanogaster. Ashburner tiene una posición única como erudito y autoridad en todo el área de investigación de Drosophila". [56]

Ashburner fue nombrado miembro de la Academia Europaea (MAE) en 1989. [57]

Vida personal

Ashburner se casó con Francesca Ryan y tuvo un hijo y dos hijas, Rebecca, Geoffrey e Isabel. [5] [6] Murió el 7 de julio de 2023, a la edad de 81 años. [5] [17] [58]

Referencias

  1. ^ Spradling, A. (2008). "Medalla Thomas Hunt Morgan 2008". Genética . 178 (3): 1123–1124. doi :10.1534/genetics.104.017832. PMC  2278087 . PMID  18385103.
  2. ^ ab Hawley, R.; Kaufman, T. (2000). "La Medalla George W. Beadle de 1999. Michael Ashburner". Genética . 154 (1): 5. doi :10.1093/genetics/154.1.5. PMC 1460911 . PMID  10681184. 
  3. ^ Discurso inaugural de Michael Ashburner: De secuencias a ontologías: aventuras en informática en Intelligent Systems for Molecular Biology, julio de 2011
  4. ^ Mullins, J.; Morrison Mckay, B. (2011). "La Sociedad Internacional de Biología Computacional honra a Michael Ashburner y Olga Troyanskaya con los premios más importantes de Bioinformática/Biología Computacional de 2011". PLOS Computational Biology . 7 (6): e1002081. Bibcode :2011PLSCB...7E2081M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002081 . PMC 3107244 . 
  5. ^ abcd Anónimo (2023). «Profesor Michael Ashburner FRS 1942 - 2023». cam.ac.uk . Archivado desde el original el 21 de julio de 2023.
  6. ^ abcde Anónimo (2014). "Ashburner, Prof. Michael" . Who's Who (edición en línea de Oxford University Press  ). A & C Black. doi :10.1093/ww/9780199540884.013.U5810. (Se requiere suscripción o membresía a una biblioteca pública del Reino Unido).
  7. ^ ab Q & A Michael Ashburner Consultado el 28/4/21.
  8. ^ de Ashburner, Michael; Golic, Kent G.; Hawley, R. Scott (2005), Drosophila: un manual de laboratorio (1.ª ed.), Plain View, Nueva York: Cold Spring Harbor Laboratory Press , ISBN 978-0-87969-706-8
  9. ^ ab Botstein, D .; Cherry, JM; Ashburner, M.; Ball, CA; Blake, JA; Butler, H.; Davis, AP; Dolinski, K.; Dwight, SS; Eppig, JT; Harris, MA; Hill, DP; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S .; Matese, JC; Richardson, JE; Ringwald, M.; Rubin, GM ; Sherlock, G. (2000). "Ontología genética: herramienta para la unificación de la biología. El Consorcio de Ontología Genética". Nature Genetics . 25 (1): 25–29. doi :10.1038/75556. PMC 3037419 . PMID  10802651.  Icono de acceso abierto
  10. ^ ab Ashburner, M.; Drysdale, R. (1994). "FlyBase: la base de datos genética de Drosophila". Desarrollo . 120 (7): 2077–2079. doi :10.1242/dev.120.7.2077. PMID  7925011.
  11. ^ ab Anon (1990). "Profesor Michael Ashburner FRS". royalsociety.org . Londres: Royal Society . Archivado desde el original el 23 de noviembre de 2015.
  12. ^ "Profesor emérito Michael Ashburner, Departamento de Genética". gen.cam.ac.uk . Universidad de Cambridge. Archivado desde el original el 15 de enero de 2013.
  13. ^ "Historia oral del Laboratorio Cold Spring Harbor (CSHL) | Michael Ashburner". Archivado desde el original el 20 de marzo de 2015.
  14. ^ "Colección de archivos de iMichael Ashburner". wellcomelibrary.org . Archivado desde el original el 9 de septiembre de 2015.
  15. ^ Publicaciones de Michael Ashburner indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  16. ^ Los documentos de Michael Ashburner conservados en el Centro de Archivos de Churchill
  17. ^ ab Cherbas, Peter; Kaufman, Thom (2023). "En memoria: Michael Ashburner". flybase.org . FlyBase .
  18. ^ Ashburner, Michael (1968). Estudios sobre el efecto de la hinchazón en los cromosomas de las glándulas salivales de Drosophila. lib.cam.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  879391061. EThOS  uk.bl.ethos.596176.
  19. ^ abc Ashburner, M. (2006). "Michael Ashburner". Current Biology . 16 (22): R941–R943. Código Bibliográfico :2006CBio...16.R941A. doi : 10.1016/j.cub.2006.10.010 . S2CID  29654933.
  20. ^ ab Ashburner, M.; Chihara, C.; Meltzer, P.; Richards, G. (1974). "Control temporal de la actividad de soplado en cromosomas politénicos". Simposios de Cold Spring Harbor sobre biología cuantitativa . 38 : 655–662. doi :10.1101/sqb.1974.038.01.070. PMID  4208797.
  21. ^ ab Ashburner, M.; Misra, S.; Roote, J.; Lewis, SE ; Blazej, R.; Davis, T.; Doyle, C.; Galle, R.; George, R.; Harris, N.; Hartzell, G.; Harvey, D.; Hong, L.; Houston, K.; Hoskins, R.; Johnson, G.; Martin, C.; Moshrefi, A.; Palazzolo, M.; Reese, MG; Spradling, A.; Tsang, G.; Wan, K.; Whitelaw, K.; Celniker, S. (1999). "Una exploración de la secuencia de una región de 2,9 Mb del genoma de Drosophila melanogaster: la región Adh". Genética . 153 (1): 179–219. doi :10.1093/genetics/153.1.179. Número de modelo : PMID 10471707  .  Icono de acceso abierto
  22. ^ Adams, M.; Celniker, S.; Holt, R.; Evans, C.; Gocayne, J.; Amanatides, P.; Scherer, S.; Li, P.; Hoskins, R.; Galle, RF; George, RA; Lewis, SE; Richards, S.; Ashburner, M.; Henderson, SN; Sutton, GG; Wortman, JR; Yandell, MD; Zhang, Q.; Chen, LX; Brandon, RC; Rogers, YH; Blazej, RG; Champe, M.; Pfeiffer, BD; Wan, KH; Doyle, C.; Baxter, EG; Helt, G.; et al. (2000). "La secuencia del genoma de Drosophila melanogaster". Science . 287 (5461): 2185–2195. Código Bibliográfico : 2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . doi :10.1126/science.287.5461.2185. PMID  10731132. 
  23. ^ Rubin, G. ; Yandell, M.; Wortman, J.; Gabor Miklos, G.; Nelson, C.; Hariharan, I.; Fortini, M.; Li, P.; Apweiler, R.; Fleischmann, W.; Cherry, JM; Henikoff, S.; Skupski, MP; Misra, S.; Ashburner, M.; Birney, E. ; Boguski, MS; Brody, T.; Brokstein, P.; Celniker, SE; Chervitz, SA; Coates, D.; Cravchik, A.; Gabrielian, A.; Galle, RF; Gelbart, WM; George, RA; Goldstein, LS; Gong, F.; Guan, P. (2000). "Genómica comparativa de los eucariotas". Ciencia . 287 (5461): 2204–2215. Código Bibliográfico : 2000Sci...287.2204.. doi :10.1126/science.287.5461.2204. PMC 2754258. PMID 10731134  . 
  24. ^ Ranz, JM; Maurin, D.; Chan, YS; Von Grotthuss, M.; Hillier, LW; Roote, J.; Ashburner, M.; Bergman, CM (2007). "Principios de la evolución del genoma en el grupo de especies de Drosophila melanogaster". PLOS Biology . 5 (6): e152. doi : 10.1371/journal.pbio.0050152 . PMC 1885836 . PMID  17550304.  Icono de acceso abierto
  25. ^ Teixeira, LS; Ferreira, Á.; Ashburner, M. (2008). "El simbionte bacteriano Wolbachia induce resistencia a infecciones virales de ARN en Drosophila melanogaster". PLOS Biology . 6 (12): e2. doi : 10.1371/journal.pbio.1000002 . PMC 2605931 . PMID  19222304.  Icono de acceso abierto
  26. ^ Hill, RJ; Billas, IML; Bonneton, FO; Graham, LD; Lawrence, MC (2013). "Receptores de ecdisona: del modelo Ashburner a la biología estructural*". Revisión anual de entomología . 58 : 251–271. doi :10.1146/annurev-ento-120811-153610. PMID  23072463.
  27. ^ "FlyTree - Detalles de Michael Ashburner". Archivado desde el original el 11 de noviembre de 2013.
  28. ^ Pearson, Helen (2001). "El juego de nombres de la biología: la nomenclatura confusa de la genética está arruinando el campo". Nature . 411 (6838): 631–632. doi : 10.1038/35079694 . PMID  11395736. S2CID  13625682."Los biólogos prefieren compartir su cepillo de dientes antes que compartir el nombre de un gen"
  29. ^ de Michael Ashburner (2006). Ganado para todos: cómo se secuenció el genoma de la Drosophila. Plainview, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 978-0-87969-802-7.
  30. ^ Sulston, John (2006). "Todos para todos". PLOS Biology . 4 (6): e198. doi : 10.1371/journal.pbio.0040198 . PMC 1475689 . 
  31. ^ Rohn, Jennifer (2006). "Secuenciación, sushi y sangre fría. El relato de Michael Ashburner sobre el proyecto del genoma de la mosca" . Consultado el 29 de julio de 2011 .
  32. ^ Venter, JC (2006). "GENÓMICA: Un ungüento para la mosca". Science . 313 (5795): 1892. doi :10.1126/science.1134998. S2CID  82572658.
  33. ^ "Subvenciones del Gobierno del Reino Unido concedidas a Michael Asburner". Research Councils UK . Archivado desde el original el 16 de abril de 2015.
  34. ^ "Subvenciones del EPSRC otorgadas a Michael Ashburner". EPSRC. Archivado desde el original el 16 de abril de 2015.
  35. ^ Smith, B. ; Ashburner, M.; Rosse, C.; Bard, J.; Bug, W.; Ceusters, W.; Goldberg, LJ; Eilbeck, K.; Ireland, A.; Mungall, CJ; Leontis, N.; Rocca-Serra, P.; Ruttenberg, A.; Sansone, SA ; Scheuermann, RH; Shah, N.; Whetzel, PL; Lewis, S. (2007). "La fundición OBO: evolución coordinada de ontologías para apoyar la integración de datos biomédicos". Nature Biotechnology . 25 (11): 1251–1255. doi :10.1038/nbt1346. PMC 2814061 . PMID  17989687.  Icono de acceso abierto
  36. ^ Grupo de Genoma de Referencia del Consorcio de Ontología Génica (2009). Bourne, Philip E. (ed.). "Proyecto Genoma de Referencia de la Ontología Génica: Un Marco Unificado para la Anotación Funcional entre Especies". PLOS Computational Biology . 5 (7): e1000431. Bibcode :2009PLSCB...5E0431.. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000431 . PMC 2699109 . PMID  19578431. 
  37. ^ Wroe, CJ; Stevens, R .; Goble, CA ; Ashburner, M. (2002). "Una metodología para migrar la ontología génica a un entorno de lógica descriptiva utilizando Daml+Oil". Biocomputing 2003. Simposio del Pacífico sobre Biocomputación 2003. Kauai, Hawái. págs. 624–635. doi :10.1142/9789812776303_0058. ISBN 978-981-238-217-7. Número de identificación personal  12603063.
  38. ^ Degtyarenko, K.; De Matos, P.; Ennis, M.; Hastings, J.; Zbinden, M.; McNaught, A.; Alcantara, R.; Darsow, M.; Guedj, M.; Ashburner, M. (2007). "ChEBI: una base de datos y ontología para entidades químicas de interés biológico". Nucleic Acids Research . 36 (número de base de datos): D344–D350. doi :10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832 . PMID  17932057. 
  39. ^ Gavaghan, H. (2001). "La biología avanza hacia la etapa del silicio". Nature . 409 (6822): 964. doi :10.1038/35057452. PMID  11241987. S2CID  130676.
  40. ^ "EBI en pocas palabras" (PDF) . Instituto Europeo de Bioinformática. Archivado desde el original (PDF) el 6 de febrero de 2011.
  41. ^ Marshall, E. (2000). "GENOMA HUMANO: Estalla la tormenta sobre las condiciones para publicar la secuencia de Celera". Science . 290 (5499): 2042–2043. doi :10.1126/science.290.5499.2042. PMID  11187813. S2CID  37724876.
  42. ^ Anónimo (2001). "Atracciones en las filas del genoma humano en las revistas científicas". The Lancet . 357 (9250): 81. doi : 10.1016/S0140-6736(00)03531-5 . S2CID  5113446.
  43. ^ Moody, Glyn (2004). Código digital de la vida: cómo la bioinformática está revolucionando la ciencia, la medicina y los negocios. Hoboken, NJ: Wiley. ISBN 978-0-471-32788-2.
  44. ^ de Ashburner, Michael. "¿Privatizando nuestros genes?". Archivado desde el original el 14 de enero de 2012. Consultado el 8 de enero de 2012 .
  45. ^ Vince, Gaia. "Temores sobre el acceso al genoma del arroz". New Scientist . Archivado desde el original el 10 de enero de 2014. Consultado el 8 de enero de 2012 .
  46. ^ Roberts, RJ ; Varmus, HE ; Ashburner, M.; Brown, PO ; Eisen, MB ; Khosla, C. ; Kirschner, M.; Nusse, R. ; Scott, M. (2001). "Acceso a la información: creación de un GenBank de la literatura publicada". Science . 291 (5512): 2318–9. doi :10.1126/science.1060273. PMID  11269300. S2CID  34395787.
  47. ^ "Video del autor de BioMed Central: Profesor Michael Ashburner, parte 2/3" en YouTube
  48. ^ "Video del autor de BioMed Central: Profesor Michael Ashburner, parte 3/3" en YouTube
  49. ^ "Video del autor de BioMed Central: Profesor Michael Ashburner, parte 1/3" en YouTube
  50. ^ Ward, Mark (26 de abril de 2001). «Los científicos amenazan con protestar contra la revista». BBC News . Archivado desde el original el 7 de agosto de 2007. Consultado el 4 de febrero de 2012 .
  51. ^ Meek, James (29 de mayo de 2001). "El mundo científico se rebela contra el poder de los propietarios de las revistas". The Guardian . Londres . Consultado el 4 de febrero de 2012 .
  52. ^ Ward, Mark (1 de septiembre de 2001). «Los científicos piden una biblioteca en línea». BBC News . Archivado desde el original el 1 de julio de 2004. Consultado el 4 de febrero de 2012 .
  53. ^ Ashburner, Michael. "Comité Selecto de Ciencia y Tecnología del Parlamento del Reino Unido APÉNDICE 59". Archivado desde el original el 15 de julio de 2012. Consultado el 4 de febrero de 2012 .
  54. ^ McEntyre, JR; Ananiadou, S.; Andrews, S.; Black, WJ; Boulderstone, R.; Buttery, P.; Chaplin, D.; Chevuru, S.; Cobley, N.; Coleman, L. -A.; Davey, P.; Gupta, B.; Haji-Gholam, L.; Hawkins, C.; Horne, A.; Hubbard, SJ; Kim, J. -H.; Lewin, I.; Lyte, V.; MacIntyre, R.; Mansoor, S.; Mason, L.; McNaught, J.; Newbold, E.; Nobata, C.; Ong, E.; Pillai, S.; Rebholz-Schuhmann, D.; Rosie, H.; Rowbotham, R. (2010). "UKPMC: Un recurso de artículos de texto completo para las ciencias de la vida". Investigación de ácidos nucleicos . 39 (número de base de datos): D58 – D65. doi :10.1093/nar/gkq1063. PMC 3013671. PMID  21062818. 
  55. ^ "Libro de Miembros, 1780-2010: Capítulo A" (PDF) . Academia Estadounidense de las Artes y las Ciencias. Archivado desde el original (PDF) el 10 de mayo de 2011 . Consultado el 25 de abril de 2011 .
  56. ^ "Certificado de elección: Michael Ashburner. EC/1990/02". Londres: The Royal Society. Archivado desde el original el 8 de julio de 2019.
  57. ^ Anónimo (1989). "Michael Ashburner MAE". ae-info.org . Academia Europaea .
  58. ^ Birney, Ewan ; Apweiler, Rolf (2023). "Nos entristece profundamente saber del fallecimiento de nuestro cofundador y exdirector de investigación, Michael Ashburner". linkedin.com . Instituto Europeo de Bioinformática .

 Este artículo incorpora texto disponible bajo la licencia CC BY 4.0.

Oficinas académicas
Precedido por
-
Director adjunto del Instituto Europeo de Bioinformática (con Graham Cameron)
1992-2001
Sucedido por
Obtenido de "https://es.wikipedia.org/w/index.php?title=Michael_Ashburner&oldid=1249455255"