JMJD6

JMJD6
Estructuras disponibles
AP	Búsqueda de ortólogos: PDBe RCSB
Lista de códigos de identificación del PDB
	3K2O, 3LD8, 3LDB
Identificadores
Alias	JMJD6 , PSR, PTDSR, PTDSR1, arginina desmetilasa y lisina hidroxilasa, dominio jumonji que contiene 6, arginina desmetilasa y lisina hidroxilasa
Identificaciones externas	OMIM : 604914; MGI : 1858910; HomoloGene : 9046; Tarjetas genéticas : JMJD6; OMA :JMJD6 - ortólogos
Ubicación genética ( humana )
Cristo.	Cromosoma 17 (humano)
Fin	76.726.799 pb
Ubicación del gen ( ratón )
Cristo.	Cromosoma 11 (ratón)
Fin	116.734.275 pb
Patrón de expresión del ARN
	Top expresado en
	vena safena; ; vena cava; ; mucosa gástrica; ; capa muscular del colon sigmoide; ; tráquea; ; pericardio; ; arteria poplítea; ; arterias tibiales; ; aurícula derecha; ; pituitaria anterior;
	Top expresado en
	vesícula ótica; ; placoda ótica; ; sáculo; ; saco vitelino; ; epiblast; ; mórula; ; cigoto; ; embrión; ; embrión; ; granulocito;
	Más datos de expresión de referencia
	; ;
	Más datos de expresión de referencia
Ontología genética
Función molecular	unión de iones de hierro; Actividad de homodimerización de proteínas.; actividad de la dioxigenasa; unión de iones metálicos; Actividad de la histona H3-metil-arginina-2 desmetilasa; unión de proteínas; Actividad de la histona H3-metil-arginina-3 desmetilasa; unión de ARN monocatenario; Unión de ARN; unión de proteínas idénticas; actividad oxidorreductasa; Actividad de la peptidil-lisina 5-dioxigenasa; Actividad de la histona desmetilasa; actividad del receptor de señalización; Actividad coactivadora de la transcripción; actividad desmetilasa; Actividad de la ARN desmetilasa oxidativa; Unión del complejo P-TEFb;
Componente celular	citosol; membrana plasmática; nucleoplasm; nucleolo; núcleo; complejo de ribonucleoproteína; citoplasma;
Proceso biológico	Reconocimiento de células apoptóticas; diferenciación celular; regulación de la transcripción, plantilla de ADN; Diferenciación de células T en el timo; desarrollo del riñón; desarrollo pulmonar; Desmetilación de la histona H3-R2; Procesamiento de ARNm; angiogénesis en brotes; Regulación del empalme del ARNm, a través del espliceosoma; transcripción, con plantilla de ADN; Desmetilación de la histona H4-R3; desarrollo de organismos multicelulares; aclaramiento de células apoptóticas; desarrollo del corazón; vía de señalización del receptor de superficie celular; desarrollo de los vasos sanguíneos; Desarrollo de la retina en el ojo tipo cámara; Empalme de ARN; activación de macrófagos; hidroxilación de peptidil-lisina a 5-hidroxi-L-lisina; desarrollo de eritrocitos; organización de la cromatina; Regulación positiva de la transcripción, con plantilla de ADN.; desmetilación de proteínas; desmetilación oxidativa del ARN; Regulación positiva de la transcripción por la ARN polimerasa II.; homooligomerización de proteínas;
	Fuentes: Amigo / QuickGO
Ortólogos
	23210
	107817
	ENSG00000070495
	ENSMUSG00000056962
	Q6NYC1
	Q9ERI5
	NM_001081461 ; NM_015167
	NM_033398NM_001363363;
	NP_001074930 ; NP_055982
	NP_203971 ; NP_001350292
	Wikidatos
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Gen codificador de proteínas en la especie Homo sapiens

La arginina desmetilasa bifuncional y lisil-hidroxilasa JMJD6 es una enzima que en los humanos está codificada por el gen JMJD6 . ^[5]^[6]

Función

Este gen codifica una proteína nuclear con un dominio JmjC. Las proteínas que contienen el dominio JmjC pertenecen a la superfamilia de las hidroxilasas dependientes de alfa-cetoglutarato . Se predice que funcionan como proteínas hidroxilasas o histonas desmetilasas . Esta proteína se identificó por primera vez como un supuesto receptor de fosfatidilserina involucrado en la fagocitosis de células apoptóticas . Estudios posteriores sugieren que la proteína puede reaccionar de forma cruzada con un anticuerpo monoclonal que reconoce el receptor de fosfatidilserina y no funciona directamente en la eliminación de células apoptóticas. Se han encontrado múltiples variantes de transcripción que codifican diferentes isoformas para este gen. ^[6] A nivel fisiológico, JMJD6 tiene un papel en la angiogénesis, el proceso de formación de vasos, mientras que se implicaron otros papeles de JMJD6 en procesos fisiopatológicos, como la tumorigénesis mamaria. ^[7] Aquí, se encontraron niveles elevados de JMJD6 en el cáncer de mama asociado con agresividad y metástasis en ratones. ^[8]

Referencias

^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000070495 – Ensembl , mayo de 2017
^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000056962 – Ensembl , mayo de 2017
^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
^ "Referencia de PubMed sobre ratón". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
^ Vandivier RW, Fadok VA, Hoffmann PR, Bratton DL, Penvari C, Brown KK, Brain JD, Accurso FJ, Henson PM (marzo de 2002). "La escisión del receptor de fosfatidilserina mediada por elastasa altera la depuración de células apoptóticas en la fibrosis quística y la bronquiectasia". The Journal of Clinical Investigation . 109 (5): 661–70. doi :10.1172/JCI13572. PMC 150889 . PMID 11877474.
^ ab "Gen Entrez: dominio jumonji JMJD6 que contiene 6".
^ Boeckel JN, Guarani V, Koyanagi M, Roexe T, Lengeling A, Schermuly RT, Gellert P, Braun T, Zeiher A, Dimmeler S (febrero de 2011). "La proteína 6 que contiene el dominio Jumonji (Jmjd6) es necesaria para la germinación angiogénica y regula el empalme del receptor VEGF 1". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 108 (8): 3276–81. Bibcode :2011PNAS..108.3276B. doi : 10.1073/pnas.1008098108 . PMC 3044381 . PMID 21300889.
^ Aprelikova O, Chen K, El Touny LH, Brignatz-Guittard C, Han J, Qiu T, Yang HH, Lee MP, Zhu M, Green JE (14 de abril de 2016). "El modificador epigenético JMJD6 se amplifica en tumores mamarios y coopera con c-Myc para mejorar la transformación celular, la progresión tumoral y la metástasis". Clin Epigenetics . 8 (38): 38. doi : 10.1186/s13148-016-0205-6 . PMC 4831179 . PMID 27081402.

Lectura adicional

Boeckel JN, Guarani V, Koyanagi M, Roexe T, Lengeling A, Schermuly RT, Gellert P, Braun T, Zeiher A, Dimmeler S (febrero de 2011). "La proteína 6 que contiene el dominio Jumonji (Jmjd6) es necesaria para la germinación angiogénica y regula el empalme del receptor VEGF 1". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 108 (8): 3276–81. Bibcode :2011PNAS..108.3276B. doi : 10.1073/pnas.1008098108 . PMC 3044381 . PMID 21300889.
Webby CJ, Wolf A, Gromak N, Dreger M, Kramer H, Kessler B, Nielsen ML, Schmitz C, Butler DS, Yates JR, Delahunty CM, Hahn P, Lengeling A, Mann M, Proudfoot NJ, Schofield CJ, Böttger A (julio de 2009). "Jmjd6 cataliza la lisilhidroxilación de U2AF65, una proteína asociada con el empalme de ARN" (PDF) . Science . 325 (5936): 90–3. Bibcode :2009Sci...325...90W. doi :10.1126/science.1175865. hdl : 10033/78493 . PMID 19574390. S2CID 38938528.
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Este artículo sobre un gen del cromosoma humano 17 es un esbozo . Puedes ayudar a Wikipedia expandiéndolo.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000070495 – Ensembl , mayo de 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000056962 – Ensembl , mayo de 2017

[3] "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .

[4] "Referencia de PubMed sobre ratón". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .

[pmid11877474-5] Vandivier RW, Fadok VA, Hoffmann PR, Bratton DL, Penvari C, Brown KK, Brain JD, Accurso FJ, Henson PM (marzo de 2002). "La escisión del receptor de fosfatidilserina mediada por elastasa altera la depuración de células apoptóticas en la fibrosis quística y la bronquiectasia". The Journal of Clinical Investigation . 109 (5): 661–70. doi :10.1172/JCI13572. PMC 150889 . PMID 11877474.

[entrez-6] "Gen Entrez: dominio jumonji JMJD6 que contiene 6".

[7] Boeckel JN, Guarani V, Koyanagi M, Roexe T, Lengeling A, Schermuly RT, Gellert P, Braun T, Zeiher A, Dimmeler S (febrero de 2011). "La proteína 6 que contiene el dominio Jumonji (Jmjd6) es necesaria para la germinación angiogénica y regula el empalme del receptor VEGF 1". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 108 (8): 3276–81. Bibcode :2011PNAS..108.3276B. doi : 10.1073/pnas.1008098108 . PMC 3044381 . PMID 21300889.

[aprelikova-8] Aprelikova O, Chen K, El Touny LH, Brignatz-Guittard C, Han J, Qiu T, Yang HH, Lee MP, Zhu M, Green JE (14 de abril de 2016). "El modificador epigenético JMJD6 se amplifica en tumores mamarios y coopera con c-Myc para mejorar la transformación celular, la progresión tumoral y la metástasis". Clin Epigenetics . 8 (38): 38. doi : 10.1186/s13148-016-0205-6 . PMC 4831179 . PMID 27081402.