Conjunto de etiquetas para artículos de revistas

Abreviatura	JATS
Estado	Publicado
Primera publicación	31 de marzo de 2003 ( 31-03-2003 )
Última versión	NISO JATS 1.2 8 de febrero de 2019 ( 08-02-2019 )
Organización	Organización Nacional de Normas de Información Instituto Nacional de Normas Estadounidenses
Autores	Centro Nacional de Información Biotecnológica Organización Nacional de Normas de Información
Normas básicas	XML
Normas relacionadas	Conjunto de etiquetas de estándares NISO (NISO-STS) Conjunto de etiquetas de intercambio de libros (BITS) Esquema de publicación SciELO (SPS)
Dominio	Publicaciones académicas Publicación semántica
Sitio web	jats.nlm.nih.gov

El Journal Article Tag Suite ( JATS ) es un formato XML utilizado para describir la literatura científica publicada en línea. Es un estándar técnico desarrollado por la National Information Standards Organization (NISO) y aprobado por el American National Standards Institute con el código Z39.96-2012 .

El proyecto NISO fue una continuación del trabajo realizado por NLM/NCBI , y popularizado por PubMed Central de NLM como un estándar de facto para el archivo e intercambio de revistas científicas de acceso abierto y sus contenidos con XML .

Con la estandarización NISO, la iniciativa NLM ganó un alcance más amplio y varios otros repositorios, como SciELO y Redalyc , adoptaron el formato XML para artículos científicos .

JATS proporciona un conjunto de elementos y atributos XML para describir el contenido textual y gráfico de artículos de revistas, así como también material que no es un artículo, como cartas, editoriales y reseñas de libros y productos. ^[1] JATS permite descripciones del contenido completo del artículo o solo de los metadatos del encabezado del artículo; y permite otros tipos de contenido, incluidos artículos de investigación y no investigación, cartas, editoriales y reseñas de libros y productos.

Desde su introducción, la suite DTD de archivado e intercambio NLM de NCBI se ha convertido en el estándar de facto para el marcado de artículos de revistas en publicaciones académicas . ^[2] Con la introducción de NISO JATS, se ha elevado a un verdadero estándar . ^[3] Incluso sin intercambio de datos públicos, las ventajas de la adopción de NISO JATS ofrecen a los editores en términos de agilización de los flujos de trabajo de producción y optimización de la interoperabilidad del sistema. ^{[4] [5]}

JATS de la NLM

NLM JATS, versión 1

• 31 de marzo de 2003 : se presenta la versión 1.0 del DTD de NLM. ( 31-03-2003 ) ^[6]
• 5 de noviembre de 2003 : se lanzó la actualización de la versión 1.1. ( 5 de noviembre de 2003 ) ^[6]

NLM JATS, versión 2

• 30 de diciembre de 2004 : se publicó la actualización principal de la versión 2.0. Está diseñada para respaldar las mejores prácticas de personalización. ( 30 de diciembre de 2004 ) ^[6]
• 14 de noviembre de 2005 : Se publicó la actualización de la versión 2.1 con la incorporación del DTD de creación de artículos . ( 14 de noviembre de 2005 ) ^{[6] [7]}
• 8 de junio de 2006 : se lanzó la actualización de la versión 2.2. ( 08-06-2006 ) ^[6]
• 28 de marzo de 2007 : se lanzó la actualización de la versión 2.3. ( 28-03-2007 ) ^[6]

NLM JATS, versión 3

• 21 de noviembre de 2008 : Se lanzó la actualización principal de la versión 3.0. ( 21 de noviembre de 2008 ) ^{[6] [7]}

Jaquetas Niso

NISO JATS, versión 1.0

• 30 de marzo de 2011  – 30 de septiembre de 2011 : Se publica el primer borrador de la norma NISO Z39.96.201x versión 0.4; período de comentarios de seis meses. ( 30-03-2011 ) ( 30-09-2011 ) ^[8]
• 15 de julio de 2012 : NISO JATS, v1.0 recibió la aprobación de NISO. ( 15 de julio de 2012 ) ^[9]
• 9 de agosto de 2012 : NISO JATS, v1.0 recibió la aprobación ANSI. ( 09-08-2012 ) ^[9]
• 22 de agosto de 2012 : se publicó ANSI/NISO Z39.96-2012, JATS: Journal Article Tag Suite (versión 1.0). Admite compatibilidad total con NLM JATS v3.0. ( 22 de agosto de 2012 ) ^{[6] [9]}

NISO JATS, versión 1.1

• 9 de diciembre de 2013 : Se publica el primer borrador de NISO JATS, v1.1d1. ( 09-12-2013 ) ^[10]
• 29 de diciembre de 2014 : se publicó el segundo borrador de NISO JATS, v1.1d2. ( 2014-12-29 ) ^[11]
• 14 de abril de 2015 : se publicó el tercer borrador de NISO JATS, v1.1d. ( 14 de abril de 2015 ) ^[12]
• 22 de octubre de 2015 : NISO JATS, v1.1 recibió la aprobación de NISO. ( 22 de octubre de 2015 ) ^[13]
• 19 de noviembre de 2015 : NISO JATS, v1.1 recibió la aprobación ANSI ( 19 de noviembre de 2015 ) ^[13]
• 6 de enero de 2016 : se publicó la versión 1.1 de ANSI/NISO Z39.96-2015, JATS: Journal Article Tag Suite. ( 06-01-2016 ) ^[13]

NISO JATS, versión 1.2

• 20 de julio de 2017 : Se publica el primer borrador de NISO JATS, v1.2d1. ( 20 de julio de 2017 ) ^[14]
• 23 de mayo de 2018 : Se publica el primer borrador de NISO JATS, v1.2d2. ( 23-05-2018 ) ^[15]
• 8 de febrero de 2019 : se publicó la versión 1.2 de ANSI/NISO Z39.96-2019, JATS: Journal Article Tag Suite. ( 08-02-2019 ) ^[16]

NISO JATS, versión 1.3

• 7 de julio de 2021 : se publicó la versión 1.3 de ANSI/NISO Z39.96-2021, JATS: Journal Article Tag Suite. ( 07-07-2021 ) ^[17]

Por diseño, este es un modelo para artículos de revistas, como el artículo de investigación típico que se encuentra en una revista STM , y no un modelo para revistas completas. ^[18]

Hay tres conjuntos de etiquetas:

Archivado e intercambio de revistas ( Verde )

"El más permisivo de los conjuntos de etiquetas", ^[19] destinado principalmente a la captura y archivo de datos de revistas existentes.

Publicación de revistas ( azul )

"Un conjunto de etiquetas moderadamente prescriptivo", ^[19] destinado al uso general en la producción y publicación de revistas.

Formalmente, este modelo es un subconjunto del modelo de archivado . Es la variante de JATS más utilizada.

Creación de artículos ( naranja )

"El más prescriptivo [el más estricto y el más pequeño] de los conjuntos de etiquetas", ^[19] destinado a la creación relativamente liviana de artículos de revistas válidos para JATS.

Formalmente este modelo es un subconjunto del modelo de publicación .

Las definiciones de tipo de documento (también publicadas en forma de RELAX NG y esquema XML ) definen cada conjunto e incorporan otros estándares como MathML y ​​XHTML Tables (aunque no en el espacio de nombres XHTML ).

El conjunto de publicaciones JATS define un documento que es un componente de nivel superior de una revista, como un artículo, una reseña de un libro o un producto, o una carta al editor. Cada uno de estos documentos se compone de material preliminar (obligatorio) y hasta tres partes opcionales. ^[18] Estas deben aparecer en el siguiente orden:

Materia preliminar

La portada del artículo contiene los metadatos del artículo (también llamados información del encabezado del artículo), por ejemplo, el título del artículo, la revista en la que aparece, la fecha y el número de publicación de esa revista, una declaración de derechos de autor, etc. Se pueden capturar tanto los metadatos a nivel de artículo y de número (en el elemento <article-meta>) como los metadatos a nivel de revista (en el elemento <journal-meta>).

Cuerpo (del artículo)

El cuerpo del artículo es el contenido textual y gráfico principal del artículo. Generalmente consta de párrafos y secciones, que pueden contener figuras, tablas, barras laterales (texto enmarcado), etc. El cuerpo del artículo es opcional para adaptarse a aquellos repositorios que solo conservan la información del encabezado del artículo y no etiquetan el contenido textual.

Materia de fondo

Si está presente, el material final del artículo contiene información complementaria al texto principal, como un glosario, un apéndice o una lista de referencias citadas.

Material flotante

Un editor puede optar por colocar todos los objetos flotantes en un artículo y su material posterior (como tablas, figuras, recuadros de texto, etc.) en un elemento contenedor separado fuera del flujo narrativo para facilitar el procesamiento. ^[18]

Después del material de portada, cuerpo, contraportada y flotante, puede haber una o más respuestas al artículo o uno o más artículos subordinados. ^[18]

Esta es la estructura mínima del artículo,

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <!DOCTYPE article  PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Publicación en revistas DTD v1.0 20120330//EN"  "JATS-journalpublishing1.dtd" > <article dtd-version= "1.0" article-type= "article" specific-use= "migrated" xmlns:mml= "http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink= "http://www.w3.org/1999/xlink" > <front> ... </front> <body> ... </body> <back> ... </back> </article>         

El DOCTYPEencabezado es opcional, un legado de los validadores orientados a DTD y SGML . El atributo se puede utilizar incluso sin un encabezado DTD.dtd-version

El elemento raíz articlees común para cualquier versión de JATS o "familia JATS", como los DTD de NLM. Las reglas para frontla validación de etiquetas bodyy back, dependen de la versión de JATS, pero todas las versiones tienen una estructura similar, con buena compatibilidad en un rango de años. La evolución del esquema preserva una estabilidad general.

Las variantes menos comunes, "sólo front", "sólo " fronty back" también se utilizan para otras finalidades que no sean la representación del contenido completo. La composición general del artículo (como expresión de contenido DTD ) es

 (frente, cuerpo?, espalda?, grupo de flotadores?, (sub-artículo* | respuesta*))

Existe una variedad de herramientas para crear, editar, convertir y transformar JATS. Van desde formularios simples ^[20] hasta la automatización completa de la conversión:

Tome como entrada un documento científico y, con algo de apoyo humano, produzca una salida JATS.

• Documentos de OpenOffice ( LibreOffice ) y MS Word a JATS:
  • Typeset: proporciona un conjunto automatizado de convertidores de MS-Word a JATS XML.
  • OxGarage : ^[21] puede convertir documentos de varios formatos a "National Library of Medicine (NLM) DTD 3.0".
  • meTypeset : meTypeset ^[22] "es una bifurcación de la pila OxGarage" "para convertir del formato .docx de Microsoft Word a NLM/JATS-XML".
  • eXtyles : ^[23] automatiza aspectos que consumen mucho tiempo de la edición de documentos en Microsoft Word y los exporta a JATS XML (así como a muchos otros DTD).
• Markdown a JATS: Pandoc 2.0 puede convertir varios formatos de entrada a JATS. ^[24]
• PDF a JATS: este es un problema muy difícil de resolver. El éxito depende de lo bien estructurados que estén sus archivos PDF y, en el caso de la conversión por lotes, de la coherencia de su estructura.
  • Shabash Merops ^[25]
  • Convertidor de PDF a XML JATS de Typeset
  • El Proyecto de Conocimiento Público ^[26] está desarrollando un sistema para convertir PDF a JATS. Incluirá el uso de pdfx . ^[27]
  • Extractor y minador de contenido CERMINE ^[28]

Tome JATS como entrada y produzca otro tipo de documento como salida.

• De JATS a HTML
  • Hojas de estilo de vista previa JATS ( conversión XSLT canónica ), consulte el conversor clásico (2013). ^[29]
  • eLife Lens ^[30] convierte NLM XML a JSON para su visualización mediante HTML y Javascript.
• De JATS a PDF: algunas hojas de estilo de vista previa de JATS, conversión XSLT + XSL-FO.
• De JATS a EPUB. ^[31]
• Genérico (de JATS DTD): DtdAnalyzer ^[32] — compara JATS con otros DTD y ayuda a crear una representación XML, generación de XSLT y Schematron y otras herramientas.

• Typeset ofrece un editor WYSIWYM para artículos académicos. Admite exportaciones XML en los estándares NISO JATS y NLM JATS. Lo utilizan principalmente revistas y editoriales que buscan convertir archivos MS-Word enviados por autores a XML, PDF, HTML y ePuB. ^[33]
• Marco JATS para oXygen XML Editor: los usuarios de oXygen XML Editor y oXygen XML Author ahora pueden instalar compatibilidad con las versiones actuales de NISO JATS (y como beneficio adicional, NLM BITS). En función de un identificador proporcionado en una declaración DOCTYPE, oXygen detectará que está editando un documento JATS y proporcionará hojas de estilo y utilidades. ^[34]
• FontoXML para JATS: editor WYSIWYS para editar y revisar contenido JATS: ^[35]
• PubRef "Pipeline": Editor JATS de vista previa en tiempo real basado en navegador: ^[36]
• Annotum : ^[37] un tema de WordPress que contiene creación de textos WYSIWYG en JATS (subconjunto de Kipling), revisión por pares y gestión editorial, y publicación. ^[38]
• Edición JATS para el editor XML basado en web Xeditor .
• Editor de texturas ^[39] del Substance Consortium. ^[40] El primer editor en línea "nacido para JATS". ^[41]
• Libero Editor, desarrollado por eLife , se describe a sí mismo como "Una interfaz de edición fácil de usar diseñada para el personal editorial y los autores para la producción de XML JATS de alta calidad".

Herramientas que procesan JATS como HTML, generalmente sobre la marcha.

• Hojas de estilo de vista previa de JATS: ^[42] Las hojas de estilo de vista previa de JATS son una serie de archivos .xsl, .xpl, .css y .sch que crearán versiones .html o .pdf de archivos NISO Z39.96-2012 JATS 1.0 válidos. Están destinadas principalmente para uso interno por parte de los editores y como base para la personalización. ^[43]
• Typeset: permite generar HTML a partir de JATS XML con un solo clic. Además, ofrece la capacidad de generar HTML personalizado según los requisitos de la revista. ^[44]
• PubReader – “La vista PubReader es una presentación web alternativa… Diseñada especialmente para mejorar la legibilidad en tabletas y otros dispositivos de pantalla pequeña, PubReader también se puede utilizar en computadoras de escritorio y portátiles y desde múltiples navegadores web”. ^[45]

• Jatsdoc: genera documentación para cualquier personalización particular de JATS. Jatsdoc está integrado con DtdAnalyzer de NCBI . ^{[46] [47]}

A medida que NISO JATS comenzó a ser el estándar de facto y de iure para las revistas de acceso abierto , la comunidad científica adoptó los repositorios JATS como una especie de depósito legal , a veces considerado más valioso que las bibliotecas digitales tradicionales donde solo se almacena una versión en PDF. El conocimiento abierto necesita formatos más ricos y estructurados como JATS: PDF y JATS deben estar certificados como "mismo contenido", y el conjunto "PDF+JATS" forma la unidad de depósito legal. Lista de repositorios JATS y su contenido:

• PubMed Central : (consulte estos números)
  • US PubMed Central: en 2016 ~3,8 millones de artículos ^[48]
  • Europa PubMed Central : en 2016 ~3,7 millones de artículos ^[49]
• SciELO : en 2016 ~0,6 millones de artículos ^[50]

Estos repositorios se superponen y el mismo artículo puede estar en más de un repositorio.

Hay algunos esfuerzos y experimentos que utilizan la conversión RDF en 2012, ^[51] sin impacto en la comunidad JATS.

Posteriormente, en ~2016, para el contexto de la Web Semántica , con la iniciativa SchemaOrg , se definió la clase ScholarlyArticle, que tuvo mejor acogida. Se trata de una primera "estandarización tipo JATS" para los contextos de uso de RDF.

• Empaquetador, Abel L.; Salgado, Eliana; Araujo, javanés; Aquino, Leticia; Almeida, Renata; Santos, Jesner; Lucena, Suely; Soares, Caroline M. (4 de abril de 2014). "¿Por qué XML?". SciELO en Perspectiva .
• Sharp, Molly (4 de junio de 2013). "Documentos estructurados para la ciencia: JATS XML como formato de contenido canónico". PLOS Tech .

• Conjunto de etiquetas para artículos de revistas de la NLM: sitio de información y documentación del NCBI.
• NISO JATS versión 1.1 (estándar actual):
  • Biblioteca de etiquetas de archivado e intercambio
  • Biblioteca de etiquetas de publicación
  • Biblioteca de etiquetas para la creación de artículos
• Estilos y personalización:
  • SciELO Publishing Schema (SPS): personalización de SciELO.
  • Pautas de etiquetado del estilo de etiquetado XML preferido de PubMed Central
  • Conjunto de etiquetas de normas ISO (ISOSTS) como personalización de NISO JATS
  • Suite de etiquetas de intercambio de libros NISO (BITS) , basada en JATS.
  • TextureJATS, un subconjunto coherente mínimo de JATS.
• Comunidad abierta JATS:
  • Comunidad "JATS for Reuse" (JATS4R), validador
  • Comunidad SchemaOrg, ScholarlyArticle
  • Artículo académico sobre XML-JATS a HTML5 de PeerJ