Clamidiota
Filo de bacterias

Clamidiota
Clamidia trachomatis
Clasificación científica Editar esta clasificación
Dominio:Bacteria
Superfilo:Superfilo PVC
Filo:Clamidia
Garrity & Holt 2021 [3]
Clase:Cuerno de clamidia
2016 [1] [2]
Órdenes y familias
Sinónimos
  • Clamidiotas:
    • "Chlamydaeota" Oren et al. 2015
    • "Clamidias" Garrity y Holt 2001
    • "Chlamydiota" Whitman y otros, 2018
    • "Clamidobacterias" Buchanan 1917
  • Clamidia:

Las Chlamydiota (sinónimo Chlamydiae ) son un filo y una clase bacteriana cuyos miembros son notablemente diversos, incluyendo patógenos de humanos y animales, simbiontes de protozoos ubicuos , [4] y formas de sedimentos marinos aún no bien entendidas. [5] Todas las Chlamydiota que los humanos conocen desde hace muchas décadas son bacterias intracelulares obligadas; en 2020 se descubrieron muchas Chlamydiota adicionales en entornos del fondo del océano, y aún no se sabe si todas tienen huéspedes . [5] Históricamente se creía que todas las Chlamydiota tenían una pared celular libre de peptidoglicano , pero los estudios en la década de 2010 demostraron una presencia detectable de peptidoglicano, así como otras proteínas importantes. [6] [7] [8] [9] [10] [11]

Entre las Chlamydiota, todas las que la ciencia conoce desde hace mucho tiempo crecen únicamente infectando células hospedadoras eucariotas . Son tan pequeñas como muchos virus o incluso más pequeñas . Tienen forma ovoide y se tiñen como bacterias gramnegativas . Dependen de la replicación dentro de las células hospedadoras; por lo tanto, algunas especies se denominan patógenos intracelulares obligados y otras son simbiontes de protozoos ubicuos. La mayoría de las Chlamydiota intracelulares se encuentran en un cuerpo de inclusión o vacuola . Fuera de las células, sobreviven solo como una forma infecciosa extracelular.

Estas clamidiosis solo pueden crecer en el mismo lugar donde crecen sus células hospedadoras y se desarrollan de acuerdo con un ciclo de desarrollo bifásico característico. [12] [13] [14] Por lo tanto, las clamidiosis clínicamente relevantes no se pueden propagar en medios de cultivo bacterianos en el laboratorio clínico. Se aíslan con mayor éxito mientras aún se encuentran dentro de sus células hospedadoras.

De las diversas Chlamydiota que causan enfermedades humanas, las dos especies más importantes son Chlamydia pneumoniae , que causa un tipo de neumonía , y Chlamydia trachomatis , que causa clamidia . La clamidia es la infección de transmisión sexual bacteriana más común en los Estados Unidos y se informan 2,86 millones de infecciones por clamidia anualmente.

Historia

La enfermedad parecida a la clamidia que afecta a los ojos de las personas fue descrita por primera vez en manuscritos antiguos chinos y egipcios. Halberstaedrrter y von Prowazek proporcionaron una descripción moderna de los organismos similares a la clamidia en 1907.

Los aislamientos de clamidia cultivados en los sacos vitelinos de huevos embrionarios se obtuvieron de un brote de neumonitis humana a fines de la década de 1920 y principios de la de 1930, y para mediados del siglo XX, se habían obtenido aislamientos de docenas de especies de vertebrados. El término clamidia (una capa) apareció en la literatura en 1945, aunque se siguieron utilizando otros nombres, incluidos Bedsonia, Miyagawanella, agentes de ornitosis, TRIC y PLT. En 1956, Tang Fei-fan cultivó por primera vez Chlamydia trachomatis , aunque aún no se las reconocía como bacterias. [15]

Nomenclatura

En 1966, las Chlamydiota fueron reconocidas como bacterias y se validó el género Chlamydia . [16] El orden Chlamydiales fue creado por Storz y Page en 1971. Recientemente se publicó de forma válida la clase Chlamydiia . [17] [18] [19] Entre 1989 y 1999, se reconocieron nuevas familias, géneros y especies. El filo Chlamydiae se estableció en el Manual de Bacteriología Sistemática de Bergey . [20] En 2006, se habían reportado datos genéticos de más de 350 linajes de clamidias. [21] El descubrimiento de formas del fondo oceánico reportado en 2020 involucra nuevos clados . [5] En 2022, el filo pasó a llamarse Chlamydiota. [3]

Taxonomía y firmas moleculares

Chlamydiota contiene actualmente ocho géneros con nombres válidos y 14 géneros. [22] El filo actualmente consta de dos órdenes (Chlamydiales, Parachlamydiales) y nueve familias dentro de una sola clase (Chlamydiia). [17] [18] Solo cuatro de estas familias tienen nombres válidos ( Chlamydiaceae , Parachlamydiaceae , Simkaniaceae , Waddliaceae ) [23] [24] mientras que cinco se describen como familias (Clavichlamydiaceae, Criblamydiaceae, Parilichlamydiaceae, Piscichlamydiaceae y Rhabdochlamydiaceae ). [25] [26] [27]

El orden Chlamydiales, tal como se describió recientemente, contiene las familias Chlamydiaceae y Clavichlamydiaceae, mientras que el nuevo orden Parachlamydiales alberga las siete familias restantes. [17] Esta propuesta está respaldada por la observación de dos clados filogenéticos distintos que garantizan rangos taxonómicos por encima del nivel de familia. Se ha descubierto que las firmas moleculares en forma de indeles conservados (CSI) y proteínas (CSP) son compartidas de forma única por cada orden por separado, lo que proporciona un medio para distinguir cada clado del otro y respalda la visión de la ascendencia compartida de las familias dentro de cada orden. [17] [28] La distinción de los dos órdenes también está respaldada por el hecho de que no se encontraron CSI entre ninguna otra combinación de familias.

También se han encontrado firmas moleculares que son exclusivas de la familia Chlamydiaceae. [17] [28] Las Chlamydiaceae originalmente consistían en un género, Chlamydia , pero en 1999 se dividió en dos géneros, Chlamydophila y Chlamydia . Los géneros se han reunido desde 2015, donde las especies que pertenecen al género Chlamydophila han sido reclasificadas como especies de Chlamydia. [29] [30]

Sin embargo, se han encontrado CSI y CSP específicamente para las especies de Chlamydophila, lo que respalda su distinción de Chlamydia, lo que quizás justifique una consideración adicional de dos agrupaciones separadas dentro de la familia. [17] [28] También se han encontrado CSI y CSP que son compartidos exclusivamente por todas las Chlamydia que son más indicativos de un linaje independiente de Chlamydophila, lo que respalda un medio para distinguir las especies de Chlamydia de los miembros vecinos de Chlamydophila.

Filogenética

Las clamidias forman un grupo evolutivo bacteriano único que se separó de otras bacterias hace unos mil millones de años y se puede distinguir por la presencia de varios CSI y CSP. [17] [28] [31] [14] Las especies de este grupo se pueden distinguir de todas las demás bacterias por la presencia de indeles conservados en varias proteínas y por una gran cantidad de proteínas distintivas que están presentes de forma única en diferentes especies de clamidias. [32] [33]

Los informes han variado en cuanto a si los Chlamydiota están relacionados con los Planctomycetota o Spirochaetota . [34] [35] Sin embargo, la secuenciación del genoma indica que el 11% de los genes en Protochlamydia amoebophila UWE25 y el 4% en Chlamydiaceae son más similares a los genes de cloroplasto , planta y cianobacteria . [14] Cavalier-Smith ha postulado que los Chlamydiota caen en el clado Planctobacteria en el clado más grande Gracilicutes . Sin embargo, la filogenia y la presencia compartida de CSI en proteínas que son específicas del linaje indican que los Verrucomicrobiota son los parientes de vida libre más cercanos de estos organismos parásitos. [36] La comparación de los genes de ARN ribosómico ha proporcionado una filogenia de cepas conocidas dentro de Chlamydiota. [21]

Patógenos humanos y diagnósticos

Se describen tres especies de Chlamydiota que comúnmente infectan a los humanos:

El estado fisiológico único de Chlamydiota, que incluye su ciclo de vida bifásico y la obligación de replicarse dentro de un huésped eucariota, ha permitido el uso del análisis de ADN para el diagnóstico de clamidia. [37] La ​​transferencia horizontal de genes es evidente y complica esta área de investigación. En un ejemplo extremo, se han encontrado dos genes que codifican proteínas H1 similares a histonas de origen eucariota en el genoma procariota de C. trachomatis, un patógeno intracelular obligado .

Filogenia

LTP basado en ARNr 16S _08_2023 [38] [39] [40]120 proteínas marcadoras basadas en GTDB 08-RS214 [41] [42] [43]
Clamidiales
"Similichlamydiales"

"Parilichlamydiaceae"

Clamidiales

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) [44] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) [45].

  • "Similichlamydiales" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [Hat2]
    • Familia "Piscichlamydiaceae" Cuerno 2010
    • Familia "Parilichlamydiaceae" Stride et al. 2013 ["Similichlamydiaceae" Pallen, Rodríguez-R & Alikhan 2022 ]
  • Orden Chlamydiales Storz & Page 1971

Véase también

Referencias

  1. ^ Horn M. (2010). "Clase I. Clase Chlamydiia nov." En Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W, Whitman WB. (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Vol. 4 (2.ª ed.). Nueva York, NY: Springer. p. 844. doi :10.1007/978-0-387-68572-4. ISBN 978-0-387-95042-6.
  2. ^ Oren A, Garrity GM. (2016). "Lista de validación n.º 170. Lista de nuevos nombres y nuevas combinaciones publicadas anteriormente de forma efectiva, pero no válida". Int J Syst Evol Microbiol . 66 (7): 2463–2466. doi : 10.1099/ijsem.0.001149 . PMID  27530111.
  3. ^ ab Oren A, Garrity GM (2021). "Publicación válida de los nombres de cuarenta y dos filos de procariotas". Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
  4. ^ Sixt BS, Siegl A, Müller C, Watzka M, Wultsch A, Tziotis D, et al. (2013). "Características metabólicas de los cuerpos elementales de Protochlamydia amoebophila: un vínculo entre la actividad y la infectividad en Chlamydiae". PLOS Pathogens . 9 (8): e1003553. doi : 10.1371/journal.ppat.1003553 . PMC 3738481 . PMID  23950718. 
  5. ^ abc Dharamshi JE, Tamarit D, Eme L, Stairs CW, Martijn J, Homa F, et al. (Marzo de 2020). "Los sedimentos marinos iluminan la diversidad y evolución de las clamidias". Biología actual . 30 (6): 1032–1048.e7. Código Bib : 2020CBio...30E1032D. doi : 10.1016/j.cub.2020.02.016 . PMID  32142706. S2CID  212423997.
  6. ^ Pilhofer M, Aistleitner K, Biboy J, Gray J, Kuru E, Hall E, et al. (2013-12-02). "El descubrimiento del peptidoglicano de clamidia revela bacterias con sáculos de mureína pero sin FtsZ". Nature Communications . 4 (1): 2856. Bibcode :2013NatCo...4.2856P. doi :10.1038/ncomms3856. PMC 3847603 . PMID  24292151. 
  7. ^ Jacquier N, Viollier PH, Greub G (marzo de 2015). "El papel del peptidoglicano en la división celular de las clamidias: hacia la resolución de la anomalía de las clamidias". FEMS Microbiology Reviews . 39 (2): 262–275. doi : 10.1093/femsre/fuv001 . PMID  25670734.
  8. ^ Malhotra M, Sood S, Mukherjee A, Muralidhar S, Bala M (septiembre de 2013). "Chlamydia trachomatis genital: una actualización". Revista india de investigación médica . 138 (3): 303–316. PMC 3818592 . PMID  24135174. 
  9. ^ Liechti GW, Kuru E, Hall E, Kalinda A, Brun YV, VanNieuwenhze M, Maurelli AT (febrero de 2014). "Un nuevo método de etiquetado metabólico de la pared celular revela peptidoglicano en Chlamydia trachomatis". Nature . 506 (7489): 507–510. Bibcode :2014Natur.506..507L. doi :10.1038/nature12892. PMC 3997218 . PMID  24336210. 
  10. ^ Liechti G, Kuru E, Packiam M, Hsu YP, Tekkam S, Hall E, et al. (mayo de 2016). "Las clamidias patógenas carecen de un sáculo clásico pero sintetizan un anillo de peptidoglicano estrecho en la mitad de la célula, regulado por MreB, para la división celular". PLOS Pathogens . 12 (5): e1005590. doi : 10.1371/journal.ppat.1005590 . PMC 4856321 . PMID  27144308. 
  11. ^ Gupta RS (agosto de 2011). "Origen de las bacterias didermicas (gramnegativas): la presión de selección antibiótica, en lugar de la endosimbiosis, probablemente condujo a la evolución de células bacterianas con dos membranas". Antonie van Leeuwenhoek . 100 (2): 171–182. doi :10.1007/s10482-011-9616-8. PMC 3133647 . PMID  21717204. 
  12. ^ Horn M (2008). "Clamidias como simbiontes en eucariotas". Revisión anual de microbiología . 62 : 113–131. doi :10.1146/annurev.micro.62.081307.162818. PMID  18473699. S2CID  13405815.
  13. ^ Abdelrahman YM, Belland RJ (noviembre de 2005). "El ciclo de desarrollo de las clamidias". FEMS Microbiology Reviews . 29 (5): 949–959. doi : 10.1016/j.femsre.2005.03.002 . PMID  16043254.
  14. ^ abc Horn M, Collingro A, Schmitz-Esser S, Beier CL, Purkhold U, Fartmann B, et al. (abril de 2004). "Iluminando la historia evolutiva de las clamidias". Science . 304 (5671): 728–730. Bibcode :2004Sci...304..728H. doi : 10.1126/science.1096330 . PMID  15073324. S2CID  39036549.
  15. ^ Philip S. Brachman y Elias Abrutyn (23 de julio de 2009). Infecciones bacterianas en humanos: epidemiología y control . ISBN 9780387098425.
  16. ^ Moulder JW (1966). "La relación del grupo psitacosis (Chlamydiae) con bacterias y virus". Revisión anual de microbiología . 20 : 107–130. doi :10.1146/annurev.mi.20.100166.000543. PMID  5330228.
  17. ^ abcdefg Gupta RS, Naushad S, Chokshi C, Griffiths E, Adeolu M (septiembre de 2015). "Un análisis basado en marcadores moleculares y filogenómicos del filo Chlamydiae: propuesta para dividir la clase Chlamydiia en dos órdenes, Chlamydiales y Parachlamydiales ord. nov., y descripción enmendada de la clase Chlamydiia". Antonie van Leeuwenhoek . 108 (3): 765–781. doi :10.1007/s10482-015-0532-1. PMID  26179278. S2CID  17099157.
  18. ^ ab Oren A, Garrity GM (julio de 2016). "Lista de nuevos nombres y nuevas combinaciones publicadas anteriormente de manera efectiva, pero no válida". Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 66 (7): 2463–2466. doi : 10.1099/ijsem.0.001149 . PMID  27530111.
  19. ^ Storz J, Page LA (1971). "Taxonomía de las clamidias: razones para clasificar los organismos del género Chlamydia, familia Chlamydiaceae, en un orden separado, Chlamydiales ord. nov". Revista internacional de bacteriología sistemática . 21 (4): 332–334. doi : 10.1099/00207713-21-4-332 .
  20. ^ Garrity GM, Boone DR (2001). Manual de bacteriología sistemática de Bergey, volumen 1: las arqueas y las bacterias fototróficas y de ramificación profunda (2.ª ed.). Springer. ISBN 978-0-387-98771-2.
  21. ^ ab Everett KD, Thao M, Horn M, Dyszynski GE, Baumann P (julio de 2005). "Nuevas clamidias en moscas blancas y cochinillas: endosimbiontes 'Candidatus Fritschea bemisiae' cepa Falk y cepa 'Candidatus Fritschea eriococci' Elm". Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 55 (Parte 4): 1581–1587. doi : 10.1099/ijs.0.63454-0 . PMID  16014485.
  22. ^ Sayers; et al. "Chlamydiia". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 24 de octubre de 2016 .
  23. ^ Everett KD, Bush RM, Andersen AA (abril de 1999). "Descripción corregida del orden Chlamydiales, propuesta de Parachlamydiaceae fam. nov. y Simkaniaceae fam. nov., cada una con un género monotípico, taxonomía revisada de la familia Chlamydiaceae, que incluye un nuevo género y cinco nuevas especies, y normas para la identificación de organismos". Revista internacional de bacteriología sistemática . 49 (parte 2): 415–440. doi : 10.1099/00207713-49-2-415 . PMID  10319462.
  24. ^ Rurangirwa FR, Dilbeck PM, Crawford TB, McGuire TC, McElwain TF (abril de 1999). "El análisis del gen 16S rRNA del microorganismo WSU 86-1044 de un feto bovino abortado revela que es un miembro del orden Chlamydiales: propuesta de Waddliaceae fam. nov., Waddlia chondrophila gen. nov., sp. nov". Revista Internacional de Bacteriología Sistemática . 49 (Pt 2): 577–581. doi : 10.1099/00207713-49-2-577 . PMID  10319478.
  25. ^ Thomas V, Casson N, Greub G (diciembre de 2006). "Criblamydia sequanensis, una nueva Chlamydiales intracelular aislada del agua del río Sena mediante cocultivo de amebas". Microbiología medioambiental . 8 (12): 2125–2135. Bibcode :2006EnvMi...8.2125T. doi :10.1111/j.1462-2920.2006.01094.x. PMID  17107554. S2CID  31211875.
  26. ^ Stride MC, Polkinghorne A, Miller TL, Groff JM, Lapatra SE, Nowak BF (marzo de 2013). "Caracterización molecular de "Candidatus Parilichlamydia carangidicola", un nuevo agente epiteliocístico similar a Chlamydia en el pez rey de cola amarilla, Seriola lalandi (Valenciennes), y la propuesta de una nueva familia, "Candidatus Parilichlamydiaceae" fam. nov. (orden Chlamydiales)". Microbiología Aplicada y Ambiental . 79 (5): 1590–1597. Bibcode :2013ApEnM..79.1590S. doi :10.1128/AEM.02899-12. PMC 3591964 . PMID  23275507. 
  27. ^ Kuo CC, Horn M, Stephens RS (2011) Orden I. Chlamydiales. En: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 4, 2.ª ed., págs. 844-845. Eds. Krieg N, Staley J, Brown D, Hedlund B, Paster B, Ward N, Ludwig W, Whitman W. Springer-: Nueva York.
  28. ^ abcd Griffiths E, Ventresca MS, Gupta RS (enero de 2006). "Examen BLAST de genomas de clamidias para identificar proteínas distintivas que son exclusivas de los grupos de especies Chlamydiales, Chlamydiaceae, Chlamydophila y Chlamydia". BMC Genomics . 7 : 14. doi : 10.1186/1471-2164-7-14 . PMC 1403754 . PMID  16436211. 
  29. ^ Sachse K, Bavoil PM, Kaltenboeck B, Stephens RS, Kuo CC, Rosselló-Móra R, Horn M (marzo de 2015). "Enmienda de la familia Chlamydiaceae: propuesta de un único género, Chlamydia, para incluir todas las especies actualmente reconocidas". Microbiología Sistemática y Aplicada . 38 (2): 99–103. Bibcode :2015SyApM..38...99S. doi :10.1016/j.syapm.2014.12.004. hdl :10261/123714. PMID  25618261.
  30. ^ Oren A, Garrity GM (2015). "Lista de nuevos nombres y nuevas combinaciones publicadas anteriormente de manera efectiva, pero no válida". Int J Syst Evol Microbiol . 65 (7): 2017–2025. doi :10.1099/ijs.0.000317. PMID  28056215.
  31. ^ Greub G, Raoult D (septiembre de 2003). "Historia del gen que codifica la translocasa ADP/ATP, un gen de parasitismo transferido de un ancestro de Chlamydiales a las plantas hace mil millones de años". Applied and Environmental Microbiology . 69 (9): 5530–5535. Bibcode :2003ApEnM..69.5530G. doi :10.1128/AEM.69.9.5530-5535.2003. PMC 194985 . PMID  12957942. 
  32. ^ Griffiths E, Petrich AK, Gupta RS (agosto de 2005). "Indeles conservados en proteínas esenciales que son características distintivas de Chlamydiales y proporcionan nuevos medios para su identificación". Microbiología . 151 (Pt 8): 2647–2657. doi : 10.1099/mic.0.28057-0 . PMID  16079343.
  33. ^ Gupta RS, Griffiths E (diciembre de 2006). "Proteínas específicas de clamidia e indels: nuevas herramientas para estudios". Tendencias en microbiología . 14 (12): 527–535. doi :10.1016/j.tim.2006.10.002. PMID  17049238.
  34. ^ Ward NL, Rainey FA, ​​Hedlund BP, Staley JT, Ludwig W, Stackebrandt E (noviembre de 2000). "Análisis filogenéticos comparativos de miembros del orden Planctomycetales y la división Verrucomicrobia: el análisis de la secuencia del gen ARNr 23S respalda la filogenia derivada de la secuencia del gen ARNr 16S". Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 50 (parte 6): 1965–1972. doi : 10.1099/00207713-50-6-1965 . PMID  11155969.
  35. ^ Teeling H, Lombardot T, Bauer M, Ludwig W, Glöckner FO (mayo de 2004). "Evaluación de la posición filogenética del planctomiceto 'Rhodopirellula baltica' SH 1 mediante secuencias de proteínas ribosómicas concatenadas, secuencias de subunidades de la ARN polimerasa dirigidas por ADN y árboles de genoma completo". Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 54 (Pt 3): 791–801. doi : 10.1099/ijs.0.02913-0 . PMID  15143026.
  36. ^ Griffiths E, Gupta RS (agosto de 2007). "La filogenia y las inserciones conservadas compartidas en proteínas proporcionan evidencia de que Verrucomicrobia son los parientes de vida libre más cercanos conocidos de las clamidias". Microbiología . 153 (Pt 8): 2648–2654. doi : 10.1099/mic.0.2007/009118-0 . PMID  17660429. S2CID  2094762.
  37. ^ Corsaro D, Greub G (abril de 2006). "Potencial patógeno de las nuevas clamidias y métodos de diagnóstico de las infecciones debidas a estas bacterias intracelulares obligadas". Clinical Microbiology Reviews . 19 (2): 283–297. doi :10.1128/CMR.19.2.283-297.2006. PMC 1471994 . PMID  16614250. 
  38. ^ "El LTP" . Consultado el 20 de noviembre de 2023 .
  39. ^ "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 20 de noviembre de 2023 .
  40. ^ "Notas de la versión LTP_08_2023" (PDF) . Consultado el 20 de noviembre de 2023 .
  41. ^ "GTDB release 08-RS214". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  42. ^ "bac120_r214.sp_label". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  43. ^ "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  44. ^ JP Euzéby. "Chlamydiota". Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) . Consultado el 9 de septiembre de 2022 .
  45. ^ Sayers; et al. "Chlamydiae". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 9 de septiembre de 2022 .
  • Ward M. "www.chlamydiae.com". Universidad de Southampton. Wiki de referencia y educación integral sobre clamidia y las Chlamydiales
  • Descripción general de la clamidia
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