Lenguaje de marcado químico

CML
Extensión de nombre de archivo	.cml
Tipo de medio de Internet	químico/x-cml
Tipo de formato	formato de archivo químico

Lenguaje de marcado y formato de archivo

El lenguaje de marcado químico ( ChemML o CML ) es un enfoque para gestionar información molecular utilizando herramientas como XML y Java . ^[1] Fue la primera implementación específica de dominio basada estrictamente en XML , primero basada en un DTD ^[2] y más tarde en un esquema XML , ^[3] el sistema más robusto y ampliamente utilizado para la gestión precisa de información en muchas áreas. Ha sido desarrollado durante más de una década por Murray-Rust , Rzepa y otros y ha sido probado en muchas áreas y en una variedad de máquinas.

La información química se almacena tradicionalmente en muchos tipos de archivos diferentes, lo que impide la reutilización de los documentos. CML utiliza la portabilidad de XML para ayudar a los desarrolladores y químicos de CML a diseñar documentos interoperables. Hay varias herramientas que pueden generar, procesar y visualizar documentos CML. Los editores pueden distribuir la química dentro de documentos XML utilizando CML, por ejemplo, en documentos RSS . ^[4]

CML es capaz de soportar una amplia gama de conceptos químicos, incluidos:

Moléculas
reacciones ^[5]
espectros y datos analíticos ^[6]
química computacional
Cristalografía química y materiales

Los detalles del CML y los puntos actualmente en discusión ahora están publicados en el blog del CML.

Control de versiones

Las versiones del esquema están disponibles en SourceForge . A partir de abril de 2012, el esquema congelado más reciente es CML v2.4. Algunas construcciones de CML v1 ya no se utilizan.

Herramientas

JUMBO comenzó como el Navegador Molecular Universal de Java para Objetos, pero ahora es una biblioteca Java que admite la validación, lectura y escritura de CML, así como la conversión de varios formatos heredados a CML y, por ejemplo, una reacción en CML a una representación SVG animada de la reacción. ^[7] JUMBO ha evolucionado hasta convertirse en una extensa biblioteca Java, CMLDOM, ^[8] que admite todos los elementos del esquema. ^[9] Aunque JUMBO solía ser un navegador, el enfoque preferido es utilizar las herramientas de código abierto Jmol y JChemPaint , algunas de las cuales utilizan bibliotecas CML alternativas. ^[10] Consulte Blue Obelisk .

Soporte de software

Software que importa y exporta un formato CML válido

Véase también

Lista de lenguajes de marcado de documentos
Comparación de lenguajes de marcado de documentos
JCAMP-DX (otro estándar muy conocido, especialmente para datos espectroscópicos)
Comunidad Blue Obelisk para software químico de código abierto
Matemáticas ML

Referencias

^ Murray-Rust, Peter; Rzepa, Henry S (2011). "CML: evolución y diseño". Revista de quimioinformática . 3 (1): 44. doi : 10.1186/1758-2946-3-44 . PMC 3205047 . PMID 21999549.
^ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (1999), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 1. Principios básicos", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 39 (6): 928–942, CiteSeerX 10.1.1.40.8275 , doi :10.1021/ci990052b
^ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2003), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 4. Esquema CML", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 43 (3): 757–772, doi :10.1021/ci0256541, PMID 12767134
^ Gkoutos, GV; Murray-Rust, P.; Rzepa, S.; Wright, M. (2001), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 3. Hacia una red química semántica firmada de confianza", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 41 (5): 1124–1130, doi :10.1021/ci000406v, PMID 11604013
^ Holliday, GL; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2006), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. Parte 6. CMLReact; un vocabulario XML para reacciones químicas", J. Chem. Inf. Model. , 46 (1): 145–157, doi :10.1021/ci0502698, PMID 16426051
^ Kuhn, S.; Helmus, T.; Lancashire, RJ; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS; Steinbeck, C.; Willighagen, EL (2007), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 7. CMLSpect, un vocabulario XML para datos espectrales", J. Chem. Inf. Model. , 47 (6): 2015–2034, doi :10.1021/ci600531a, PMID 17887743
^ JUMBO
^ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2001), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 2. Objetos de información y CMLDOM", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 41 (5): 1113–1123, doi :10.1021/ci000404a, PMID 11604012
^ Página de inicio de CML en Sourceforge
^ Willighagen, EL (2001). "Procesamiento de convenciones CML en Java". Internet Journal of Chemistry . 4 . Archivado desde el original el 11 de abril de 2001.

Lectura adicional

Rzepa, HS; Murray-Rust, P.; Whitaker, BJ (1997), "Internet como herramienta de información química", Chem. Soc. Rev. , 26 (1): 1–10, doi :10.1039/CS9972600001
Murray-Rust, P.; Rzepa, HS; Wright, M. (2001), "Desarrollo del lenguaje de marcado químico (CML) como un sistema para manejar contenido químico complejo", New J. Chem. , 25 (4): 618–634, doi :10.1039/b008780g

Enlaces externos

Lenguaje de marcado químico (CML) Esto incluye el esquema CML, enlaces a herramientas, documentación y código fuente
Lista de discusión
Blog sobre LMC
El sitio original (antiguo)

[1] Murray-Rust, Peter; Rzepa, Henry S (2011). "CML: evolución y diseño". Revista de quimioinformática . 3 (1): 44. doi : 10.1186/1758-2946-3-44 . PMC 3205047 . PMID 21999549.

[2] Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (1999), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 1. Principios básicos", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 39 (6): 928–942, CiteSeerX 10.1.1.40.8275 , doi :10.1021/ci990052b

[3] Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2003), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 4. Esquema CML", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 43 (3): 757–772, doi :10.1021/ci0256541, PMID 12767134

[4] Gkoutos, GV; Murray-Rust, P.; Rzepa, S.; Wright, M. (2001), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 3. Hacia una red química semántica firmada de confianza", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 41 (5): 1124–1130, doi :10.1021/ci000406v, PMID 11604013

[5] Holliday, GL; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2006), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. Parte 6. CMLReact; un vocabulario XML para reacciones químicas", J. Chem. Inf. Model. , 46 (1): 145–157, doi :10.1021/ci0502698, PMID 16426051

[6] Kuhn, S.; Helmus, T.; Lancashire, RJ; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS; Steinbeck, C.; Willighagen, EL (2007), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 7. CMLSpect, un vocabulario XML para datos espectrales", J. Chem. Inf. Model. , 47 (6): 2015–2034, doi :10.1021/ci600531a, PMID 17887743

[7] JUMBO

[8] Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2001), "Marcado químico, XML y la World Wide Web. 2. Objetos de información y CMLDOM", J. Chem. Inf. Comput. Sci. , 41 (5): 1113–1123, doi :10.1021/ci000404a, PMID 11604012

[9] Página de inicio de CML en Sourceforge

[10] Willighagen, EL (2001). "Procesamiento de convenciones CML en Java". Internet Journal of Chemistry . 4 . Archivado desde el original el 11 de abril de 2001.