Localización subcelular
Las células de los organismos eucariotas se subdividen en compartimentos delimitados por membranas y funcionalmente distintos. Algunos de los componentes principales de las células eucariotas son: espacio extracelular , membrana plasmática , citoplasma , núcleo , mitocondria , aparato de Golgi , retículo endoplasmático (RE), peroxisoma , vacuolas , citoesqueleto , nucleoplasma , nucléolo , matriz nuclear y ribosomas .
Las bacterias también tienen localizaciones subcelulares que pueden separarse cuando se fracciona la célula. Las localizaciones más comunes a las que se hace referencia incluyen el citoplasma , la membrana citoplasmática (también denominada membrana interna en las bacterias Gram-negativas ), la pared celular (que suele ser más gruesa en las bacterias Gram-positivas ) y el entorno extracelular . El citoplasma, la membrana citoplasmática y la pared celular son localizaciones subcelulares, mientras que el entorno extracelular claramente no lo es. La mayoría de las bacterias Gram-negativas también contienen una membrana externa y un espacio periplásmico . A diferencia de los eucariotas, la mayoría de las bacterias no contienen orgánulos unidos a la membrana, sin embargo, existen algunas excepciones (es decir, los magnetosomas ). [1]
Bases de datos de localización subcelular de proteínas
Las ubicaciones subcelulares de las proteínas determinadas experimentalmente se pueden encontrar en UniProtKB, Compartimentos y en algunos recursos más especializados, como la base de datos del secretoma bacteriano del ácido láctico.
También hay varias bases de datos de ubicación subcelular con predicciones computacionales , como la base de conocimiento del secretoma fúngico y del proteoma subcelular - versión 2 ( FunSecKB2), la base de conocimiento del secretoma vegetal y del proteoma subcelular (PlantSecKB), MetazSecKB para las ubicaciones subcelulares de proteínas de humanos y animales, y ProtSecKB para las ubicaciones subcelulares de proteínas de todos los protistas.
Proteome Analyst es un servidor web y un conjunto de herramientas en línea de libre acceso para predecir la localización subcelular de proteínas. [2]
Véase también
Referencias
- ^ Schuler D. (2004). Análisis molecular de un compartimento subcelular: la membrana del magnetosoma en Magnetospirillum gryphiswaldense. Arch Microbiol. 181:1-7
- ^ Fyshe, Alona; Yifeng Liu; Duane Szafron; Russell Greiner; Paul Lu (2008). "Mejora de la predicción de la localización subcelular mediante la clasificación de texto y la ontología genética". Bioinformática . 24 (21): 2512–7. doi : 10.1093/bioinformatics/btn463 . PMID 18728042.
