- Subunidad 60S vista desde el lado expuesto al solvente, identificadores PDB 4A17, 4A19
Subunidad ribosómica grande eucariota (60S)
Las partículas ribosómicas se denotan de acuerdo con sus coeficientes de sedimentación en unidades Svedberg . La subunidad 60S es la subunidad grande de los ribosomas 80S eucariotas , siendo el otro componente principal la subunidad ribosómica pequeña eucariota (40S) . Está relacionada estructural y funcionalmente con la subunidad 50S de los ribosomas procariotas 70S . [1] [2] [3] [4] [5] [6] Sin embargo, la subunidad 60S es mucho más grande que la subunidad 50S procariota y contiene muchos segmentos proteicos adicionales, así como segmentos de expansión de ARN ribosómico .
Estructura general
Las características de la subunidad grande, que se muestra a continuación en la "Vista de la corona", incluyen la protuberancia central (CP) y los dos tallos, que se nombran de acuerdo con sus componentes proteicos bacterianos (tallo L1 a la izquierda como se ve desde la interfaz de la subunidad y L7/L12 a la derecha). Hay tres sitios de unión para el ARNt , el sitio A, el sitio P y el sitio E (consulte el artículo sobre la traducción de proteínas para obtener más detalles). El núcleo de la subunidad 60S está formado por el ARN ribosómico 28S (abreviado 28S rRNA), que es homólogo al ARNr procariota 23S , que también contribuye con el sitio activo ( centro de peptidil transferasa , PTC) del ribosoma. [2] [4] El núcleo del ARNr está decorado con docenas de proteínas. En la figura "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica eucariota 60S de T. thermophila ", el núcleo del ARN ribosómico se representa como un tubo gris y los segmentos de expansión se muestran en rojo. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas solo entre eucariotas y arqueas se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas se muestran como cintas rojas.
Estructura cristalina de la subunidad ribosomal eucariota 60S de T. thermophila
Proteínas ribosómicas 60S
La tabla "Proteínas ribosomales 60S" muestra los pliegues proteicos individuales de la subunidad 60S coloreados por conservación como se indica más arriba. Las extensiones específicas de eucariotas, que van desde unos pocos residuos o bucles hasta hélices alfa muy largas y dominios adicionales, están resaltadas en rojo. [2]
Históricamente, se han utilizado diferentes nomenclaturas para las proteínas ribosómicas. Por ejemplo, las proteínas se han numerado según sus propiedades de migración en experimentos de electroforesis en gel . Por lo tanto, diferentes nombres pueden referirse a proteínas homólogas de diferentes organismos, mientras que nombres idénticos no necesariamente denotan proteínas homólogas. La tabla "Proteínas ribosómicas 60S" hace referencias cruzadas de los nombres de las proteínas ribosómicas humanas con homólogos de levaduras, bacterias y arqueas. [7] Se puede encontrar más información en la base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG). [7]
| Estructura (eucariota) [8] | Homo sapiens [7] [9] | Nombre universal [10] | Aminoácidos [11] | Conservación [12] | S. cerevisiae [13] | Homólogo bacteriano ( E. coli ) | Homólogo arqueológico |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | RPLP0 | uL10 | 318 | EAB | P0 | L10 | L10 |
 | RPL3 | uL3 | 404 | EAB | Nivel 3 | Nivel 3 | Nivel 3 |
 | RPL4 | uL4 | 428 | EAB | L4 | L4 | L4 |
 | RPL5 | uL18 | 298 | EAB | L5 | L18 | L18p |
 | RPL6 | eL6 | 289 | mi | L6 | n / A | n / A |
 | RPL7 | uL30 | 254 | EAB | L7 | L30 | L30 |
 | RPL7A | eL8 | 267 | EA | L8 | n / A | L7Ae |
 | RPL8 | uL2 | 258 | EAB | L2 | L2 | L2 |
 | RPL9 | uL6 | 193 | EAB | L9 | L6 | L6 |
 | RPL10 | uL16 | 215 | EAB | L10 | L16 | L10e |
 | RPL11 | uL5 | EAB | L11 | L5 | L5 | |
 | RPL13 | eL13 | EA | L13 | n / A | L13e | |
 | RPL13A | uL13 | 204 | EAB | L16 | L13 | L13 |
 | RPL14 | eL14 | 221 | EA | L14 | n / A | L14e |
 | RPL15 | eL15 | 205 | EA | L15 | n / A | L15e |
 | RPL17 | uL22 | 185 | EAB | L17 | L22 | L22 |
 | RPL18 | eL18 | 189 | EA | L18 | n / A | L18e |
 | RPL18A | eL20 | 177 | EA | L20 | n / A | Lx |
 | RPL19 | eL19 | 197 | EA | L19 | n / A | L19 |
 | RPL21 | eL21 | 161 | EA | L21 | n / A | L21e |
 | RPL22 , RPL22L1 | eL22 | 129 | mi | L22 | n / A | n / A |
 | RPL23 | uL14 | 141 | EAB | L23 | L14 | L14p |
 | RPL23A | uL23 | 157 | EAB | L25 | L23 | L23 |
 | RPL24 | eL24 | 158 | EA | L24 | n / A | L24e |
 | RPL26 | uL24 | 146 | EAB | L26 | L24 | L24 |
 | RPL27 | eL27 | 137 | mi | L27 | n / A | n / A |
 | RPL27A | uL15 | 149 | EAB | L28 | L15 | L15 |
 | RPL28 | eL28 | mi | n/a [2] [3] [14] | n / A | n / A | |
 | RPL29 | eL29 | mi | L29 | n / A | n / A | |
 | RPL30 | eL30 | 116 | EA | L30 | n / A | L30e |
 | RPL31 | eL31 | 126 | EA | L31 | n / A | L31e |
 | RPL32 | eL32 | 136 | EA | L32 | n / A | L32e |
 | RPL34 | eL34 | 118 | EA | L34 | n / A | L34e |
 | RPL35 | uL29 | 124 | EAB | L35 | L29 | L29 |
 | RPL35A | eL33 | EA | L33 | n / A | L35Ae | |
 | RPL36 | eL36 | 106 | mi | L36 | n / A | n / A |
 | RPL36A | eL42 | 107 | EA | L42 | n / A | L44e |
 | RPL37 | eL37 | 98 | EA | L37 | n / A | L37e |
 | RPL37A | eL43 | EA | L43 | n / A | L37Ae | |
 | RPL38 | eL38 | EA | L38 | n / A | L38e | |
 | RPL39 | eL39 | 52 | EA | L39 | n / A | L37Ae |
 | RPL40 | eL40 | 129 | EA | L40 | n / A | L40e |
Véase también
Referencias
- ^ Subunidades de ribosomas 60S+ en los Encabezados de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.
- ^ abcd Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (2011). "Estructura cristalina de la subunidad ribosomal eucariota 60S en complejo con el factor de iniciación 6". Science . 334 (6058): 941–948. Bibcode :2011Sci...334..941K. doi :10.1126/science.1211204. PMID 22052974. S2CID 206536444.
- ^ ab Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (diciembre de 2011). "La estructura del ribosoma eucariota con una resolución de 3,0 Å". Science . 334 (6062): 1524–1529. Bibcode :2011Sci...334.1524B. doi : 10.1126/science.1212642 . PMID 22096102. S2CID 9099683.
- ^ ab Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (agosto de 2000). "La estructura atómica completa de la subunidad ribosomal grande con una resolución de 2,4 A". Science . 289 (5481): 905–920. Bibcode :2000Sci...289..905B. doi :10.1126/science.289.5481.905. PMID 10937989.
- ^ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (septiembre de 1999). "Estructuras cristalinas de rayos X de complejos funcionales del ribosoma 70S". Science . 285 (5436): 2095–2104. doi :10.1126/science.285.5436.2095. PMID 10497122.
- ^ Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Lieberman, K; Earnest, TN; Cate, JH; Noller, HF (mayo de 2001). "Estructura cristalina del ribosoma a una resolución de 5,5 A". Science . 292 (5518): 883–896. Bibcode :2001Sci...292..883Y. doi : 10.1126/science.1060089 . PMID 11283358. S2CID 39505192.
- ^ abc Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). "RPG: la base de datos de genes de proteínas ribosómicas". Nucleic Acids Res . 32 (90001): D168–70. doi :10.1093/nar/gkh004. PMC 308739 . PMID 14681386.
- ^ Estructura de las proteínas de 'T. thermophila', de las estructuras de la subunidad grande PDBS 417, 4A19
- ^ La nomenclatura según la base de datos de genes de proteínas ribosómicas se aplica a H. sapiens y T. thermophila
- ^ Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragon, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquin; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). "Un nuevo sistema para nombrar proteínas ribosómicas". Current Opinion in Structural Biology . 24 . Elsevier BV: 165–169. doi :10.1016/j.sbi.2014.01.002. ISSN 0959-440X . PMC 4358319. PMID 24524803.
- ^ Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002). "Los genes de la proteína ribosomal humana: secuenciación y análisis comparativo de 73 genes". Genome Research . 12 (3): 379–390. doi :10.1101/gr.214202. PMC 155282 . PMID 11875025.
- ^ EAB significa conservado en eucariotas, arqueas y bacterias, EA significa conservado en eucariotas y arqueas y E significa proteína específica de eucariotas
- ^ Tradicionalmente, las proteínas ribosómicas se nombraban según su peso molecular aparente en la electroforesis en gel, lo que dio lugar a nombres diferentes para las proteínas homólogas de diferentes organismos. El RPG ofrece una nomenclatura unificada para los genes de las proteínas ribosómicas basada en la homología.
- ^ RPL28 no tiene homólogo detectable en levadura
Enlaces externos
- Base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG)
