Pfeffer nació en Berlín . En 1887 se convirtió en curador del Museo de Historia Natural de Hamburgo [de] , que se estableció en 1843 y fue destruido durante la Segunda Guerra Mundial . Los escritos publicados de Pfeffer versaban principalmente sobre cefalópodos .
von Martens E , Pfeffer GJ (1886). "Die Mollusken von Süd-Georgien nach der Ausbeute der Deutschen Station 1882–83". Berichte über das Naturhistorische Museum zu Hamburg 1885 : 65–135 + láminas I-IV.
Pfeffer GJ (1912). " Die Cephalopoden der Plankton-Expedition. Zugleich eine Monographische Übersicht der Oegopsiden Cephalopoden ". En: Ergebnisse der Plankton-Expedition der Humboldt-Stiftung, Band 12 [Volumen 12]. Kiel y Leipzig: Lipsius y Tischer.