Isoenzima 1 de la piruvato deshidrogenasa lipoamida quinasa

Gen codificador de proteínas en la especie Homo sapiens
PDK1
Estructuras disponibles
APBúsqueda de ortólogos: PDBe RCSB
Identificadores
AliasPDK1 , entrada: 5163, piruvato deshidrogenasa quinasa 1
Identificaciones externasOMIM : 602524; MGI : 1926119; HomoloGene : 134437; Tarjetas genéticas : PDK1; OMA :PDK1 - ortólogos
Ortólogos
EspeciesHumanoRatón
Entre
Conjunto
Protección unificada
RefSeq (ARNm)

Número de serie 001278549 Número de
serie 002610

Número de serie NM_172665
Número de serie NM_001360002

RefSeq (proteína)

NP_001265478NP_002601

NP_766253
NP_001346931

Ubicación (UCSC)Crónica 2: 172,56 – 172,61 MbCrónica 2: 71.7 – 71.73 Mb
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La isoenzima 1 de la piruvato deshidrogenasa lipoamida quinasa mitocondrial es una enzima que en los humanos está codificada por el gen PDK1 . [5] [6] Codifica una isoenzima de la piruvato deshidrogenasa quinasa (PDK).

La piruvato deshidrogenasa (PDH) forma parte de un complejo multienzimático mitocondrial que cataliza la descarboxilación oxidativa del piruvato y es una de las principales enzimas responsables de la regulación de la homeostasis de los carbohidratos como combustible en los mamíferos. La actividad enzimática está regulada por un ciclo de fosforilación /desfosforilación. La fosforilación de la PDH por una piruvato deshidrogenasa quinasa (PDK) específica da como resultado su inactivación. [6]

Estructura

La proteína madura codificada por el gen PDK4 contiene 407 aminoácidos en su secuencia. Para formar la proteína activa, dos de las cadenas polipeptídicas se unen para formar una conformación abierta. [6] El dominio catalítico de PDK1 podría existir por separado en las células y ser importante para la regulación del sustrato de PDK1. Los estudios estructurales de los cristales sugieren que el bolsillo PIF también se encuentra en el dominio catalítico. [7]

Función

El complejo de la piruvato deshidrogenasa (PDH) debe estar estrechamente regulado debido a su papel central en el metabolismo general. Dentro del complejo, hay tres residuos de serina en el componente E1 que son sitios de fosforilación; esta fosforilación inactiva el complejo. En humanos, se ha demostrado que cuatro isoenzimas de la piruvato deshidrogenasa quinasa fosforilan estos tres sitios: PDK1, PDK2 , PDK3 y PDK4 . La PDK1 es la única enzima capaz de fosforilar el tercer sitio de serina. Cuando se une la coenzima tiamina pirofosfatasa (TPP), las tasas de fosforilación de las cuatro isoenzimas se ven drásticamente afectadas; específicamente, la incorporación de grupos fosfato por la PDK1 en los sitios 2 y 3 se reduce significativamente. [8]

Regulación

Como reguladores primarios de un paso crucial en la vía metabólica central, la familia de la piruvato deshidrogenasa está estrechamente regulada por una miríada de factores. Se ha demostrado que la actividad de la PDK disminuye en individuos que consumen una dieta rica en ácidos grasos n-3 ; sin embargo, la actividad de la PDH no se vio afectada. [9] Además, la PDK1 es inhibida por AZD7545 y ácido dicloroacético (DCA); se descubrió que el mecanismo es el extremo trifluorometilpropanamida de AZD7545 que se proyecta hacia el bolsillo de unión de lipoilo de PDK1. Se encontró ácido dicloroacético cerca del haz de hélices en el dominio N-terminal de PDK1. El DCA unido promueve cambios conformacionales locales que se comunican tanto a los bolsillos de unión de nucleótidos como a los de unión de lipoilo de PDK1, lo que conduce a la inactivación de la actividad de la quinasa. [10]

Importancia clínica

La PDK1 es relevante en una variedad de condiciones clínicas en todo el cuerpo. Como la PDK1 regula el complejo PDH, se ha demostrado que es un regulador importante en ciertas células, incluidas las células beta dentro de los islotes del páncreas. Para optimizar la secreción de insulina estimulada por glucosa (GSIS), una función primaria del páncreas, se debe mantener una baja actividad de PDK1 para mantener la PDH en un estado desfosforilado y activo. [11] Mantener niveles bajos de PDK1 también ha demostrado ser beneficioso en ciertas regiones del cerebro, ya que confiere una alta tolerancia a la beta amiloide , un metabolito que está directamente correlacionado con el desarrollo de la enfermedad de Alzheimer . [12]

Cáncer

El papel ubicuo de este gen se presta a estar involucrado en una variedad de patologías de enfermedades, incluido el cáncer. La expresión del ARNm de PDK1 está significativamente asociada con la progresión del tumor; de hecho, la presencia de PDK1 puede servir como un marcador pronóstico, indicando el nivel de éxito que un paciente puede lograr. Específicamente, esto puede servir como un biomarcador en pacientes con cáncer gástrico . En coordinación, el inhibidor ácido dicloroacético puede usarse en el futuro como una opción de tratamiento para pacientes con este tipo de cáncer. [13] PDK1, ya que regula la hipoxia y la producción de lactato , se asocia con un mal pronóstico en pacientes con cáncer de cabeza y cuello . [14] [15] La acumulación de metabolitos glucolíticos puede promover la activación del factor inductor de hipoxia (HIF), que crea un ciclo de retroalimentación para la progresión de la malignidad. Como tal, el uso de HIF-1 como metabolito para regular PDK1 se considera otra terapia potencial, ya sea por sí solo o en tándem con otras terapias, para este tipo de cáncer. [16] [17] En un estudio más desarrollado, se demostró que la inhibición combinada de PDK1 y CHK1 es necesaria para matar células madre similares al glioblastoma in vitro e in vivo . [18]

Referencias

  1. ^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000152256 – Ensembl , mayo de 2017
  2. ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000006494 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ^ "Referencia de PubMed sobre ratón". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  5. ^ Gudi R, Bowker-Kinley MM, Kedishvili NY, Zhao Y, Popov KM (enero de 1996). "Diversidad de la familia de genes de la piruvato deshidrogenasa quinasa en humanos". J Biol Chem . 270 (48): 28989–94. doi : 10.1074/jbc.270.48.28989 . PMID  7499431.
  6. ^ abc "Gen Entrez: PDK1 piruvato deshidrogenasa quinasa, isoenzima 1".
  7. ^ Park J, Li Y, Kim SH, Kong G, Shrestha R, Tran Q, Hong J, Hur GM, Hemmings BA, Koo BS, Park J (noviembre de 2013). "Caracterización de la proteína quinasa-1 dependiente de 3-fosfoinsitido fragmentada (PDK1) mediante anticuerpos específicos de sitios de fosfosíntesis". Ciencias de la vida . 93 (18-19): 700-6. doi :10.1016/j.lfs.2013.09.007. PMID  24044887.
  8. ^ Kolobova E, Tuganova A, Boulatnikov I, Popov KM (agosto de 2001). "Regulación de la actividad de la piruvato deshidrogenasa a través de la fosforilación en múltiples sitios". The Biochemical Journal . 358 (Pt 1): 69–77. doi :10.1042/0264-6021:3580069. PMC 1222033 . PMID  11485553. 
  9. ^ Turvey EA, Heigenhauser GJ, Parolin M, Peters SJ (enero de 2005). "Los ácidos grasos n-3 elevados en una dieta rica en grasas atenúan el aumento de la actividad de la quinasa PDH, pero no la actividad de la PDH en el músculo esquelético humano". Journal of Applied Physiology . 98 (1): 350–5. doi :10.1152/japplphysiol.00604.2005. PMID  15591305.
  10. ^ Kato M, Li J, Chuang JL, Chuang DT (agosto de 2007). "Distintos mecanismos estructurales para la inhibición de las isoformas de la piruvato deshidrogenasa quinasa por AZD7545, dicloroacetato y radicicol". Structure . 15 (8): 992–1004. doi :10.1016/j.str.2007.07.001. PMC 2871385 . PMID  17683942. 
  11. ^ Krus U, Kotova O, Spégel P, Hallgard E, Sharoyko VV, Vedin A, Moritz T, Sugden MC, Koeck T, Mulder H (julio de 2010). "La piruvato deshidrogenasa quinasa 1 controla el metabolismo mitocondrial y la secreción de insulina en las células beta clonales INS-1 832/13" (PDF) . The Biochemical Journal . 429 (1): 205–13. doi :10.1042/BJ20100142. PMID  20415663.
  12. ^ Newington JT, Rappon T, Albers S, Wong DY, Rylett RJ, Cumming RC (octubre de 2012). "La sobreexpresión de la piruvato deshidrogenasa quinasa 1 y la lactato deshidrogenasa A en las células nerviosas confiere resistencia a la amiloide β y otras toxinas al disminuir la respiración mitocondrial y la producción de especies reactivas de oxígeno". The Journal of Biological Chemistry . 287 (44): 37245–58. doi : 10.1074/jbc.M112.366195 . PMC 3481323 . PMID  22948140. 
  13. ^ Hur H, Xuan Y, Kim YB, Lee G, Shim W, Yun J, Ham IH, Han SU (enero de 2013). "Expresión de la piruvato deshidrogenasa quinasa-1 en el cáncer gástrico como un objetivo terapéutico potencial". Revista Internacional de Oncología . 42 (1): 44–54. doi :10.3892/ijo.2012.1687. PMC 3583751 . PMID  23135628. 
  14. ^ Wigfield SM, Winter SC, Giatromanolaki A, Taylor J, Koukourakis ML, Harris AL (junio de 2008). "PDK-1 regula la producción de lactato en hipoxia y se asocia con un mal pronóstico en el cáncer escamoso de cabeza y cuello". British Journal of Cancer . 98 (12): 1975–84. doi :10.1038/sj.bjc.6604356. PMC 2441961 . PMID  18542064. 
  15. ^ Hitosugi T, Fan J, Chung TW, Lythgoe K, Wang X, Xie J, Ge Q, Gu TL, Polakiewicz RD, Roesel JL, Chen GZ, Boggon TJ, Lonial S, Fu H, Khuri FR, Kang S, Chen J (diciembre de 2011). "La fosforilación de tirosina de la piruvato deshidrogenasa quinasa 1 mitocondrial es importante para el metabolismo del cáncer". Molecular Cell . 44 (6): 864–77. doi :10.1016/j.molcel.2011.10.015. PMC 3246218 . PMID  22195962. 
  16. ^ Kim JW, Tchernyshyov I, Semenza GL, Dang CV (marzo de 2006). "Expresión de la piruvato deshidrogenasa quinasa mediada por HIF-1: un cambio metabólico necesario para la adaptación celular a la hipoxia". Metabolismo celular . 3 (3): 177–85. doi : 10.1016/j.cmet.2006.02.002 . PMID  16517405.
  17. ^ McFate T, Mohyeldin A, Lu H, Thakar J, Henriques J, Halim ND, Wu H, Schell MJ, Tsang TM, Teahan O, Zhou S, Califano JA, Jeoung NH, Harris RA, Verma A (agosto de 2008). "La actividad del complejo de piruvato deshidrogenasa controla el fenotipo metabólico y maligno en células cancerosas". The Journal of Biological Chemistry . 283 (33): 22700–8. doi : 10.1074/jbc.M801765200 . PMC 2504897 . PMID  18541534. 
  18. ^ Signore M, Pelacchi F, di Martino S, Runci D, Biffoni M, Giannetti S, Morgante L, De Majo M, Petricoin EF, Stancato L, Larocca LM, De Maria R, Pallini R, Ricci-Vitiani L (8 de mayo 2014). "Se requiere la inhibición combinada de PDK1 y CHK1 para matar las células madre similares al glioblastoma in vitro e in vivo". Muerte celular y enfermedad . 5 (5): e1223. doi :10.1038/cddis.2014.188. PMC 4047898 . PMID  24810059. 

Lectura adicional

  • Sugden MC, Holness MJ (2003). "Avances recientes en los mecanismos que regulan la oxidación de la glucosa a nivel del complejo de la piruvato deshidrogenasa por PDK". Am. J. Physiol. Endocrinol. Metab . 284 (5): E855–62. doi :10.1152/ajpendo.00526.2002. PMID  12676647.
  • Liu S, Baker JC, Andrews PC, Roche TE (1995). "Expresión recombinante y evaluación de los dominios lipoilo del componente dihidrolipoil acetiltransferasa del complejo piruvato deshidrogenasa humano". Arch. Biochem. Biophys . 316 (2): 926–40. doi :10.1006/abbi.1995.1124. PMID  7864652.
  • Kolobova E, Tuganova A, Boulatnikov I, Popov KM (2001). "Regulación de la actividad de la piruvato deshidrogenasa a través de la fosforilación en múltiples sitios". Biochem. J. 358 ( Pt 1): 69–77. doi :10.1042/0264-6021:3580069. PMC  1222033. PMID  11485553 .
  • Korotchkina LG, Patel MS (2001). "Especificidad de sitio de cuatro isoenzimas de la piruvato deshidrogenasa quinasa hacia los tres sitios de fosforilación de la piruvato deshidrogenasa humana". J. Biol. Chem . 276 (40): 37223–9. doi : 10.1074/jbc.M103069200 . PMID  11486000.
  • Tuganova A, Boulatnikov I, Popov KM (2002). "Interacción entre las isoenzimas individuales de la piruvato deshidrogenasa quinasa y el dominio interno portador de lipoilo del componente transacetilasa del complejo de piruvato deshidrogenasa". Biochem. J . 366 (Pt 1): 129–36. doi :10.1042/BJ20020301. PMC  1222743 . PMID  11978179.
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