Nuevo novato
| Desarrollador(es) | 454 Ciencias de la vida |
|---|---|
| Versión estable | v2.7 / 28 de febrero de 2012 ( 28-02-2012 ) |
| Sistema operativo | Linux i386/x86_64 |
| Tipo | Bioinformática |
| Licencia | Comercial |
Newbler es un paquete de software para el ensamblaje de secuencias de ADN de novo . Está diseñado específicamente para ensamblar datos de secuencia generados por las plataformas de pirosecuenciación de la serie 454 GS vendidas por 454 Life Sciences , una empresa de Roche Diagnostics . [1]
Uso
Newbler puede ejecutarse a través de una interfaz gráfica de usuario de Java (gsAssembler) o la línea de comandos (runAssembly). Funciona de forma nativa con los datos .SFF generados por el secuenciador, pero también puede aceptar archivos FASTA , que contienen secuencias de nucleótidos, con o sin información de calidad, y archivos FASTQ . Utilizará datos de secuencias de Sanger más antiguos si están formateados adecuadamente para ayudar en el ensamblaje y el andamiaje.
Véase también
Referencias
- ^ Genivaldo, GZ; Silva, Bas E; Dutilh, David; Matthews, Keri; Elkins, Robert; Schmieder, Elizabeth A; Dinsdale, Robert A Edwards (2013). "Combinación de ensamblaje de novo y guiado por referencia con scaffold_builder". Código fuente para biología y medicina . 8 (23): 23. doi : 10.1186/1751-0473-8-23 . PMC 4177539 . PMID 24267787.
Enlaces externos
- Página de inicio de secuenciación 454
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