Fam188a es una proteína presente en los seres humanos. También se la conoce como Derp5 (Dermal Papilla Derived Protein 5, c10orf97 o proteína cerebral my042). Está codificada por el gen Derp5 ubicado en el cromosoma 10p 13. [5] [6] Fam188a y sus parálogos en otras especies son todos miembros de la superfamilia de dominios proteicos DUF4205. Fam188a es un gen altamente conservado que se encuentra en todos los vertebrados. Fam188a es un gen expresado en todo el cuerpo. [7]
Estructura proteica predicha de Fam188a mediante I-TASSER
Homología
Todas las especies de mamíferos comparadas comparten una similitud de homología del 95-99% con el gen Fam188a del Homo sapiens. Se desconocen las razones de esto, pero se puede inferir que el gen Fam188a debe desempeñar un papel importante en el funcionamiento celular adecuado de los mamíferos, ya que incluso pequeños cambios a lo largo del tiempo en genes importantes pueden alterar drásticamente su función.
Comparación evolutiva de Fam188a de diferentes especies
Las aves, los peces y los insectos también comparten una similitud del orden del 30-40% con el gen Fam188a del Homo sapiens. Aunque hay varios cientos de millones de años de divergencia con los humanos y los insectos, el hecho de que todavía haya una similitud del 40% en los insectos parece sugerir que este gen no ha cambiado mucho en períodos de tiempo tan largos y debe haber sido importante para otras especies también hace mucho tiempo. Los patrones de empalme en estas otras especies no se conocen, pero en los humanos hay al menos 19 isoformas diferentes pero con solo un parálogo principal: Fam188b. [8] Este parálogo difiere estructuralmente en 3 exones con Fam188a.
Un árbol evolutivo entre varias especies que tienen homólogos de Fam188a.
Mapa de intrones y exones de Fam188a en el Homo sapiens
Proteína
Fam188a es una cadena de 445 aminoácidos . Estructuralmente, no muestra muchas regiones interesantes que puedan diferenciarla fácilmente de otras proteínas. Fam188a no tiene dominios transmembrana ni repeticiones de secuencias.
Estructura secundaria de la proteína predicha postraduccionalmente Fam188a
Sitios de unión de factores de transcripción predichos por Fam188a
Función y proteínas interactuantes
Los resultados del plegamiento de proteínas de I-TASSER [9] muestran que el producto proteico de Fam188a tiene una estructura similar a la de 1CFF, [10] un péptido de unión a la calmodulina . La calmodulina también está involucrada en la apoptosis celular , por lo que esto también puede arrojar luz sobre la función teórica de Fam188a.
El pliegue de la proteína es funcionalmente más similar a 3LEW, [11] una “proteína de unión a carbohidratos similar a SusD de Bacteroides vulgatus ” (Joint Center for Structural Genomics). 3LEW comparte un 90% de similitud con Fam188a, y aunque no lo suficiente para hacer una conexión concreta, es suficiente para establecer una idea base de estructuras relacionadas. Otra proteína que es funcionalmente similar (81%) es 3SNX, una “proteína de unión a carbohidratos similar a SusD putativa de Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482”. [12] Se puede suponer que la función de Fam188a desempeña un papel en la apoptosis celular, y eso se debe a que comparte similitudes estructurales con otras proteínas que están involucradas en este proceso. Aunque no hay un dominio CARD como se encontraría normalmente en un péptido apoptótico, fam188a comparte una función similar con 1cffA, un “péptido de unión a calmodulina de la bomba de Ca2+”. [10] Dado que se sabe que la calmodulina causa apoptosis en varios tejidos corporales a través de la bomba de Ca2+ [13] [14] y 1cffA comparte un 26% de similitud con Fam188a, puedo plantear la hipótesis de que la apoptosis es realmente la función de Fam188a. Otras moléculas similares a Fam188a son 1linA, [15] y 1qx7M, que comparten un 23% y un 18% de similitud estructural respectivamente, y ambas moléculas se ocupan de la bomba de Ca2+ o de la expresión de calmodulina también.
Expresión tisular de Fam188a en varios tejidos corporales
Ubicaciones de expresión de Fam188a en el cerebro humano
Referencias
^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000148481 – Ensembl , mayo de 2017
^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000026767 – Ensembl , mayo de 2017
^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
^ "Referencia de PubMed sobre ratón". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
^ Roy A, Kucukural A, Zhang Y (2010). "I-TASSER: una plataforma unificada para la predicción automatizada de la estructura y función de las proteínas". Nature Protocols . 5 (4): 725–38. doi :10.1038/nprot.2010.5. PMC 2849174 . PMID 20360767.
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^ Yu W, Niwa T, Miura Y, Horio F, Teradaira S, Ribar TJ, Means AR, Hasegawa Y, Senda T, Niki I (2002). "La sobreexpresión de calmodulina provoca apoptosis dependiente de Ca(2+) de las células beta pancreáticas, que se puede prevenir mediante la inhibición de la óxido nítrico sintasa". Laboratory Investigation . 82 (9): 1229–39. doi : 10.1097/01.lab.0000027921.01548.c5 . PMID 12218084.
^ Ui-Tei K, Nagano M, Sato S, Miyata Y (2000). "Apoptosis dependiente e independiente de calmodulina en células de una línea celular neuronal de Drosophila". Apoptosis . 5 (2): 133–40. doi :10.1023/A:1009676528805. PMID 11232241. S2CID 33324141.
^ PDB : 1lin ; Vandonselaar M, Hickie RA, Quail JW, Delbaere LT (1994). "Cambio conformacional inducido por trifluoperazina en Ca(2+)-calmodulina". Nature Structural Biology . 1 (11): 795–801. doi :10.1038/nsb1194-795. PMID 7634090. S2CID 13431074.
