El lenguaje de consulta molecular ( MQL ) fue diseñado para permitir métodos de búsqueda más complejos y específicos para cada problema en la quimioinformática . A diferencia de las consultas SMARTS ampliamente utilizadas , MQL permite la especificación de propiedades espaciales y fisicoquímicas de átomos y enlaces. Además, se puede ampliar fácilmente para manejar gráficos no basados en átomos, también conocidos como gráficos de "características reducidas". El lenguaje de consulta se basa en una forma Backus–Naur extendida (EBNF) que utiliza JavaCC .