Bajas repeticiones de copias

Las repeticiones de pocas copias ( LCR ), también conocidas como duplicaciones segmentarias ( SD ) o duplicones , son secuencias de ADN presentes en múltiples ubicaciones dentro de un genoma que comparten altos niveles de identidad de secuencia.

Se repite

Las repeticiones, o duplicaciones, tienen típicamente una longitud de 10 a 300 kb y tienen una identidad de secuencia superior al 95 % . Aunque son poco frecuentes en la mayoría de los mamíferos, las LCR comprenden una gran parte del genoma humano debido a una expansión significativa durante la evolución de los primates . ^[1] En los humanos, los cromosomas Y y 22 tienen la mayor proporción de SD: 50,4 % y 11,9 % respectivamente. ^[2] SRGAP2 es una SD.

La desalineación de los LCR durante la recombinación homóloga no alélica (NAHR) ^[3] es un mecanismo importante que subyace a los trastornos de microdeleción cromosómica , así como a sus socios de duplicación recíproca. ^[4] Muchos LCR se concentran en "puntos calientes", como la región 17p11-12, de la cual el 27% está compuesta por la secuencia LCR. La NAHR y la unión de extremos no homólogos (NHEJ) dentro de esta región son responsables de una amplia gama de trastornos, incluido el síndrome de Charcot-Marie-Tooth tipo 1A , ^[5] la neuropatía hereditaria con propensión a parálisis por presión , ^[5] el síndrome de Smith-Magenis , ^[6] y el síndrome de Potocki-Lupski . ^[3]

Detección

Los dos métodos ampliamente aceptados para la detección de SD ^[7] son:

1. Comparación del ensamblaje del genoma completo (WGAC), en la que se identifican regiones de homología dentro del ensamblaje.
2. Detección de secuencias shotgun de genoma completo (WSSD), en la que la duplicación de regiones se infiere mediante una mayor cobertura de lectura en el sitio de duplicación segmentaria.

Véase también

Referencias

^ Johnson, ME (2008). Evolución de genes y genomas de primates impulsada por la duplicación segmentaria del cromosoma 16 (PDF) (Ph.D.). Universidad Case Western Reserve .
^ Bailey, Jeffrey A.; Eichler, EE (2006). "Duplicaciones segmentarias en primates: crisoles de evolución, diversidad y enfermedad". Nature Reviews Genetics . 7 (7): 552–64. doi :10.1038/nrg1895. PMID 16770338. S2CID 3203768.
^ ab Zhang, F; Potocki, L; Sampson, JB; Liu, P; Sanchez-Valle, A; Robbins-Furman, P; Navarro, AD; Wheeler, PG; Spence, JE; Brasington, CK; Withers, MA; Lupski, JR (12 de marzo de 2010). "Identificación de duplicaciones recurrentes poco comunes asociadas al síndrome de Potocki-Lupski y la distribución de los tipos de reordenamiento y mecanismos en PTLS". American Journal of Human Genetics . 86 (3): 462–70. doi :10.1016/j.ajhg.2010.02.001. PMC 2833368 . PMID 20188345.
^ Shaikh, TH; Kurahashi, H; Saitta, SC; O'Hare, AM; Hu, P; Roe, BA; Driscoll, DA; McDonald-McGinn, DM; Zackai, EH ; Budarf, ML; Emanuel, BS (1 de marzo de 2000). "Repeticiones de pocas copias específicas del cromosoma 22 y el síndrome de deleción 22q11.2: organización genómica y análisis del punto final de la deleción". Genética molecular humana . 9 (4): 489–501. doi : 10.1093/hmg/9.4.489 . PMID 10699172.
^ ab Inoue, K; Dewar, K; Katsanis, N; Reiter, LT; Lander, ES; Devon, KL; Wyman, DW; Lupski, JR; Birren, B (junio de 2001). "La región genómica de duplicación de CMT1A/eliminación de HNPP de 1,4 Mb revela características arquitectónicas únicas del genoma y proporciona información sobre la evolución reciente de nuevos genes". Genome Research . 11 (6): 1018–33. doi :10.1101/gr.180401. PMC 311111 . PMID 11381029.
^ Shaw, CJ; Withers, MA; Lupski, JR (julio de 2004). "Las deleciones poco frecuentes de la región del síndrome de Smith-Magenis pueden ser recurrentes cuando las repeticiones alternas de bajo número de copias actúan como sustratos de recombinación homóloga". American Journal of Human Genetics . 75 (1): 75–81. doi :10.1086/422016. PMC 1182010 . PMID 15148657.
^ "Detección de duplicaciones segmentarias en todo el genoma".

[1] Johnson, ME (2008). Evolución de genes y genomas de primates impulsada por la duplicación segmentaria del cromosoma 16 (PDF) (Ph.D.). Universidad Case Western Reserve .

[2] Bailey, Jeffrey A.; Eichler, EE (2006). "Duplicaciones segmentarias en primates: crisoles de evolución, diversidad y enfermedad". Nature Reviews Genetics . 7 (7): 552–64. doi :10.1038/nrg1895. PMID 16770338. S2CID 3203768.

[pmid20188345-3] Zhang, F; Potocki, L; Sampson, JB; Liu, P; Sanchez-Valle, A; Robbins-Furman, P; Navarro, AD; Wheeler, PG; Spence, JE; Brasington, CK; Withers, MA; Lupski, JR (12 de marzo de 2010). "Identificación de duplicaciones recurrentes poco comunes asociadas al síndrome de Potocki-Lupski y la distribución de los tipos de reordenamiento y mecanismos en PTLS". American Journal of Human Genetics . 86 (3): 462–70. doi :10.1016/j.ajhg.2010.02.001. PMC 2833368 . PMID 20188345.

[4] Shaikh, TH; Kurahashi, H; Saitta, SC; O'Hare, AM; Hu, P; Roe, BA; Driscoll, DA; McDonald-McGinn, DM; Zackai, EH ; Budarf, ML; Emanuel, BS (1 de marzo de 2000). "Repeticiones de pocas copias específicas del cromosoma 22 y el síndrome de deleción 22q11.2: organización genómica y análisis del punto final de la deleción". Genética molecular humana . 9 (4): 489–501. doi : 10.1093/hmg/9.4.489 . PMID 10699172.

[pmid11381029-5] Inoue, K; Dewar, K; Katsanis, N; Reiter, LT; Lander, ES; Devon, KL; Wyman, DW; Lupski, JR; Birren, B (junio de 2001). "La región genómica de duplicación de CMT1A/eliminación de HNPP de 1,4 Mb revela características arquitectónicas únicas del genoma y proporciona información sobre la evolución reciente de nuevos genes". Genome Research . 11 (6): 1018–33. doi :10.1101/gr.180401. PMC 311111 . PMID 11381029.

[pmid15148657-6] Shaw, CJ; Withers, MA; Lupski, JR (julio de 2004). "Las deleciones poco frecuentes de la región del síndrome de Smith-Magenis pueden ser recurrentes cuando las repeticiones alternas de bajo número de copias actúan como sustratos de recombinación homóloga". American Journal of Human Genetics . 75 (1): 75–81. doi :10.1086/422016. PMC 1182010 . PMID 15148657.

[7] "Detección de duplicaciones segmentarias en todo el genoma".