JASPAR
Base de datos de acceso abierto que almacena perfiles de unión de factores de transcripción (TF) seleccionados y no redundantes
JASPAR
Contenido
Descripciónuna base de datos de acceso abierto de perfiles de unión de factores de transcripción
Tipos de datos
capturados		Factores de transcripción eucariotas , sus sitios de unión y perfiles de unión
Organismoseucariotas
Contacto
AutoresSandelín, A
Cita primariaSandelín, A. et al. (2004) [1]
Fecha de lanzamiento2004
Acceso
Sitio webhttp://jaspar.genereg.net/

JASPAR es una base de datos de acceso abierto y ampliamente utilizada de perfiles de unión de factores de transcripción (TF) no redundantes y seleccionados manualmente, almacenados como matrices de frecuencia de posición (PFM) y modelos flexibles de factores de transcripción (TFFM) [2] para TF de especies en seis grupos taxonómicos . A partir de los PFM proporcionados, los usuarios pueden generar matrices de peso específicas de posición (PWM) . La base de datos JASPAR se introdujo en 2004. Hubo siete actualizaciones importantes y nuevos lanzamientos en 2006, 2008, 2010, 2014, 2016, 2018, 2020 y 2022, que es el último lanzamiento de JASPAR. [3] [4] [5] [6] [7] [8] [9]

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Disponibilidad

La base de datos JASPAR es de código abierto y está disponible gratuitamente para la comunidad científica en http://jaspar.genereg.net/.

Bases de datos similares

  • TRANSFAC – Base de datos de factores de transcripción
  • HOCOMOCO - Colección completa de modelos de Homo sapiens
  • PAZAR Archivado el 12 de septiembre de 2017 en Wayback Machine - Base de datos centrada en sitios de unión de factores de transcripción validados experimentalmente
  • TFe Archivado el 18 de septiembre de 2017 en Wayback Machine – la enciclopedia de factores de transcripción
  • AnimalTFDB – Base de datos de factores de transcripción animal
  • PlantCARE – elementos cis-reguladores y factores de transcripción en plantas (2002)
  • RegTransBase : sitios de unión de factores de transcripción en un conjunto diverso de bacterias.
  • RegulonDB – Base de datos primaria sobre regulación transcripcional en Escherichia coli
  • TRRD – Base de datos de regiones reguladoras de la transcripción, principalmente sobre regiones reguladoras y sitios de unión de TF
  • PlantRegMap Mapa regulador de la transcripción de plantas
  • MethMotif Una base de datos integradora de motivos de sitios de unión de factores de transcripción específicos de células acoplados con perfiles de metilación del ADN.

Referencias

  1. ^ Sandelin, A; Alkema, W; Engström, P; Wasserman, WW; Lenhard, B (1 de enero de 2004). "JASPAR: una base de datos de acceso abierto para perfiles de unión de factores de transcripción eucariotas". Nucleic Acids Research . 32 (número de la base de datos): D91-4. doi :10.1093/nar/gkh012. PMC  308747 . PMID  14681366.
  2. ^ Mathelier, A; Wasserman, WW (5 de septiembre de 2013). "La próxima generación de predicción del sitio de unión del factor de transcripción". PLOS Computational Biology . 9 (9): e1003214. Bibcode :2013PLSCB...9E3214M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003214 . PMC 3764009 . PMID  24039567. 
  3. ^ Vlieghe, D; Sandelin, A; De Bleser, PJ; Vleminckx, K; Wasserman, WW; van Roy, F; Lenhard, B (1 de enero de 2006). "Una nueva generación de JASPAR, el repositorio de acceso abierto para perfiles de sitios de unión de factores de transcripción". Nucleic Acids Research . 34 (número de la base de datos): D95-7. doi :10.1093/nar/gkj115. PMC 1347477 . PMID  16381983. 
  4. ^ Bryne, JC; Valen, E; Tang, MH; Marstrand, T; Winther, O; da Piedade, I; Krogh, A; Lenhard, B; Sandelin, A (enero de 2008). "JASPAR, la base de datos de acceso abierto de perfiles de unión de factores de transcripción: nuevo contenido y herramientas en la actualización de 2008". Nucleic Acids Research . 36 (número de la base de datos): D102-6. doi :10.1093/nar/gkm955. PMC 2238834 . PMID  18006571. 
  5. ^ Portales-Casamar, E; Thongjuea, S; Kwon, AT; Arenillas, D; Zhao, X; Valen, E; Yusuf, D; Lenhard, B; Wasserman, WW; Sandelin, A (enero de 2010). "JASPAR 2010: la base de datos de acceso abierto enormemente ampliada de perfiles de unión de factores de transcripción". Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de base de datos): D105-10. doi :10.1093/nar/gkp950. PMC 2808906 . PMID  19906716. 
  6. ^ Mathelier, A; Zhao, X; Zhang, AW; Parcy, F; Worsley-Hunt, R; Arenillas, DJ; Buchman, S; Chen, CY; Chou, A; Ienasescu, H; Lim, J; Shyr, C; Tan, G; Zhou, M; Lenhard, B; Sandelin, A; Wasserman, WW (enero de 2014). "JASPAR 2014: una base de datos de acceso abierto ampliamente ampliada y actualizada de perfiles de unión de factores de transcripción". Nucleic Acids Research . 42 (número de base de datos): D142-7. doi :10.1093/nar/gkt997. PMC 3965086 . PMID  24194598. 
  7. ^ Mathelier, A; Fornes, O; Arenillas, DJ; Chen, CY; Denay, G; Lee, J; Shi, W; Shyr, C; Tan, G; Worsley-Hunt, R; Zhang, AW; Parcy, F; Lenhard, B; Sandelin, A; Wasserman, WW (4 de enero de 2016). "JASPAR 2016: una importante expansión y actualización de la base de datos de acceso abierto de perfiles de unión de factores de transcripción". Nucleic Acids Research . 44 (D1): D110-5. doi :10.1093/nar/gkv1176. PMC 4702842 . PMID  26531826. 
  8. ^ Khan, Aziz; Fornés, Oriol; Stigliani, Arnaud; Gheorghe, Marius; Castro-Mondragón, Jaime A.; van der Lee, Robin; Bessy, Adrián; Chèneby, Jeanne; Kulkarni, Shubhada R.; Bronceado, Ge; Baranasic, Damir; Arenillas, David J.; Sandelín, Albin; Vandepoele, Klaas; Lenhard, Boris; Ballester, Benoît; Wasserman, Wyeth W.; Parcy, François; Mathelier, Anthony (13 de noviembre de 2017). "JASPAR 2018: actualización de la base de datos de acceso abierto de perfiles de unión de factores de transcripción y su marco web". Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D260–D266. doi :10.1093/nar/gkx1126. Número de modelo : PMID 29140473  . 
  9. ^ Fornés, Oriol; Castro-Mondragón, Jaime A.; Khan, Aziz; van der Lee, Robin; Zhang, Xi; Richmond, Phillip A.; Modi, Bhavi P.; Correard, Solenne; Gheorghe, Marius; Baranašić, Damir; Santana-García, Walter; Bronceado, Ge; Chèneby, Jeanne; Ballester, Benoit; Parcy, François; Sandelín, Albin; Lenhard, Boris; Wasserman, Wyeth W.; Mathelier, Anthony (8 de enero de 2020). "JASPAR 2020: actualización de la base de datos de acceso abierto de perfiles de unión de factores de transcripción". Investigación de ácidos nucleicos . 48 (D1): D87-D92. doi :10.1093/nar/gkz1001. PMC 7145627 . PMID  31701148. 
  10. ^ Xuan Lin QX, Sian S, An O, Thieffry D, Jha S, Benoukraf T (enero de 2019). "MethMotif: una base de datos integradora específica de células de motivos de unión de factores de transcripción acoplados con perfiles de metilación del ADN". Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D145–D154. doi :10.1093/nar/gky1005. PMC 6323897 . PMID  30380113. 


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