Amanda M. Hulse-Kemp
Biólogo computacional e investigador estadounidense
Amanda M. Hulse-Kemp
Alma máter
Carrera académica
Instituciones

Amanda M. Hulse-Kemp es bióloga computacional del Servicio de Investigación Agrícola del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos . Trabaja en la Unidad de Investigación Genómica y Bioinformática y está destinada en el campus de la Universidad Estatal de Carolina del Norte en Raleigh, Carolina del Norte .

Primeros años de vida

Amanda Hulse-Kemp creció en Harrisonburg, Virginia . [1] Obtuvo su Licenciatura en Ciencias en Biología y Biotecnología Animal de la Universidad de Nevada, Reno , en 2010. [1] [2] Hulse-Kemp obtuvo su Doctorado en 2015 del Programa de Posgrado Interdisciplinario en Genética de la Universidad Texas A&M , donde su asesor de doctorado fue el Dr. David Stelly. [2] [3] [4] En el laboratorio de Stelly, coordinó el desarrollo de la matriz CottonSNP63K, la primera de su tipo para el algodón. [5] [6] La matriz CottonSNP63K ya se ha utilizado para hacer más eficiente la caracterización de los recursos de germoplasma y para identificar genes económicamente importantes. [1] Ella y el Dr. Stelly también formaron el Consorcio Internacional de Chips SNP de Algodón. [6] Completó su investigación postdoctoral en el Centro de Biotecnología de Semillas de la Universidad de California, Davis , donde se centró en bioinformática, desarrollo de recursos e integración de herramientas genómicas y biotecnológicas para mejorar el mejoramiento de vegetales y otros cultivos. [3] [2] En el centro, colaboró ​​en los análisis genéticos de pimiento, algodón, tomate, café y espinaca. [7]

Carrera

Hulse-Kemp trabaja como bióloga computacional en la intersección de la genómica, la biotecnología y el mejoramiento de cultivos. [3] Trabaja con el Servicio de Investigación Agrícola del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos en la Unidad de Investigación Genómica y Bioinformática. [3] Su enfoque de investigación actual implica el uso de la bioinformática para mejorar los programas de mejoramiento del ARS tanto en plantas como en animales. [3] Es profesora adjunta del USDA en la Universidad Estatal de Carolina del Norte en el Departamento de Ciencias de Cultivos y Suelos. [8] Colaboró ​​en el Proyecto Genoma del Café, que tiene como objetivo secuenciar Coffea arabica y examinar la diversidad entre variedades. [9] Fue parte del equipo detrás de la primera secuenciación del genoma de C. arabica . [10]

Premios y publicaciones

Como estudiante de doctorado en la Universidad Texas A&M, obtuvo el Premio Ethel Ashworth-Tsutsui Memorial de Investigación en 2014, [11] el premio a la Estudiante de Posgrado Distinguida de la Universidad Texas A&M, el Premio al Logro Sobresaliente del Decano en Investigación de Posgrado, [1] [6] y el Premio BB Singh a la Tesis de Ciencia de Cultivos. [12]

Hulse-Kemp es coautor de las siguientes publicaciones:

  • "Análisis evolutivo de la divergencia de secuencias y diversidad de genes duplicados en Aspergillus fumigatus " en Evolutionary Bioinformatics, 2012 [13]
  • "Información sobre la evolución de los diploides y poliploides del algodón a partir de la resecuenciación del genoma completo" en Genes, Genomas, Genética, 2013 [14]
  • "Etapa de haplotipos después de la estimación conjunta de la recombinación y el desequilibrio de ligamiento en poblaciones de cría" en Journal of Animal Science and Biotechnology, 2013 [15]
  • "La secuenciación del algodón alotetraploide ( Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) proporciona un recurso para la mejora de la fibra" en Nature Biotechnology, 2015 [16]
  • "Minería de SNP basada en secuencias de extremos BAC en algodón alotetraploide ( Gossypium ) utilizando datos de resecuenciación, inferencias filogenéticas y perspectivas para el mapeo genético" en Genes, Genomas, Genética, 2015 [17]
  • "Evolución de la secuencia de ADN y conversión homóloga rara en algodón tetraploide" y una corrección en PLOS Genetics, 2016 [18] [19]
  • "Análisis de la diversidad del germoplasma del algodón ( Gossypium hirsutum L. ) utilizando la matriz CottonSNP63K" en BMC Plant Biology, 2017 [20]
  • "Marcos físicos anclados al subgenoma del genoma alotetraploide del algodón americano (Gossypium hirsutum L.) y un enfoque hacia ensamblajes de poliploides de grado de referencia" en Scientific Reports, 2017 [21]
  • "Transcriptómica comparativa y patrones genómicos de discordancia en Capsiceae (Solanaceae) " en Molecular Phylogenetics and Evolution, 2018 [22]
  • "Alimentar a las gallinas ponedoras con maní con alto contenido de ácido oleico mejora el color de la yema del huevo y el contenido de ácido graso oleico en los huevos con cáscara" en Poultry Science , 2019 [23]
  • "Mejora de la resiliencia a la sequía, la productividad y la calidad de la fibra del algodón Upland: evaluación comparativa y disección genética" en Molecular Genetics and Genomics , 2020 [24]

Ha sido autora principal de las siguientes publicaciones:

  • "Las variantes genéticas contribuyen a la variabilidad de la expresión genética en los seres humanos" en Genetics, 2013 [25]
  • "Desarrollo y mapeo de bin de SNP interespecíficos asociados a genes para esfuerzos de mejoramiento por introgresión de algodón ( Gossypium hirsutum L.) " en BMC Genomics, 2014 [26]
  • "Desarrollo de una matriz de 63K SNP para el algodón y mapeo de alta densidad de poblaciones intraespecíficas e interespecíficas de Gossypium spp." en Genes, Genomes, Genetics, 2015 [27]
  • "Un HapMap conduce a una matriz infinita de SNP de Capsicum annuum : una nueva herramienta para el mejoramiento de pimientos" en Horticulture Research, 2016 [28]
  • "Ensamblaje de calidad de referencia del genoma de 3,5 Gb de Capsicum annuum a partir de una biblioteca de lectura enlazada única" en Horticulture Research, 2018 [29]

Referencias

  1. ^ abcd Texas A&M University (septiembre de 2015). "Texas A&M Plant Breeding Bulletin Announcement of Amanda Hulse-Kemp getting her Ph.D." (PDF) . BOLETÍN DE MEJORA DE PLANTAS DE TEXAS A&M . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  2. ^ abc Kaki Carl (1 de diciembre de 2017). "Conoce a Amanda Hulse-Kemp". Universidad Estatal de Carolina del Norte . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  3. ^ abcde "Amanda Hulse-Kemp". ars.usda.gov . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  4. ^ Bautista, Carol Vargas (8 de noviembre de 2017). "Ex alumnos". Genética en la Universidad Texas A&M . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  5. ^ "El proyecto CottonSNP63K". cottongen.org . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  6. ^ abc Texas A&M University Department of Soil and Crop Sciences (mayo de 2015). "Felicitaciones" (PDF) . Agenda de AGGIE . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  7. ^ Centro de Biotecnología de Semillas de la UC Davis (2017). «Informe anual del Centro de Biotecnología de Semillas (UC Davis)» (PDF) . Informe anual 2017. Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  8. ^ "Amanda Hulse-Kemp". Universidad Estatal de Carolina del Norte . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  9. ^ "People". coffeegenome.ucdavis.edu . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  10. ^ "Secuencian el genoma del café arábico: coincide con el nacimiento de la industria del café de especialidad cultivado en California". ScienceDaily . 2017-01-13 . Consultado el 2020-02-14 .
  11. ^ Ciencia, Universidad Texas A&M-. "Divulgación científica | Universidad Texas A&M | College Station, TX". outreach.science.tamu.edu . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  12. ^ Beth Luedeker (19 de enero de 2016). "Premios departamentales de ciencias del suelo y los cultivos 2015". soilcrop.tamu.edu . Consultado el 14 de febrero de 2020 .
  13. ^ Yang, Ence; Hulse, Amanda M.; Cai, James J. (2012). "Análisis evolutivo de la divergencia de secuencias y diversidad de genes duplicados en Aspergillus fumigatus". Bioinformática evolutiva . 8 : 623–44. doi :10.4137/ebo.s10372. ISSN  1176-9343. PMC 3510868 . PMID  23225993. 
  14. ^ Page, Justin T.; Huynh, Mark D.; Liechty, Zach S.; Grupp, Kara; Stelly, David; Hulse, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Deynze, Allen Van; Wendel, Jonathan F.; Udall, Joshua A. (1 de octubre de 2013). "Información sobre la evolución de los diploides y poliploides del algodón a partir de la resecuenciación del genoma completo". G3: Genes, Genomas, Genética . 3 (10): 1809–1818. doi :10.1534/g3.113.007229. ISSN  2160-1836. PMC 3789805 . PMID  23979935. 
  15. ^ Gomez-Raya, Luis; Hulse, Amanda M.; Thain, David; Rauw, Wendy M. (6 de agosto de 2013). "Etapa de haplotipos después de la estimación conjunta de recombinación y desequilibrio de ligamiento en poblaciones de cría". Revista de Ciencia Animal y Biotecnología . 4 (1): 30. doi : 10.1186/2049-1891-4-30 . ISSN  2049-1891. PMC 3765333 . PMID  23916349. 
  16. ^ Zhang, Tianzhen; Hu, Yan; Jiang, Wenkai; Fang, Lei; Guan, Xueying; Chen, Jiedan; Zhang, Jinbo; Saski, Christopher A.; Scheffler, Brian E.; Stelly, David M.; Hulse-Kemp, Amanda M. (2015). "La secuenciación del algodón alotetraploide (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) proporciona un recurso para la mejora de la fibra". Nature Biotechnology . 33 (5): 531–537. doi : 10.1038/nbt.3207 . ISSN  1546-1696. PMID  25893781.
  17. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Stoffel, Kevin; Zheng, Xiuting; Saski, Christopher A.; Scheffler, Brian E.; Fang, David D.; Chen, Z. Jeffrey; Deynze, Allen Van; Stelly, David M. (1 de junio de 2015). "Minería de SNP basada en secuencias de extremos BAC en algodón alotetraploide (Gossypium) utilizando datos de resecuenciación, inferencias filogenéticas y perspectivas para el mapeo genético". G3: Genes, Genomas, Genética . 5 (6): 1095–1105. doi :10.1534/g3.115.017749. ISSN  2160-1836. PMC 4478540 . PMID  25858960. 
  18. ^ Page, Justin T.; Liechty, Zach S.; Alexander, Rich H.; Clemons, Kimberly; Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Deynze, Allen Van; Stelly, David M.; Udall, Joshua A. (11 de mayo de 2016). "Evolución de la secuencia de ADN y conversión homóloga rara en algodón tetraploide". PLOS Genetics . 12 (5): e1006012. doi : 10.1371/journal.pgen.1006012 . ISSN  1553-7404. PMC 4864293 . PMID  27168520. 
  19. ^ Page, Justin T.; Liechty, Zach S.; Alexander, Rich H.; Clemons, Kimberly; Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Deynze, Allen Van; Stelly, David M.; Udall, Joshua A. (22 de julio de 2016). "Corrección: evolución de la secuencia de ADN y conversión homóloga rara en algodón tetraploide". PLOS Genetics . 12 (7): e1006206. doi : 10.1371/journal.pgen.1006206 . ISSN  1553-7404. PMC 4957745 . PMID  27447832. 
  20. ^ Hinze, Lori L.; Hulse-Kemp, Amanda M.; Wilson, Iain W.; Zhu, Qian-Hao; Llewellyn, Danny J.; Taylor, Jen M.; Spriggs, Andrés; Colmillo, David D.; Ulloa, Mauricio; Burke, John J.; Giband, Marc (3 de febrero de 2017). "Análisis de diversidad de germoplasma de algodón (Gossypium hirsutum L.) utilizando el CottonSNP63K Array". Biología vegetal BMC . 17 (1): 37. doi : 10.1186/s12870-017-0981-y . ISSN  1471-2229. PMC 5291959 . PMID  28158969. 
  21. ^ Saski, Christopher A.; Scheffler, Brian E.; Hulse-Kemp, Amanda M.; Liu, Bo; Song, Qingxin; Ando, ​​Atsumi; Stelly, David M.; Scheffler, Jodi A.; Grimwood, Jane; Jones, Don C.; Peterson, Daniel G. (10 de noviembre de 2017). "Marcos físicos anclados al subgenoma del genoma del algodón americano (Gossypium hirsutum L.) alotetraploide y un enfoque hacia ensamblajes de poliploides de grado de referencia". Scientific Reports . 7 (1): 15274. Bibcode :2017NatSR...715274S. doi :10.1038/s41598-017-14885-w. ISSN  2045-2322. PMC 5681701 . Número de modelo:  PMID29127298. 
  22. ^ Spalink, Daniel; Stoffel, Kevin; Walden, Genevieve K.; Hulse-Kemp, Amanda M.; Hill, Theresa A.; Van Deynze, Allen; Bohs, Lynn (2018). "Transcriptómica comparativa y patrones genómicos de discordancia en Capsiceae (Solanaceae)". Filogenética molecular y evolución . 126 : 293–302. Bibcode :2018MolPE.126..293S. doi : 10.1016/j.ympev.2018.04.030 . ISSN  1055-7903. PMID  29702214. S2CID  13701098.
  23. ^ Toomer, Ondulla T.; Hulse-Kemp, Amanda M.; Dean, Lisa L.; Boykin, Deborah L.; Malheiros, Ramon; Anderson, Kenneth E. (2019). "Alimentar a las gallinas ponedoras con maní con alto contenido de ácido oleico mejora el color de la yema y el contenido de ácido graso oleico en los huevos con cáscara". Ciencia avícola . 98 (4): 1732–1748. doi : 10.3382/ps/pey531 . ISSN  1525-3171. PMID  30535420.
  24. ^ Ulloa, Mauricio; De Santiago, Luis M.; Hulse-Kemp, Amanda M.; Stelly, David M.; Burke, John J. (1 de enero de 2020). "Mejora del algodón Upland para la resiliencia a la sequía, la productividad y la calidad de la fibra: evaluación comparativa y disección genética". Genética molecular y genómica . 295 (1): 155–176. doi :10.1007/s00438-019-01611-6. ISSN  1617-4623. PMID  31620883. S2CID  204707151.
  25. ^ Hulse, Amanda M.; Cai, James J. (1 de enero de 2013). "Las variantes genéticas contribuyen a la variabilidad de la expresión génica en humanos". Genética . 193 (1): 95–108. doi :10.1534/genetics.112.146779. ISSN  0016-6731. PMC 3527258 . PMID  23150607. 
  26. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Zheng, Xiuting; Wang, Fei; Hoegenauer, Kevin A.; Maeda, Andrea BV; Yang, S. Samuel; Stoffel, Kevin; Matvienko, Marta; Clemons, Kimberly; Udall, Joshua A. (30 de octubre de 2014). "Desarrollo y mapeo de bin de SNP interespecíficos asociados a genes para esfuerzos de mejoramiento por introgresión de algodón (Gossypium hirsutum L.)". BMC Genomics . 15 (1): 945. doi : 10.1186/1471-2164-15-945 . ISSN  1471-2164. PMC 4298081 . PMID  25359292. 
  27. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Lemm, Jana; Plieske, Joerg; Ashrafi, Hamid; Buyyarapu, Ramesh; Fang, David D.; Frelichowski, James; Giband, Marc; Hague, Steve; Hinze, Lori L.; Kochan, Kelli J. (1 de junio de 2015). "Desarrollo de una matriz de SNP de 63K para algodón y mapeo de alta densidad de poblaciones intraespecíficas e interespecíficas de Gossypium spp". G3: Genes, Genomas, Genética . 5 (6): 1187–1209. doi :10.1534/g3.115.018416. ISSN  2160-1836. PMC 4478548 . PMID  25908569. 
  28. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Plieske, Jörg; Lemm, Jana; Stoffel, Kevin; Colina, Teresa; Luerssen, Hartmut; Pethiyagoda, Charit L.; Lawley, Cindy T.; Ganal, Martín W.; Van Deynze, Allen (27 de julio de 2016). "Un HapMap conduce a una matriz de Capsicum annuum SNP infinium: una nueva herramienta para el mejoramiento de pimientos". Investigación en horticultura . 3 (1): 16036. Código bibliográfico : 2016HorR....316036H. doi :10.1038/hortres.2016.36. ISSN  2052-7276. PMC 4962762 . PMID  27602231. 
  29. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Maheshwari, Shamoni; Stoffel, Kevin; Hill, Theresa A.; Jaffe, David; Williams, Stephen R.; Weisenfeld, Neil; Ramakrishnan, Srividya; Kumar, Vijay; Shah, Preyas; Schatz, Michael C. (12 de enero de 2018). "Ensamblaje de calidad de referencia del genoma de 3,5 Gb de Capsicum annuum a partir de una única biblioteca de lectura enlazada". Investigación en horticultura . 5 (1): 4. Bibcode :2018HorR....5....4H. doi :10.1038/s41438-017-0011-0. ISSN  2052-7276. PMC 5798813 . PMID  29423234. 
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