Vista haploscópica
Haploview [1] es un software de bioinformática de uso común que está diseñado para analizar y visualizar patrones de desequilibrio de ligamiento (LD) en datos genéticos . Haploview también puede realizar estudios de asociación, eligiendo SNP de etiqueta [2] y estimando frecuencias de haplotipos . Haploview es desarrollado y mantenido por el laboratorio del Dr. Mark Daly en el MIT / Harvard Broad Institute .
Haploview actualmente admite las siguientes funcionalidades:
- Análisis de bloques de haplotipos y LD
- Estimación de frecuencia de población de haplotipos
- Pruebas de asociación de haplotipos y SNP individuales
- Prueba de permutación para determinar la significación de la asociación
- Implementación del algoritmo de selección SNP de etiqueta Tagger de Paul de Bakker
- Descarga automática de datos de genotipos por fases desde HapMap
- Visualización y representación gráfica de los resultados de asociación del genoma completo de PLINK, incluidas opciones de filtrado avanzadas
Referencias
- ^ Barrett JC; Fry B.; Maller J.; Daly MJ (2005). "Haploview: análisis y visualización de LD y mapas de haplotipos". Bioinformática . 21 (2): 263–5. doi : 10.1093/bioinformatics/bth457 . PMID 15297300.
- ^ de Bakker PI; Yelensky R.; Pe'er I.; Gabriel SB; Daly MJ; Altshuler D. (2005). "Eficiencia y potencia en los estudios de asociación genética". Nature Genetics . 37 (11): 1217–23. doi :10.1038/ng1669. PMID 16244653.
Enlaces externos
- Página de inicio de Haploview
