Mark B. Gerstein
Bioinformático estadounidense
Marco Gerstein
Nacido
Mark Bender Gerstein

23 de febrero
CiudadaníaA NOSOTROS
Alma máter
Premios
Carrera científica
CamposBioinformática [3]
Instituciones
TesisReconocimiento de proteínas: superficies y cambios conformacionales  (1993)
Asesor de doctorado
Otros asesores académicosMichael Levitt (posdoctorado)
Estudiantes de doctoradoWerner Krebs [6] [7]
Sitio web
  • www.gersteinlab.org
  • www.cs.yale.edu/people/gerstein.html

Mark Bender Gerstein es un científico estadounidense que trabaja en bioinformática y ciencia de datos . Desde 2009 [actualizar]es codirector del programa de Biología Computacional y Bioinformática de Yale .

Mark Gerstein es profesor Albert L. Williams de Informática Biomédica , profesor de Biofísica Molecular y Bioquímica , profesor de Estadística y Ciencia de Datos y profesor de Ciencias de la Computación en la Universidad de Yale . [8] En 2018, Gerstein fue nombrado codirector del Centro de Yale para la Ciencia de Datos Biomédicos. [9]

Educación

Después de graduarse summa cum laude de Harvard College con una licenciatura en Artes en física en 1989, Gerstein hizo un doctorado co-supervisado por Ruth Lynden-Bell [5] en la Universidad de Cambridge y Cyrus Chothia en el Laboratorio de Biología Molecular sobre el cambio conformacional en proteínas, graduándose en 1993. [10] Luego pasó a una investigación postdoctoral en bioinformática en la Universidad de Stanford de 1993 a 1996 supervisado por el premio Nobel Michael Levitt .

Investigación

Gerstein realiza investigaciones en el campo de la bioinformática . [3] [11] [12] Esto implica aplicar una variedad de enfoques computacionales a problemas en biología molecular , incluyendo minería de datos y aprendizaje automático, simulación molecular y diseño de bases de datos. Su grupo de investigación tiene varios focos que incluyen la anotación del genoma humano, [13] genómica personal , genómica del cáncer , construcción de herramientas en apoyo de tecnologías genómicas (como secuenciación de próxima generación), análisis de redes moleculares y simulación de movimientos macromoleculares. Las bases de datos y herramientas notables que el grupo ha desarrollado incluyen la Base de datos de movimientos macromoleculares , [6] [7] que categoriza el cambio conformacional macromolecular ; tYNA, [14] que ayuda a analizar redes moleculares; PubNet, [15] que analiza redes de publicación; PeakSeq, [16] que identifica regiones en el genoma unidas por factores de transcripción particulares; y CNVnator, [17] que categoriza variantes de bloque en el genoma. Gerstein también ha escrito extensamente sobre cómo las cuestiones generales de la ciencia de datos impactan en la genómica, en particular, en relación con la privacidad [18] y la estructuración de la comunicación científica. [19]

El trabajo de Gerstein ha sido publicado en revistas científicas revisadas por pares [20] [21] [22] y publicaciones no científicas en foros más populares. [23] Su trabajo ha sido ampliamente citado, con una H mayor que 100. [3] Forma parte de varios consejos editoriales y asesores, incluidos los de PLoS Computational Biology , Genome Research , Genome Biology y Molecular Systems Biology . Ha sido citado en el New York Times, [24] [25] [26] incluso en la portada, [13] y en otros periódicos importantes. [27]

Premios y honores

Además de un premio WM Keck Foundation Distinguished Young Scholars, [28] Gerstein ha recibido premios de la Marina de los EE. UU. , IBM , Pharmaceutical Research and Manufacturers of America y la Fundación Donaghue. [29] Es miembro de la AAAS . [1] Otros premios incluyen una beca Herchel-Smith que apoya su trabajo de doctorado en Emmanuel College, Cambridge y una beca postdoctoral de la Damon Runyon Cancer Research Foundation . Es colaborador de varios consorcios científicos, incluidos ENCODE , [30] modENCODE , [31] [32] [33] 1000 Genomes Project , Brainspan, [34] y DOE Kbase. [ cita requerida ] Fue nombrado miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional en 2015. [2]

Referencias

  1. ^ ab "Científicos de Yale reciben beca AAAS".
  2. ^ ab "Conozca a la Clase de Becarios ISCB 2015". Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 20 de febrero de 2015.
  3. ^ abc Publicaciones de Mark B. Gerstein indexadas por Google Scholar
  4. ^ Gerstein, M. ; Chothia, C. (1991). "Análisis del cierre de bucles de proteínas. Dos tipos de bisagras producen un movimiento en la lactato deshidrogenasa". Journal of Molecular Biology . 220 (1): 133–149. doi :10.1016/0022-2836(91)90387-L. PMID  2067013.
  5. ^ de Mark B. Gerstein en el Proyecto de genealogía matemática
  6. ^ ab Krebs, Werner G. (2002). La base de datos de movimientos macromoleculares: un sistema estandarizado para analizar y visualizar movimientos macromoleculares en un marco de base de datos (tesis doctoral). Universidad de Yale. OCLC  54626123.
  7. ^ ab Gerstein, M; Krebs, W (1998). "Una base de datos de movimientos macromoleculares". Nucleic Acids Research . 26 (18): 4280–90. doi :10.1093/nar/26.18.4280. PMC 147832 . PMID  9722650. 
  8. ^ Publicaciones de Mark B. Gerstein indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (se requiere suscripción)
  9. ^ Xiong, Amy (9 de febrero de 2018). "Yale establece un centro de ciencia de datos biomédicos". yaledailynews.com . Consultado el 27 de septiembre de 2020 .
  10. ^ Gerstein, Mark (1993). Reconocimiento de proteínas: superficies y cambios conformacionales (tesis doctoral). Universidad de Cambridge.
  11. ^ Durbin, RM ; Abecasis, GR ; Altshuler, RM; Auton, GAR; Brooks, DR; Durbin, A.; Gibbs, AG; Hurles, FS; McVean, FM; Donnelly, P.; Egholm, M.; Flicek, P.; Gabriel, SB; Gibbs, RA; Knoppers, BM; Lander, ES; Lehrach, H.; Mardis, ER; McVean, GA; Nickerson, DA; Peltonen, L.; Schafer, AJ; Sherry, ST; Wang, J.; Wilson, RK; Gibbs, RA; Deiros, D.; Metzker, M.; Muzny, D.; et al. (2010). "Un mapa de la variación del genoma humano a partir de la secuenciación a escala poblacional". Nature . 467 (7319): 1061–1073. Código Bibliográfico : 2010Natur.467.1061T. doi :10.1038/nature09534. PMC 3042601. PMID 20981092  . 
  12. ^ Wang, Z.; Gerstein, M.; Snyder, M. (2009). "RNA-Seq: una herramienta revolucionaria para la transcriptómica". Nature Reviews Genetics . 10 (1): 57–63. doi :10.1038/nrg2484. PMC 2949280 . PMID  19015660. 
  13. ^ por Gina Kolata, (5 de septiembre de 2012) 'Fragmentos de ADN misterioso, lejos de ser basura, juegan un papel crucial', NY Times
  14. ^ Yip, KY; Yu, H; Kim, PM; Schultz, M; Gerstein, M (2006). "La plataforma tYNA para interactómica comparativa: una herramienta web para gestionar, comparar y extraer múltiples redes". Bioinformática . 22 (23): 2968–70. doi : 10.1093/bioinformatics/btl488 . PMID  17021160.
  15. ^ Douglas, SM; Montelione, GT; Gerstein, M. (2005). "PubNet: Un sistema flexible para visualizar redes derivadas de la literatura". Genome Biology . 6 (9): R80. doi : 10.1186/gb-2005-6-9-r80 . PMC 1242215 . PMID  16168087. 
  16. ^ Rozowsky, J; Euskirchen, G; Auerbach, RK; Zhang, ZD; Gibson, T; Bjornson, R; Carriero, N; Snyder, M; Gerstein, MB (2009). "Peak Seq permite la puntuación sistemática de los experimentos de ChIP-seq en relación con los controles". Nature Biotechnology . 27 (1): 66–75. doi :10.1038/nbt.1518. PMC 2924752 . PMID  19122651. 
  17. ^ Abyzov, A; Urban, AE; Snyder, M; Gerstein, M (2011). "CNVnator: un enfoque para descubrir, genotipar y caracterizar CNV típicos y atípicos a partir de la secuenciación del genoma familiar y poblacional". Genome Research . 21 (6): 974–84. doi :10.1101/gr.114876.110. PMC 3106330 . PMID  21324876. 
  18. ^ Greenbaum, D; Sboner, A; Mu, XJ; Gerstein, M (2011). "Genómica y privacidad: implicaciones de la nueva realidad de los datos cerrados para el campo". PLOS Computational Biology . 7 (12): e1002278. Bibcode :2011PLSCB...7E2278G. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002278 . PMC 3228779 . PMID  22144881. 
  19. ^ Gerstein, M; Seringhaus, M; Fields, S (2007). "El resumen digital estructurado facilita la minería de texto". Nature . 447 (7141): 142. Bibcode :2007Natur.447..142G. doi : 10.1038/447142a . PMID  17495904.
  20. ^ Mark Gerstein en el servidor de bibliografía DBLP
  21. ^ Publicaciones de Mark B. Gerstein indexadas por Microsoft Academic
  22. ^ Giaever, G.; Chu, AM; Ni, L.; Connelly, C.; Riles, L.; Veronneau, S.; Dow, S.; Lucau-Danila, A.; Anderson, K.; André, B.; Arkin, AP; Astromoff, A.; El-Bakkoury, M.; Bangham, R.; Benito, R.; Brachat, S.; Campanaro, S.; Curtiss, M.; Davis, K.; Deutschbauer, A.; Entian, KD; Flaherty, P.; Cuatro, F.; Garfinkel, DJ; Gerstein, M.; Gotte, D.; Güldener, U.; Hegemann, JH; Hempel, S.; Herman, Z. (2002). "Perfil funcional del genoma de Saccharomyces cerevisiae". Naturaleza . 418 (6896): 387–391. Código Bibliográfico : 2002Natur.418..387G. doi :10.1038/nature00935. PMID  12140549. S2CID  4400400.
  23. ^ "Lista de textos no técnicos de Mark Gerstein". gersteinlab.org. Archivado desde el original el 17 de octubre de 2013.
  24. ^ Kolata, Gina (16 de junio de 2013). "Haciendo agujeros en la privacidad genética". The New York Times . ISSN  0362-4331 . Consultado el 18 de enero de 2016 .
  25. ^ Zimmer, Carl (1 de septiembre de 2014). «Pequeñas y enormes ventanas al ADN humano». The New York Times . ISSN  0362-4331 . Consultado el 18 de enero de 2016 .
  26. ^ "Reflexiones sobre los genes". The New York Times . 10 de noviembre de 2008. ISSN  0362-4331 . Consultado el 18 de enero de 2016 .
  27. ^ "Los científicos revelan un nuevo modelo de cómo funciona el genoma humano". courant.com . Consultado el 18 de enero de 2016 .
  28. ^ Mervis, Jeffrey (16 de julio de 1999). "Keck ayuda a cinco profesionales con subvenciones de un millón de dólares". Science . 285 (5426): 312–3. doi :10.1126/science.285.5426.312b. PMID  10438290. S2CID  33084600.
  29. ^ "La Fundación Donaghue selecciona a cinco investigadores para brindar apoyo a largo plazo". medicine.yale.edu . Consultado el 27 de septiembre de 2020 .
  30. ^ Consorcio del Proyecto ENCODE; Birney E ; Stamatoyannopoulos JA ; Dutta A ; Guigó R; Gingeras TR; Margulies EH; Weng Z; Snyder M; Dermitzakis ET; et al. (2007). "Identificación y análisis de elementos funcionales en el 1% del genoma humano mediante el proyecto piloto ENCODE". Nature . 447 (7146): 799–816. Bibcode :2007Natur.447..799B. doi :10.1038/nature05874. PMC 2212820 . PMID  17571346. 
  31. ^ Landt, SG; Marinov, GK; Kundajé, A.; Kheradpour, P.; Pauli, F.; Batzoglou, S.; Bernstein, BE; Bickel, P.; Marrón, JB; Cayting, P.; Chen, Y.; Desalvo, G.; Epstein, C.; Fisher-Aylor, KI; Euskirchen, G.; Gerstein, M.; Gertz, J.; Hartemink, AJ; Hoffman, MM; Iyer, VR; Jung, YL; Karmakar, S.; Kellis, M.; Kharchenko, PV; Li, Q.; Liu, T.; Liu, XS; Mamá, L.; Milosavljevic, A.; Myers, RM (2012). "Pautas y prácticas de ChIP-seq de los consorcios ENCODE y modENCODE". Investigación del genoma . 22 (9): 1813–1831. doi :10.1101/gr.136184.111. PMC 3431496. PMID 22955991  . 
  32. ^ Cheng, C.; Yan, KK; Yip, KY; Rozowsky, J.; Alexander, R.; Shou, C.; Gerstein, M. (2011). "Un marco estadístico para modelar la expresión génica utilizando características de la cromatina y aplicación a conjuntos de datos modENCODE". Genome Biology . 12 (2): R15. doi : 10.1186/gb-2011-12-2-r15 . PMC 3188797 . PMID  21324173. 
  33. ^ Gerstein MB, Lu ZJ, Van Nostrand EL, Cheng C, Arshinoff BI, Liu T, Yip KY, Robilotto R, Rechtsteiner A, et al. (2010). "Análisis integrativo del genoma de Caenorhabditis elegans mediante el proyecto modENCODE". Ciencia . 330 (6012): 1775–1787. Código Bib : 2010 Ciencia... 330.1775G. doi : 10.1126/ciencia.1196914. PMC 3142569 . PMID  21177976. 
  34. ^ Li, Mingfeng; Santpere, Gabriel; Kawasawa, Yuka Imamura; Evgrafov, Oleg V.; Gulden, Forrest O.; Pochareddy, Sirisha; Sunkin, Susan M.; Li, Zhen; Shin, Yurae; Zhu, Ying; Sousa, André MM (14 de diciembre de 2018). "Análisis genómico funcional integrativo del desarrollo del cerebro humano y riesgos neuropsiquiátricos". Ciencia . 362 (6420): comer7615. Código Bib : 2018 Ciencia... 362.7615L. doi : 10.1126/ciencia.aat7615. ISSN  0036-8075. PMC 6413317 . PMID  30545854. 
Scholia tiene un perfil para Mark Bender Gerstein (Q6766711).
  • Laboratorio Mark Gerstein en Yale
  • Mark Gerstein en Ciencias de la Computación de Yale
  • Mark Gerstein en la Facultad de Medicina de Yale
  • Publicaciones de Mark Gerstein indexadas por Google Scholar
  • Publicaciones de Mark Gerstein en ResearchGate
  • Mark Gerstein en el servidor de bibliografía DBLP
Obtenido de "https://es.wikipedia.org/w/index.php?title=Mark_B._Gerstein&oldid=1231915051"