FiloXML

PhyloXML es un lenguaje XML para el análisis, intercambio y almacenamiento de árboles filogenéticos (o redes) y datos asociados. ^[1] La estructura de phyloXML está descrita por el lenguaje de definición de esquema XML ( XSD ).

Una deficiencia de los formatos actuales para describir árboles filogenéticos (como Nexus y Newick/New Hampshire ) es la falta de un medio estandarizado para anotar los nodos y las ramas de los árboles con campos de datos diferenciados (que en el caso de un árbol básico de especies podrían ser: nombres de especies, longitudes de ramas y posiblemente múltiples valores de soporte). El almacenamiento e intercambio de datos es aún más complicado en estudios en los que los árboles son el resultado de una conciliación de algún tipo:

• Estudios de función genética (requiere la anotación de nodos con información taxonómica, así como nombres de genes y posiblemente datos de duplicación de genes)
• evolución de las interacciones huésped-parásito (requiere la anotación de los nodos del árbol con información taxonómica tanto del huésped como del parásito)
• Estudios filogeográficos (requiere la anotación de los nodos de los árboles con información taxonómica y geográfica)

Para paliar esto, se han comenzado a utilizar diversos formatos especiales y ad hoc (como el formato NHX, que se centra en las necesidades de los estudios filogenómicos y de función genética).

Un formato XML bien definido aborda estos problemas de manera general y extensible y permite la interoperabilidad entre software especializado y de propósito general.

Un ejemplo de un programa para visualizar phyloXML es Archaeopteryx .

<phyloxml xmlns:xsi= "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation= "http://www.phyloxml.org http://www.phyloxml.org/1.10/phyloxml.xsd" xmlns= "http://www.phyloxml.org" > <phylogeny rooted= "true" > <name> ejemplo del libro del profesor Joe Felsenstein "Inferring Phylogenies" </name> <description> MrBayes basado en la alineación MAFFT </description> <clade> <clade branch_length= "0.06" > <confidence type= "probability" > 0.88 </confidence> <clade branch_length= "0.102" > <name> A </name> </clade> <clade branch_length= "0.23" > <name> B </name> </clade> </clade> <clade branch_length= "0.5" > <nombre> C </nombre> </clade> </clade> </filogenia> </phyloxml>                                       

• www.phyloxml.org
• Programa Archaeopteryx