Fibrobacterias
| Fibrobacterias | |
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Clasificación científica  | |
| Dominio: | Bacteria |
| Clado : | Grupo FCB |
| Filo: | Fibrobacterota Garrity & Holt 2021 [1] |
| Clases | |
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| Sinónimos | |
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Fibrobacterota es un pequeño filo bacteriano que incluye muchas de las principales bacterias del rumen , lo que permite la degradación de la celulosa de origen vegetal en los animales rumiantes . Los miembros de este filo se clasificaron en otros filos. El género Fibrobacter (el único género de Fibrobacterota) se eliminó del género Bacteroides en 1988. [2]
Estudios de filogenia y genómica comparativa
Aunque actualmente se reconoce a Fibrobacterota como un filo distinto, los estudios filogenéticos basados en las secuencias de las proteínas RpoC y Girasa B indican que Fibrobacter succinogenes está estrechamente relacionado con las especies de los filos Bacteroidetes y Chlorobi . [3] Las especies de estos tres filos también se ramifican en la misma posición basándose en indeles de firma conservados en varias proteínas importantes. [4] Por último y más importante, los estudios genómicos comparativos han identificado dos indeles de firma conservados (un inserto de 5-7 aminoácidos en la proteína RpoC y una inserción de 13-16 aminoácidos en la serina hidroximetiltransferasa ) y una proteína de firma (PG00081) que son compartidos de forma única por todas las especies de estos tres filos. [5] Todos estos resultados proporcionan evidencia convincente de que las especies de estos tres filos compartieron un ancestro común exclusivo de todas las demás bacterias y se ha propuesto que todos ellos deberían ser reconocidos como parte de un único superfilo "FCB". [3] [5]
Filogenia
Filogenia de Fibrobacterota.
| LTP basado en ARNr 16S _12_2021 [6] [7] [8] | 120 proteínas marcadoras de copia única basadas en GTDB 08-RS214 [9] [10] [11] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Taxonomía
La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con relevancia en la nomenclatura (LSPN) [12] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [13]
- Clase Chitinispirillia Sorokin et al. 2016
- Orden Chitinispirillales Sorokin et al. 2016 ]
- Familia Chitinispirillaceae Sorokin et al. 2016
- Género Chitinispirillum Sorokin et al. 2016
- Especie C. alkaliphilum Sorokin et al. 2016
- Género Chitinispirillum Sorokin et al. 2016
- Familia Chitinispirillaceae Sorokin et al. 2016
- Orden Chitinispirillales Sorokin et al. 2016 ]
- Clase Chitinivibrionia Sorokin et al. 2014
- Orden Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014
- Familia Chitinivibrionaceae Sorokin et al. 2014
- Género Chitinivibrio Sorokin et al. 2014
- Especie C. alkaliphilus Sorokin et al. 2014
- Género Chitinivibrio Sorokin et al. 2014
- Familia Chitinivibrionaceae Sorokin et al. 2014
- Orden Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014
- Clase Fibrobacteria España et al. 2012
- Orden Fibrobacterales España et al. 2012 ["Fibromonadales" Abdul Rahman et al. 2016 ]
- Familia Fibrobacteraceae España et al. 2012 [Fibromonadaceae" Abdul Rahman et al. 2016 ]
- Género Fibrobacter Montgomery et al. 1988
- Especie F. intestinalis Montgomery et al. 1988
- Especie F. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
- Subespecie F. s. elongatus Montgomery et al. 1988
- Subespecie F. s. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
- Género " Candidatus Fibromonas" Abdul Rahman et al. 2016
- Especie " Ca. F. termitidis" Abdul Rahman et al. 2016
- Género " Hallerella " Wylensek et al. 2020
- Especie " H. porci " Wylensek et al. 2021
- Especie " H. succinigenes " Wylensek et al. 2020
- Género Fibrobacter Montgomery et al. 1988
- Familia Fibrobacteraceae España et al. 2012 [Fibromonadaceae" Abdul Rahman et al. 2016 ]
- Orden Fibrobacterales España et al. 2012 ["Fibromonadales" Abdul Rahman et al. 2016 ]
Distribución
Se considera que el filo Fibrobacterota está estrechamente relacionado con CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroidota]. [5] Contiene el género Fibrobacter , que tiene cepas presentes en los intestinos de muchos mamíferos, incluidos el ganado vacuno y los cerdos. [14] Las dos especies descritas en este género, a saber, Fibrobacter succinogenes y Fibrobacter intestinalis, son miembros importantes de las comunidades fibrolíticas en los intestinos de los mamíferos y han recibido mucha atención en las últimas décadas debido al interés de larga data en los microbios capaces de degradar la fibra vegetal.
La evidencia molecular basada en la amplificación de genes 16rRNA de varios ambientes sugiere que el filo está mucho más extendido de lo que se pensaba anteriormente. [15] [16] La mayoría de los clones de ambientes de mamíferos se agrupan junto con los aislados conocidos en lo que se ha llamado subfilo 1. [16] Sin embargo, hasta ahora se han encontrado miembros del subfilo 2 solo en el intestino de las termitas. [16] [17] y en algunas cucarachas que se alimentan de hojarasca. [18] El predominio del subfilo 2 en las comunidades bacterianas asociadas a fibras celulolíticas en los intestinos posteriores de Nasutitermes corniger, que se alimenta de madera , sugiere que desempeñan un papel importante en la descomposición de material vegetal en termitas superiores. [19]
Véase también
Referencias
- ^ Oren A, Garrity GM (2021). "Publicación válida de los nombres de cuarenta y dos filos de procariotas". Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308.
- ^ Montgomery L, Flesher B, Stahl D (1988). "Transferencia de Bacteroides succinogenes (Hungate) a Fibrobacter gen. nov. como Fibrobacter succinogenes comb. nov. y descripción de Fibrobacter intestinalis sp. nov". Int. J. Syst. Bacteriol . 38 (4): 430–435. doi : 10.1099/00207713-38-4-430 .
- ^ ab Gupta, RS (2004). "Filogenia y secuencias características de Fibrobacteres, Chlorobi y Bacteroidetes". Critical Reviews in Microbiology . 30 (2): 123–140. doi :10.1080/10408410490435133. PMID 15239383. S2CID 24565648.
- ^ Griffiths, E; Gupta, RS (2001). "El uso de secuencias distintivas en diferentes proteínas para determinar el orden de ramificación relativo de las divisiones bacterianas: evidencia de que Fibrobacter divergió en un momento similar a Chlamydia y la división Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides". Microbiología . 147 (9): 2611–22. doi : 10.1099/00221287-147-9-2611 . PMID 11535801.
- ^ abc Gupta, RS; Lorenzini, E. (2007). "Filogenia y firmas moleculares (proteínas conservadas e indels) que son específicas para las especies Bacteroidetes y Chlorobi". BMC Evolutionary Biology . 7 : 71. doi : 10.1186/1471-2148-7-71 . PMC 1887533 . PMID 17488508.
- ^ "El LTP" . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
- ^ "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
- ^ "Notas de la versión LTP_12_2021" (PDF) . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
- ^ "GTDB release 08-RS214". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
- ^ "bac120_r214.sp_label". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
- ^ "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
- ^ Euzéby JP. "Fibrobacteres". Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) . Consultado el 20 de marzo de 2021 .
- ^ Sayers. "Fibrobacteres". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2021 .
- ^ Qi, M.; Nelson, KE; Daugherty, SC; Nelson, WC; Hance, IR; Morrison, M.; Forsberg, CW (2005). "Nuevas características moleculares de la bacteria intestinal fibrolítica Fibrobacter intestinalis no compartidas con Fibrobacter succinogenes, determinadas mediante hibridación sustractiva supresora". Journal of Bacteriology . 187 (11): 3739–3751. doi :10.1128/jb.187.11.3739-3751.2005. PMC 1112041 . PMID 15901698.
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- ^ abc Hongoh, Y.; Deevong, P.; Hattori, S.; Inoue, T.; Noda, S.; Noparatnaraporn, N.; Kudo, T.; Ohkuma, M. (2006). "Diversidad filogenética, localización y morfologías celulares de miembros del filo candidato TG3 y un subfilo en el filo Fibrobacteres, grupos bacterianos recientemente descubiertos dominantes en los intestinos de las termitas". Applied and Environmental Microbiology . 72 (10): 6780–6788. Bibcode :2006ApEnM..72.6780H. doi :10.1128/aem.00891-06. PMC 1610327 . PMID 17021231.
- ^ Mikaelyan, A.; Dietrich, C.; Köhler, T.; Poulsen, M.; Sillam-Dussès, D.; Brune, A. (2015). "La dieta es el determinante principal de la estructura de la comunidad bacteriana en los intestinos de las termitas superiores". Ecología molecular . 24 (20): 5824–5895. doi :10.1111/mec.13376. PMID 26348261. S2CID 206182668.
- ^ Mikaelyan, A.; Köhler, T.; Lampert, N.; Rohland, J.; Boga, H.; Meuser, K.; Brune, A. (2015). "Clasificación de la microbiota intestinal bacteriana de termitas y cucarachas: una base de datos de referencia filogenética curada (DictDb)". Microbiología sistemática y aplicada . 38 (7): 472–482. doi :10.1016/j.syapm.2015.07.004. PMID 26283320.
- ^ Mikaelyan, A.; Strassert, J.; Tokuda, G.; Brune, A. (2014). "La comunidad bacteriana celulolítica asociada a la fibra en el intestino posterior de termitas superiores que se alimentan de madera (Nasutitermes spp.)". Microbiología ambiental . 16 (9): 2711–2722. doi :10.1111/1462-2920.12425.
- Holt JG, ed. (1994). Manual de bacteriología determinante de Bergey (novena edición). Williams & Wilkins. ISBN 978-0-683-00603-2.
Enlaces externos
- Lista de nombres de procariotas con su posición en la nomenclatura - Género Fibrobacter
- Clasificación Systema Naturae 2000: Filo Fibrobacteres Archivado el 14 de marzo de 2006 en Wayback Machine.
