Motivo de ARN de Pseudomon-1
| ARN de Pseudomon-1 | |
|---|---|
 Estructura secundaria de consenso de los ARN de Pseudomon -1 | |
| Identificadores | |
| Símbolo | Pseudomon-1 |
| RFAM | RF01719 |
| Otros datos | |
| Tipo de ARN | ARN pequeño |
| Dominio(s) | Pseudomonas |
| Estructuras del PDB | PDBe |
El motivo de ARN Pseudomon -1 es un ARN conservado identificado mediante bioinformática . [1] Lo utilizan la mayoría de las especies cuyos genomas han sido secuenciados y que están clasificadas dentro del género Pseudomonas , y también está presente en Azotobacter vinelandii , una especie estrechamente relacionada. Se presume que funciona como un ARN no codificante . Los ARN Pseudomon -1 tienen consistentemente un terminador de transcripción independiente de rho corriente abajo .
La región intergénica que contiene los ARN de Pseudomonas -1 también se detectó más tarde mediante un estudio independiente basado en secuenciación profunda y se denominó SPA0122 [2] Los genes que rodean esta región sugieren una similitud con el ARN Spot 42 , [2] pero el ARN de Pseudomonas funciona para regular la enzima AlgC [3] Con base en esta información, se adoptó el nuevo nombre ErsA para el ARN. [3] Regula negativamente la expresión de la porina principal oprD responsable de la captación de antibióticos carbapenémicos , mediante el apareamiento de bases con oprD 5'UTR (lo que conduce a una mayor resistencia bacteriana al meropenem ). [4] ErsA regula positivamente el ARNm amrZ y contribuye a la formación y motilidad de biopelículas. [5]
Referencias
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR (marzo de 2010). "La genómica comparativa revela 104 ARN estructurados candidatos de bacterias, arqueas y sus metagenomas". Genome Biology . 11 (3): R31. doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571 . PMID 20230605.
- ^ ab Ferrara S, Brugnoli M, De Bonis A, Righetti F, Delvillani F, Dehò G, Horner D, Briani F, Bertoni G (mayo de 2012). "El perfil comparativo de cepas de Pseudomonas aeruginosa revela la expresión diferencial de ARN pequeños nuevos, únicos y conservados". PLOS ONE . 7 (5): e36553. Bibcode :2012PLoSO...736553F. doi : 10.1371/journal.pone.0036553 . PMC 3349714 . PMID 22590564.
- ^ ab Ferrara S, Carloni S, Fulco R, Falcone M, Macchi R, Bertoni G (enero de 2015). "Regulación postranscripcional de la enzima asociada a la virulencia AlgC por el ARN pequeño ErsA dependiente de σ(22) de Pseudomonas aeruginosa". Microbiología ambiental . 17 (1): 199–214. doi :10.1111/1462-2920.12590. PMID 25186153.
- ^ Zhang YF, Han K, Chandler CE, Tjaden B, Ernst RK, Lory S (diciembre de 2017). "Investigación del panorama regulatorio del ARN pequeño de P. aeruginosa: control postranscripcional de los determinantes de patogenicidad y susceptibilidad a los antibióticos". Microbiología molecular . 106 (6): 919–937. doi :10.1111/mmi.13857. PMC 5738928 . PMID 28976035.
- ^ Falcone M, Ferrara S, Rossi E, Johansen HK, Molin S, Bertoni G (2018). "Pseudomonas aeruginosa contribuye al desarrollo y la motilidad de la biopelícula a través de la modulación postranscripcional de AmrZ". Frontiers in Microbiology . 9 : 238. doi : 10.3389/fmicb.2018.00238 . PMC 5819304 . PMID 29497413.
Enlaces externos
- Página de ARN de Pseudomon-1 en Rfam
