Elemento de reconocimiento B

El elemento de reconocimiento B ( BRE ) es una secuencia de ADN que se encuentra en la región promotora de la mayoría de los genes ^{[ aclaración necesaria ] en}eucariotas y arqueas . ^[1]^[2] El BRE es un elemento cis-regulador que se encuentra inmediatamente cerca de la caja TATA y consta de 7 nucleótidos . Hay dos conjuntos de BRE: uno (BREu) que se encuentra inmediatamente aguas arriba de la caja TATA, con el consenso SSRCGCC; el otro (BREd) que se encuentra alrededor de 7 nucleótidos aguas abajo, con el consenso RTDKKKK. ^[a]^[3]^[4]

El BREu fue descubierto en 1998 por Richard Ebright y sus colaboradores. ^[1] El BREd fue nombrado en 2005 por Deng y Roberts; ^[5] un reconocimiento similar se informó anteriormente en 2000 en la estructura cristalina de Tsai y Sigler. ^[6]

Vinculante

El factor de transcripción II B (TFIIB) reconoce a cualquiera de los BRE y se une a ellos. Ambos BRE trabajan en conjunto con la caja TATA (y la proteína de unión a la caja TATA ) y tienen diversos efectos en los niveles de transcripción. ^[4]

TFIIB utiliza repeticiones similares a ciclina para reconocer el ADN. Las hélices alfa C-terminales de TFIIB se intercalan con el surco mayor del ADN en el BREu. Las hélices N-terminales se unen al surco menor en el BREd. TFIIB es una parte del complejo de preiniciación que ayuda a la ARN polimerasa II a unirse al ADN. ^[6]

Además de la estructura humana TFIIB-BRE, se han resuelto estructuras de muchos otros organismos. Entre ellos se encuentran el factor de transcripción B (TFB) del arqueón Pyrococcus woesei que presenta una orientación invertida ^[7] y un TFIIB del parásito Trypanosoma brucei que, a pesar de algunas inserciones específicas, muestra un plegamiento similar. ^[8]

Véase también

Notas

^ En la notación de ácidos nucleicos para el ADN, R (pu R ine) representa A/G ( adenina o guanina , que son ambas purinas ); S ( S strong) representa C/G ( citosina o guanina, que se aparean para formar tres enlaces de hidrógeno); K ( K eto) representa G/T; D (no C) representa A/T/G.

Referencias

^ ab Lagrange T, Kapanidis AN, Tang H, Reinberg D, Ebright RH (1998). "Nuevo elemento promotor central en la transcripción dependiente de la ARN polimerasa II: unión al ADN específica de la secuencia por el factor de transcripción IIB". Genes & Development . 12 (1): 34–44. doi :10.1101/gad.12.1.34. PMC 316406 . PMID 9420329.
^ Littlefield O, Korkhin Y, Sigler PB (1999). "La base estructural para el ensamblaje orientado de un complejo TBP/TFB/promotor". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos . 96 (24): 13668–13673. Bibcode :1999PNAS...9613668L. doi : 10.1073/pnas.96.24.13668 . PMC 24122 . PMID 10570130.
^ Wilson, David B. "Motivos promotores del núcleo de Drosophila". gander.wustl.edu . Consultado el 2 de abril de 2019 .
^ ab Juven-Gershon, T; Kadonaga, JT (15 de marzo de 2010). "Regulación de la expresión génica a través del promotor central y la maquinaria transcripcional basal". Biología del desarrollo . 339 (2): 225–9. doi :10.1016/j.ydbio.2009.08.009. PMC 2830304 . PMID 19682982.
^ Deng, W; Roberts, SG (15 de octubre de 2005). "Un elemento promotor central aguas abajo de la caja TATA que es reconocido por TFIIB". Genes & Development . 19 (20): 2418–23. doi :10.1101/gad.342405. PMC 1257396 . PMID 16230532.
^ ab Tsai, FT; Sigler, PB (4 de enero de 2000). "Base estructural del ensamblaje del complejo de preiniciación en promotores humanos de la pol II". The EMBO Journal . 19 (1): 25–36. doi :10.1093/emboj/19.1.25. PMC 1171774 . PMID 10619841.
^ Kosa, PF; Ghosh, G; DeDecker, BS; Sigler, PB (10 de junio de 1997). "La estructura cristalina 2.1-A de un complejo de preiniciación arqueal: proteína de unión a caja TATA/núcleo del factor de transcripción (II)B/caja TATA". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 94 (12): 6042–7. doi : 10.1073/pnas.94.12.6042 . PMC 20997 . PMID 9177165.
^ Ibrahim, BS; Kanneganti, N; Rieckhof, GE; Das, A; Laurents, DV; Palenchar, JB; Bellofatto, V; Wah, DA (11 de agosto de 2009). "Estructura del dominio C-terminal del factor de transcripción IIB de Trypanosoma brucei". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 106 (32): 13242–7. Bibcode :2009PNAS..10613242I. doi : 10.1073/pnas.0904309106 . PMC 2726365 . PMID 19666603.

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[3] En la notación de ácidos nucleicos para el ADN, R (pu R ine) representa A/G ( adenina o guanina , que son ambas purinas ); S ( S strong) representa C/G ( citosina o guanina, que se aparean para formar tres enlaces de hidrógeno); K ( K eto) representa G/T; D (no C) representa A/T/G.

[Lagrange-1] Lagrange T, Kapanidis AN, Tang H, Reinberg D, Ebright RH (1998). "Nuevo elemento promotor central en la transcripción dependiente de la ARN polimerasa II: unión al ADN específica de la secuencia por el factor de transcripción IIB". Genes & Development . 12 (1): 34–44. doi :10.1101/gad.12.1.34. PMC 316406 . PMID 9420329.

[2] Littlefield O, Korkhin Y, Sigler PB (1999). "La base estructural para el ensamblaje orientado de un complejo TBP/TFB/promotor". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos . 96 (24): 13668–13673. Bibcode :1999PNAS...9613668L. doi : 10.1073/pnas.96.24.13668 . PMC 24122 . PMID 10570130.

[4] Wilson, David B. "Motivos promotores del núcleo de Drosophila". gander.wustl.edu . Consultado el 2 de abril de 2019 .

[pmid19682982-5] Juven-Gershon, T; Kadonaga, JT (15 de marzo de 2010). "Regulación de la expresión génica a través del promotor central y la maquinaria transcripcional basal". Biología del desarrollo . 339 (2): 225–9. doi :10.1016/j.ydbio.2009.08.009. PMC 2830304 . PMID 19682982.

[6] Deng, W; Roberts, SG (15 de octubre de 2005). "Un elemento promotor central aguas abajo de la caja TATA que es reconocido por TFIIB". Genes & Development . 19 (20): 2418–23. doi :10.1101/gad.342405. PMC 1257396 . PMID 16230532.

[pmid10619841-7] Tsai, FT; Sigler, PB (4 de enero de 2000). "Base estructural del ensamblaje del complejo de preiniciación en promotores humanos de la pol II". The EMBO Journal . 19 (1): 25–36. doi :10.1093/emboj/19.1.25. PMC 1171774 . PMID 10619841.

[8] Kosa, PF; Ghosh, G; DeDecker, BS; Sigler, PB (10 de junio de 1997). "La estructura cristalina 2.1-A de un complejo de preiniciación arqueal: proteína de unión a caja TATA/núcleo del factor de transcripción (II)B/caja TATA". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 94 (12): 6042–7. doi : 10.1073/pnas.94.12.6042 . PMC 20997 . PMID 9177165.

[9] Ibrahim, BS; Kanneganti, N; Rieckhof, GE; Das, A; Laurents, DV; Palenchar, JB; Bellofatto, V; Wah, DA (11 de agosto de 2009). "Estructura del dominio C-terminal del factor de transcripción IIB de Trypanosoma brucei". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 106 (32): 13242–7. Bibcode :2009PNAS..10613242I. doi : 10.1073/pnas.0904309106 . PMC 2726365 . PMID 19666603.