EcoCiclo

EcoCiclo
Contenido
Descripción	Base de datos completa sobre la biología de Escherichia coli .
Organismos	Escherichia coli
Contacto
Centro de investigación	SRI Internacional
Laboratorio	SRI Internacional
Autores	Peter Karp y otros
Cita primaria	Keseler y otros (2011)
Acceso
Sitio web	ecocic.org

Base de datos bioinformática para E. coli

En bioinformática , EcoCyc es una base de datos biológica de la bacteria Escherichia coli K-12. El proyecto EcoCyc realiza una curaduría basada en la literatura del genoma de E. coli , y de la regulación transcripcional, los transportadores y las vías metabólicas de E. coli . EcoCyc contiene resúmenes escritos de los genes de E. coli , extraídos de más de 36.000 artículos científicos. EcoCyc también es una descripción del genoma y las redes celulares de E. coli que ayuda a los científicos a realizar análisis computacionales. ^[2]

Los objetos de datos de la base de datos EcoCyc describen cada gen y producto génico de E. coli . Los objetos de la base de datos también describen interacciones moleculares, incluidas las vías metabólicas , los eventos de transporte y la regulación de la expresión génica. EcoCyc proporciona varias herramientas de visualización a escala del genoma para ayudar en el análisis de datos ómicos, como por ejemplo, pintando la expresión génica o los datos metabolómicos en la red reguladora completa de E. coli . ^[^{cita requerida}^]

Se puede acceder a EcoCyc a través del sitio web de EcoCyc, como un conjunto de archivos descargables y junto con el software Pathway Tools que se puede instalar localmente en computadoras Macintosh, PC/Windows y PC/Linux. El software descargable ofrece funciones que van mucho más allá de la versión web de EcoCyc. ^{[ cita requerida ]}

Referencias

^ ab Keseler, Ingrid M; Collado-Vides Julio; Santos Zavaleta Alberto; Peralta-Gil Martín; Gama Castro Socorro; Muñiz Rascado Luis; Bonavides Martínez César; Paley Suzanne; Markus Krummenacker; Altman Tomer; Kaipa Pallavi; Spaulding Aarón; Juan Pacheco; Latendresse Mario; Fulcher Carol; Sarker Malabika; Esquilador Alejandro G; Mackie Amanda; Paulsen Ian; Gunsalus Robert P; Karp Peter D (enero de 2011). "EcoCyc: una base de datos completa de la biología de Escherichia coli". Ácidos nucleicos Res . 39 (Problema de la base de datos). Inglaterra: D583–90. doi : 10.1093/nar/gkq1143. PMC 3013716 . PMID 21097882.
^ Karp PD, Riley M, Paley SM, Pelligrini-Toole A (1996). "EcoCyc: una enciclopedia de genes y metabolismo de Escherichia coli". Nucleic Acids Res . 24 (1): 32–9. doi :10.1093/nar/24.1.32. PMC 145574 . PMID 8594595.

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[pmid21097882-1] Keseler, Ingrid M; Collado-Vides Julio; Santos Zavaleta Alberto; Peralta-Gil Martín; Gama Castro Socorro; Muñiz Rascado Luis; Bonavides Martínez César; Paley Suzanne; Markus Krummenacker; Altman Tomer; Kaipa Pallavi; Spaulding Aarón; Juan Pacheco; Latendresse Mario; Fulcher Carol; Sarker Malabika; Esquilador Alejandro G; Mackie Amanda; Paulsen Ian; Gunsalus Robert P; Karp Peter D (enero de 2011). "EcoCyc: una base de datos completa de la biología de Escherichia coli". Ácidos nucleicos Res . 39 (Problema de la base de datos). Inglaterra: D583–90. doi : 10.1093/nar/gkq1143. PMC 3013716 . PMID 21097882.

[pmid8594595-2] Karp PD, Riley M, Paley SM, Pelligrini-Toole A (1996). "EcoCyc: una enciclopedia de genes y metabolismo de Escherichia coli". Nucleic Acids Res . 24 (1): 32–9. doi :10.1093/nar/24.1.32. PMC 145574 . PMID 8594595.