Linaje (genético)
Un linaje genético incluye todos los descendientes de una secuencia genética dada, típicamente después de una nueva mutación . No es lo mismo que un alelo porque excluye los casos en los que diferentes mutaciones dan lugar al mismo alelo e incluye descendientes que difieren del ancestro por una o más mutaciones . La secuencia genética puede ser de diferentes tamaños, por ejemplo, un solo gen o un haplotipo que contiene múltiples genes adyacentes a lo largo de un cromosoma . Dada la recombinación , cada gen puede tener un linaje genético separado, incluso cuando la población comparte un solo linaje organismal . En microbios asexuales o células somáticas , los linajes celulares coinciden exactamente con los linajes genéticos y se pueden rastrear . [1]
Ordenación de linaje incompleta
La clasificación de linaje incompleta se da cuando el árbol filogenético de un gen no coincide con el de la especie . Por ejemplo, si bien la mayoría de los linajes genéticos humanos se fusionan primero con los linajes de chimpancés y luego con los de gorilas, también se dan otras configuraciones. [2]
Selección de linaje
La selección de linaje ocurre cuando la frecuencia de los miembros de un linaje cambia en relación con otro linaje. Es útil para estudiar alelos con efectos complejos que se manifiestan a lo largo de varias generaciones, por ejemplo, alelos que afectan la recombinación , la capacidad de evolución o el altruismo . [3] [4] La selección de linaje también es útil para determinar los efectos de las mutaciones en entornos altamente estructurados, como los tumores. [5]
Los resultados estocásticos a largo plazo de la competencia entre linajes se pueden cuantificar dentro de modelos matemáticos como la relación entre la probabilidad de fijación y la probabilidad de contrafijación. [6] La aptitud inclusiva es igual a la aptitud organismal promedio de los individuos a lo largo de la distribución de probabilidad de los linajes posibles. [7]
Grabación de secuencia de árboles
El registro de secuencias de árboles describe métodos eficientes para registrar linajes supervivientes mientras se realizan simulaciones informáticas de genética de poblaciones . [8] Las simulaciones informáticas resultantes de "tiempo hacia adelante" ofrecen una alternativa a la teoría coalescente de "tiempo hacia atrás" . El registro de secuencias de árboles se ha incorporado al software de simulación de poblaciones SLiM . [9]
Referencias
- ^ Levy, Sasha F.; Blundell, Jamie R.; Venkataram, Sandeep; Petrov, Dmitri A.; Fisher, Daniel S.; Sherlock, Gavin (marzo de 2015). "Dinámica evolutiva cuantitativa mediante el seguimiento de linaje de alta resolución". Nature . 519 (7542): 181–186. Bibcode :2015Natur.519..181L. doi :10.1038/nature14279. PMC 4426284 . PMID 25731169.
- ^ Rivas-González, Iker; Rousselle, Marjolaine; Li, Fang; Zhou, Long; Dutheil, Julien Y.; Munch, Kasper; Shao, Yong; Wu, Dongdong; Schierup, Mikkel H.; Zhang, Guojie (2 de junio de 2023). "La clasificación generalizada de linaje incompleto ilumina la especiación y la selección en primates". Science . 380 (6648). doi :10.1126/science.abn4409. PMID 37262154.
- ^ Graves, Christopher J.; Weinreich, Daniel M. (2 de noviembre de 2017). "La variabilidad en los efectos de la aptitud puede impedir la selección de los más aptos". Revisión anual de ecología, evolución y sistemática . 48 (1): 399–417. doi :10.1146/annurev-ecolsys-110316-022722. PMC 6768565 . PMID 31572069.
- ^ De Vienne, Damien M.; Giraud, Tatiana; Gouyon, Pierre-Henri (2013). "Selección de linaje y mantenimiento del sexo". PLOS ONE . 8 (6e66906): e66906. Bibcode :2013PLoSO...866906D. doi : 10.1371/journal.pone.0066906 . PMC 3688966 . PMID 23825582.
- ^ Nunney, Leonard (7 de marzo de 1999). "Selección de linaje y evolución de la carcinogénesis en múltiples etapas". Actas de la Royal Society of London B: Biological Sciences . 266 (1418): 493–498. doi :10.1098/rspb.1999.0664. ISSN 0962-8452. PMC 1689794 . PMID 10189713.
- ^ King, Oliver D.; Masel, Joanna (diciembre de 2007). "La evolución de las adaptaciones de cobertura de apuestas a escenarios poco frecuentes". Biología de poblaciones teórica . 72 (4): 560–575. doi :10.1016/j.tpb.2007.08.006. PMC 2118055 . PMID 17915273.
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- ^ Kelleher, Jerome; Thornton, Kevin R.; Ashander, Jaime; Ralph, Peter L. (1 de noviembre de 2018). "Registro de pedigrí eficiente para simulación rápida de genética de poblaciones". PLOS Computational Biology . 14 (11): e1006581. Bibcode :2018PLSCB..14E6581K. doi : 10.1371/journal.pcbi.1006581 . PMC 6233923 . PMID 30383757.
- ^ Haller, Benjamin C.; Galloway, Jared; Kelleher, Jerome; Messer, Philipp W.; Ralph, Peter L. (marzo de 2019). "El registro de secuencias de árboles en SLiM abre nuevos horizontes para la simulación en tiempo futuro de genomas completos". Recursos de ecología molecular . 19 (2): 552–566. doi :10.1111/1755-0998.12968. PMC 6393187 .
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