David J. Lipman
Biólogo estadounidense
David Lipman
David Lipman en junio de 2013
Nacido
David J. Lipman
Alma máterUniversidad Brown
Universidad de Buffalo Universidad Estatal de Nueva York
Conocido porInfluencia en el desarrollo de BLAST (biotecnología) [3]
PremiosMiembro del premio ISCB Senior Scientist Award
de la Academia Nacional de Ciencias de EE. UU.
Miembro del ISCB [1]
Carrera científica
CamposBioinformática
Biología computacional
Métodos de comparación de secuencias
Genómica comparativa
Evolución molecular
InstitucionesCentro Nacional de Información Biotecnológica
Universidad Brown
Universidad de Buffalo, Universidad Estatal de Nueva York
Estudiantes notablesStephen Altschul [2]
Mark Boguski [ cita requerida ]
Sitio webwww.ncbi.nlm.nih.gov/research/staff/lipman

David J. Lipman es un biólogo estadounidense que desde 1989 [3] hasta 2017 fue director del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) en los Institutos Nacionales de Salud . [4] [5] NCBI es el hogar de GenBank , [6] el nodo estadounidense del Consorcio Internacional de Bases de Datos de Secuencias , y PubMed , uno de los sitios más utilizados en el mundo para la búsqueda y recuperación de información biomédica. Lipman es uno de los autores originales del programa de alineación de secuencias BLAST y una figura respetada en bioinformática . [7] [8] [9] En 2017, dejó NCBI y se convirtió en Director Científico de Impossible Foods . [10]

Educación

Lipman recibió su título universitario de la Universidad de Brown y su doctorado en medicina en 1980 de la Universidad de Buffalo, la Universidad Estatal de Nueva York [11].

Carrera

Lipman fue el director fundador del Centro Nacional de Información Biotecnológica , parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU. Bajo su liderazgo, el NCBI creció de menos de una docena de personas a más de 500 empleados científicos, y ahora alberga cientos de bases de datos científicas y médicas, incluidas GenBank , PubMed , PubMed Central , dbGaP, dbSNP, Sequence Read Archive (SRA), RefSeq, PubChem y muchas más. El programa de investigación interna del NCBI incluía grupos dirigidos por Stephen Altschul (otro coautor de BLAST), David Landsman, Eugene Koonin [12] (un prolífico autor sobre genómica comparativa ) y L. Aravind.

Lipman es muy conocido por su trabajo seminal en una serie de algoritmos de similitud de secuencias, comenzando con el algoritmo Wilbur-Lipman [13] en 1983, la búsqueda FASTA [14] [15] en 1985, BLAST [16] en 1990 y Gapped BLAST y PSI-BLAST [17] en 1997. BLAST eventualmente se convirtió en el programa de alineamiento de secuencias más utilizado y más citado (más de 160.000 citas a partir de 2021) en el campo, y el servidor NCBI BLAST hoy en día es uno de sus recursos más utilizados.

Lipman también trabajó durante muchos años con Dennis A. Benson y otros en el NCBI en el mantenimiento y mejora de GenBank , una de las bases de datos más grandes del mundo de secuencias de genomas y proteínas. GenBank junto con el Archivo Europeo de Nucleótidos y el Banco de Datos de ADN de Japón forman la Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos (INSDC), una base de datos totalmente abierta y sin restricciones de secuencias de genomas que ha sido el repositorio mundial de dichos datos desde 1990. [18] [19] [20]

Fue uno de los creadores del Proyecto de secuenciación del genoma de la gripe , un proyecto para secuenciar y poner a disposición los genomas de miles de aislados del virus de la gripe. [ cita requerida ]

Fue uno de los firmantes originales de la Declaración de Bethesda sobre Publicaciones de Acceso Abierto . [ cita requerida ]

También es el editor en jefe de una revista científica en línea de acceso abierto y revisada por pares llamada Biology Direct . [21]

En mayo de 2017, Lipman dejó su puesto en el NCBI para unirse a la empresa de carne de origen vegetal Impossible Foods como director científico. [22]

Premios y honores

Lipman recibió el Premio de la Asociación de Instalaciones de Recursos Biomoleculares por sus destacadas contribuciones a las tecnologías biomoleculares en 1996.

En 2000, fue elegido miembro de la Academia Nacional de Medicina . [23]

En 2004, recibió el premio ISCB Senior Scientist Award y fue elegido miembro del ISCB en 2009 por la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [1] [24]

En 2005, el Dr. Lipman fue elegido miembro de la Academia Nacional de Ciencias de Estados Unidos . [ cita requerida ]

En 2013, recibió el premio de la Casa Blanca de Campeón del Cambio de la "Ciencia Abierta". [25] [26]

En 2023 fue galardonado con el Premio de la Fundación Warren Alpert . [27]

Referencias

Scholia tiene un perfil de autor para David J. Lipman .
  1. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 20 de marzo de 2017.
  2. ^ "Sentido a partir de secuencias: Stephen F. Altschul sobre cómo mejorar BLAST". 2000. Archivado desde el original el 7 de octubre de 2007.
  3. ^ ab "Instituto de investigación publica datos genéticos en Internet". The New York Times . 26 de junio de 1997.
  4. ^ "David J. Lipman, MD, Director, Centro Nacional de Información Biotecnológica". Archivado desde el original el 26 de septiembre de 2013.
  5. ^ "Acceso abierto ahora | Conversación con David Lipman". Biomedcentral.com . Archivado desde el original el 29 de junio de 2011. Consultado el 2 de julio de 2011 .
  6. ^ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Wheeler, DL (2007). "GenBank". Nucleic Acids Research . 36 (número de la base de datos): D25–D30. doi :10.1093/nar/gkm929. PMC 2238942 . PMID  18073190. 
  7. ^ "david lipman – Google Scholar". Scholar.google.com . Consultado el 26 de marzo de 2017 .
  8. ^ Publicaciones de David J. Lipman indexadas por Microsoft Academic [ enlace roto ‍ ]
  9. ^ David J. Lipman en el servidor de bibliografía DBLP
  10. ^ "La Biblioteca Nacional de Medicina anuncia la salida del director de la NCBI, el Dr. David Lipman". www.nlm.nih.gov . Consultado el 5 de mayo de 2017 .
  11. ^ "Biografía del Dr. David J. Lipman". nih.gov . Archivado desde el original el 2017-02-11 . Consultado el 2017-02-09 .
  12. ^ Tatusov, RL; Koonin, EV; Lipman, DJ (1997). "Una perspectiva genómica sobre las familias de proteínas". Science . 278 (5338): 631–637. Bibcode :1997Sci...278..631T. doi :10.1126/science.278.5338.631. PMID  9381173.
  13. ^ Wilbur, WJ; Lipman, DJ (1983). "Búsquedas rápidas de similitud en bancos de datos de ácidos nucleicos y proteínas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 80 (3): 726–730. Bibcode :1983PNAS...80..726W. doi : 10.1073/pnas.80.3.726 . PMC 393452 . PMID  6572363. 
  14. ^ Lipman, D.; Pearson, W. (1985). "Búsquedas de similitud de proteínas rápidas y sensibles". Science . 227 (4693): 1435–1441. Bibcode :1985Sci...227.1435L. doi :10.1126/science.2983426. PMID  2983426.
  15. ^ Pearson, WR; Lipman, DJ (1988). "Herramientas mejoradas para la comparación de secuencias biológicas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 85 (8): 2444–2448. Bibcode :1988PNAS...85.2444P. doi : 10.1073/pnas.85.8.2444 . PMC 280013 . PMID  3162770. 
  16. ^ Altschul, Stephen ; Gish, Warren ; Miller, Webb ; Myers, Eugene ; Lipman, David (1990). "Herramienta básica de búsqueda de alineamiento local". Journal of Molecular Biology . 215 (3): 403–410. doi :10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID  2231712. S2CID  14441902.
  17. ^ Altschul, S .; Madden, TL; Schäffer, AA; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W .; Lipman, DJ (1997). "Gapped BLAST y PSI-BLAST: una nueva generación de programas de búsqueda en bases de datos de proteínas". Nucleic Acids Research . 25 (17): 3389–3402. doi :10.1093/nar/25.17.3389. PMC 146917 . PMID  9254694. 
  18. ^ Benson, DA; Cavanaugh, M.; Clark, K.; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Sayers, EW (2012). "GenBank". Nucleic Acids Research . 41 (número de la base de datos): D36–D42. doi :10.1093/nar/gks1195. PMC 3531190 . PMID  23193287. 
  19. ^ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I.; Clark, K.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Sayers, EW (2011). "GenBank". Nucleic Acids Research . 40 (número de la base de datos): D48–D53. doi :10.1093/nar/gkr1202. PMC 3245039 . PMID  22144687. 
  20. ^ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Sayers, EW (2010). "GenBank". Nucleic Acids Research . 39 (número de la base de datos): D32–D37. doi :10.1093/nar/gkq1079. PMC 3013681 . PMID  21071399. 
  21. ^ "Biology Direct | Comité editorial". Archivado desde el original el 30 de septiembre de 2011. Consultado el 28 de octubre de 2011 .
  22. ^ "La Biblioteca Nacional de Medicina anuncia la salida del director de la NCBI, el Dr. David Lipman". www.nlm.nih.gov . Consultado el 4 de mayo de 2017 .
  23. ^ "El Instituto de Medicina elige nuevos miembros".
  24. ^ "ISCB nombra al Dr. David Lipman, ganador del premio a la excelencia científica de 2004. Boletín informativo de ISCB 7-3". Iscb.org . Consultado el 2 de julio de 2011 .
  25. ^ "Ciencia abierta | la Casa Blanca". whitehouse.gov . Archivado desde el original el 21 de enero de 2017 . Consultado el 2 de abril de 2016 – vía Archivos Nacionales .
  26. ^ "El Dr. David Lipman recibe el premio de la Casa Blanca "Ciencia Abierta" Campeones del Cambio en nombre del NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 2 de abril de 2016 .
  27. ^ Premio Fundación Warren Alpert 2023
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