Charla de Wikipedia: WikiProject Biología molecular

La tríada catalítica ha sido nominada para una reevaluación de buen artículo. Si está interesado en la discusión, participe agregando sus comentarios a la página de reevaluación . Si no se abordan las inquietudes durante el período de revisión, es posible que se elimine el estado de buen artículo del artículo. Z1720 ( discusión ) 17:04, 6 de noviembre de 2024 (UTC) [ responder ]

 Estás invitado a unirte a la discusión en Wikipedia:Redirecciones para discusión/Registro/11 de noviembre de 2024 § Ro (antígeno) . Shhhnotsoloud ( discusión ) 10:00, 11 de noviembre de 2024 (UTC) [ responder ]

La dihidroxifenilalanina amoniaco-liasa dice que no existe y la entrada de KEGG concuerda. ¿Cuál es el protocolo normal para este tipo de artículos? JoJo Eumerus mobile ( discusión principal ) 19:09, 16 de noviembre de 2024 (UTC) [ responder ]

No es una decisión difícil. Borra el artículo completo. Genome42 ( discusión ) 15:43 17 nov 2024 (UTC) [ responder ]

Y listo. Jo-Jo Eumerus ( discusión ) 16:24 17 nov 2024 (UTC) [ responder ]

He estado leyendo algunos informes bastante notables sobre los inhibidores de TNIK en ensayos clínicos en etapa avanzada, y pensé que podría pedirles a algunos de los autores de artículos con un mayor conocimiento técnico del campo que amplíen este tema. Al observar el historial del artículo, me sorprendió descubrir que este artículo fue creado por un bot, y casi todas las ediciones del artículo han sido ampliaciones o mantenimiento por parte de otro bot, o por un editor gnom que pasa por allí. Sería bueno ver algún trabajo real realizado por manos humanas reales, antes de que lleguemos al punto en que la IA se haga cargo de escribir todo de todos modos. BD2412 T 18:48, 11 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Lamento informar que lo que has descubierto es la norma más que la excepción. Es exactamente como lo sugeriste, no hay suficientes manos aquí para cubrir los enormes temas de la biología molecular. Hay muchos genes/proteínas que han atraído 10 veces más cobertura que TNIK y, sin embargo, solo tenemos un pequeño artículo pésimo (por ejemplo, B7-H3 , TROP-2 , CLDN18 , Nectin-4 , todos los cuales son los objetivos de docenas de medicamentos en ensayos clínicos y algunos aprobados por la FDA). Disculpas por usar la oportunidad para quejarme, pero supongo que sugeriría (A) mantener a raya a tus biólogos moleculares; deberíamos hacer un esfuerzo concertado para reclutar personas que se presenten en AfC, proyectos estudiantiles, etc., y (B) podrías intentar publicar en WT:MED , tal vez alguien interesado en la fibrosis pulmonar estaría dispuesto a intentarlo. Lo agregaré a mi lista, pero ahora estoy en una etapa de cáncer, por lo que es posible que no lo haga por un tiempo. Ajpolino ( discusión ) 21:16 11 dic 2024 (UTC) [ responder ]

Está bien, aunque entiendo que esto también se está estudiando en el ámbito del cáncer (aunque tal vez se esté estudiando todo). BD2412 T 23:10, 11 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Me gustaría ofrecer otra perspectiva. No creo que deba haber un artículo en Wikipedia sobre TNIK ni sobre cientos de otros genes. Wikipedia no es el lugar para tantos detalles; además, hay tareas mucho más importantes que deben llevarse a cabo para limpiar el desorden de artículos de biología en Wikipedia. Concentrémonos en corregir los artículos sobre los aspectos fundamentales para que estén actualizados y sean fáciles de entender.

Si el artículo de TNIK realmente está generado por IA, entonces recomiendo que lo borren. Las versiones actuales de IA son incapaces de generar información científicamente correcta. Están muy influenciadas por la información errónea y la desinformación en Internet. De hecho, nosotros (los biólogos moleculares) somos en parte responsables de parte de esa información errónea, ya que no hemos corregido los artículos existentes en Wikipedia. Genome42 ( discusión ) 16:14 12 dic 2024 (UTC) [ responder ]

@ Genome42 : El artículo fue generado por un bot (en 2008) en lugar de ser generado por una "IA". Básicamente, solíamos tener muchos bots que extraían información de bases de datos de dominio público y creaban artículos a partir de la información contenida en esas bases de datos. Wikipedia tiene cientos de miles de artículos que se crearon de esta manera, la mayoría sobre atletas, pueblos remotos, especies desconocidas y cosas por el estilo. Sin embargo, para que conste, tiendo a pensar que deberíamos tener artículos sobre genes, ya que estos son fundamentales para nuestra existencia. BD2412 T 16:29, 12 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

¿Está defendiendo artículos generados por robots sobre genes humanos que se crearon a partir de información pública que data de 2008? ¿Por qué?

Dices que deberíamos tener artículos sobre los genes porque son fundamentales para nuestra existencia. Supongo que solo te refieres a los genes humanos, ¿no? Hay cerca de un millón de genes diferentes en la biosfera. ¿De verdad crees que necesitamos un artículo de Wikipedia para cada uno de ellos?

En cuanto a los genes humanos, hay unos 19.500 genes que codifican proteínas. ¿Qué sentido tiene tener artículos obsoletos y posiblemente incorrectos sobre cada uno de ellos, si casi nadie los va a leer?

No sabemos cuántos genes no codificantes hay, pero lo que sí sabemos es que hay muchos más genes no codificantes especulativos (especialmente para los lncRNA) que genes genuinos. El número de estos genes especulativos supera los 100.000. ¿Qué pasa con ellos? Genome42 ( discusión ) 22:54 12 dic 2024 (UTC) [ responder ]

No veo ninguna razón por la que no podamos tener un artículo sobre cada uno de los 19.500 genes que codifican proteínas. Dudo de la afirmación de que las bases de datos de 2008 están automáticamente "obsoletas, posiblemente incorrectas"; me interesaría saber si tiene ejemplos de errores derivados de ellas o si simplemente está suponiendo que existen. Por supuesto, puede proponer que TNIK sea eliminado si cree que debería eliminarse. BD2412 T 23:31, 12 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Creo que deberíamos tener artículos sobre genes que estén bien cubiertos en fuentes confiables (hay varias revisiones recientes centradas en TNIK); solo necesitamos la mano de obra para mantener esos artículos actualizados (no estoy seguro de cómo llegar allí). No creo que debamos tener artículos sobre genes que no estén bien cubiertos en fuentes confiables (por ejemplo, GLB1L3 ); estos pueden redirigir a un artículo sobre la familia de genes si es necesario. Hay una gran área gris entre esos dos grupos sobre la que no tengo una opinión firme. Ajpolino ( discusión ) 19:48, 12 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Soy bioquímico/biólogo molecular y llevo 56 años trabajando en este campo. Nunca había oído hablar de TNIK. No me interesa.

¿Quién va a tomar la decisión de que un gen determinado está "bien cubierto"? Estoy de acuerdo en que hay algunos genes en algunas especies que merecen un artículo propio en Wikipedia, pero no nos dejemos llevar por eso. Es bastante fácil decidir qué genes es absolutamente necesario cubrir. Deberíamos ignorar todos los demás a menos que haya alguien que quiera dedicar el tiempo y el esfuerzo necesarios para escribir un artículo decente.

Permítanme darles un ejemplo del lío en el que estamos metidos. La piruvato deshidrogenasa es una enzima metabólica muy importante, pero el artículo ni siquiera se acerca a informar a los lectores sobre su importancia e ignora por completo la historia evolutiva de esta enzima crucial. No se mencionan las enzimas importantes que comparten un ancestro común. Sospecho que el artículo fue creado por un BOT: solo hay dos referencias de los últimos 17 años.

La versión humana de esta enzima está codificada por ocho genes: PDHA1, PDHB, DLAT, PDHX, PDP1, PDPK1, PDK2 y PDK4 . Los dos últimos son los únicos que tienen su propio artículo; para los demás hay que buscar el nombre de la enzima que codifican. Ninguno de los genes (humanos o de otro tipo) se menciona en el artículo sobre la piruvato deshidrogenasa.

¿Qué sentido tiene tener artículos separados para cada una de las subunidades/genes?

Hay mucho trabajo por hacer antes de que empecemos a dedicar tiempo y esfuerzo a TNIK. Permítanme recordarles a todos que el año pasado se creó un artículo independiente sobre el ADN basura y que se trata de un tema muy importante. Genome42 ( discusión ) 23:51 12 dic 2024 (UTC) [ responder ]

Vine aquí porque vi una cobertura sobre TNIK y, específicamente, sobre el potencial de los inhibidores de TNIK para tratar enfermedades humanas. Independientemente de los otros genes que puedan existir en el genoma, sin duda vale la pena cubrir el potencial de inhibición de un gen específico para tratar una enfermedad específica. El mismo razonamiento se aplicaría a algo como USP1 (que actualmente no contiene información sobre esfuerzos de investigación) o CD47 (que está razonablemente bien cubierto en este sentido). BD2412 T 00:09, 13 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Usted dice: "Cualesquiera que sean los otros genes que puedan existir en el genoma, ciertamente vale la pena cubrir el potencial de inhibición de un gen específico para tratar una enfermedad específica".

¿Por qué? No es necesario que una enciclopedia en línea cubra todo lo que existe. Seguramente debe haber ciertos límites a lo que se puede encontrar en Wikipedia, especialmente porque sólo hay un puñado de editores capaces de verificar la precisión de los artículos de biología molecular.

Wikipedia ya está llena de artículos imprecisos y engañosos sobre biología molecular. Concentrémonos en corregirlos en lugar de buscar excusas para agregar más.

Si crees que es muy, muy importante añadir algo sobre TNIK, ¿por qué no lo pones en el artículo sobre transducción de señales o en el de la quinasa o en el de la vía de señalización de WNT ? Todos esos artículos necesitan una atención especial. Genome42 ( discusión ) 21:47 13 dic 2024 (UTC) [ responder ]

Debo aclarar que si fuentes confiables cubren el potencial de inhibición de un gen específico para tratar una enfermedad específica, eso es lo que (según los estándares de Wikipedia) hace que valga la pena cubrirlo. No soy biólogo molecular, ni patólogo ni epidemiólogo, aunque mi trabajo me pone en contacto con estos campos de vez en cuando. Cuando me encuentro con una fuente que dice que hay un desarrollo con respecto al estudio de la inhibición de un gen específico, realmente no se me va a ocurrir (ni creo que al editor promedio) agregar esto a la vía de señalización de la transducción de señales o de las quinasas o de WNT , en lugar del artículo sobre el gen que se está estudiando directamente. BD2412 T 22:02, 13 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

BD2421 dice: "No soy biólogo molecular, ni patólogo ni epidemiólogo..."

y, "... realmente no se me va a ocurrir (ni creo que al editor promedio) agregar esto a la transducción de señales o a la vía de señalización de la quinasa o de Wnt, en lugar del artículo sobre el gen que se está estudiando directamente".

Eso resume bastante bien uno de los puntos principales que he estado planteando. Me doy cuenta de que la cultura de Wikipedia es escéptica con los expertos y quiere alentar a los aficionados a agregar contenido basado en los últimos artículos científicos populares, pero creo que es hora de luchar contra esta cultura.

Debemos reconocer que esta cultura ha creado un caos horrible de artículos en los campos de la biología molecular, la genética, la evolución, la bioquímica y la genómica. Esto significa que Wikipedia está llena de información errónea e información engañosa. Esto puede haber sido (apenas) tolerable en el pasado, pero ya no. Ahora que la IA depende de Wikipedia para obtener información precisa, debemos intensificar los esfuerzos para solucionar el problema. Genome42 ( discusión ) 16:21 14 dic 2024 (UTC) [ responder ]

Me viene a la mente este cómic de xkcd. Wikipedia está escrita para el lector medio, no para el biólogo molecular medio. BD2412 T 02:47, 15 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Exactamente. Por eso no necesitamos artículos sobre cada detalle (por ejemplo, cada gen) que pueda ser de interés para los biólogos moleculares y por eso necesitamos concentrarnos en explicar los fundamentos al lector promedio.

Pero aquí está el problema. Es necesario ser un experto en biología molecular para poder explicar los fundamentos correctamente. Genome42 ( discusión ) 15:32 15 dic 2024 (UTC) [ responder ]

Por eso nos basamos en fuentes escritas por expertos. BD2412 T 16:32, 15 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Pero los editores de Wikipedia NO confían en fuentes escritas por expertos. La política de Wikipedia es poner más énfasis en fuentes secundarias escritas para el público en general. Genome42 ( discusión ) 21:08 16 dic 2024 (UTC) [ responder ]

¿Estás sugiriendo que los expertos no escriban fuentes secundarias? BD2412 T 21:20, 16 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

La mayoría de las fuentes secundarias no están escritas por expertos, sino que suelen ser extraídas de comunicados de prensa escritos por publicistas. Algunos escritores científicos tienen un gran conocimiento de sus temas, pero la mayoría no. Uno de los principales problemas de Wikipedia es la identificación adecuada de "fuentes fiables". Genome42 ( discusión ) 17:14 17 dic 2024 (UTC) [ responder ]

Las fuentes secundarias incluyen artículos de revistas académicas que evalúan el trabajo de otros académicos y libros de texto para la enseñanza en el campo. Todos estos son escritos generalmente por expertos. En la medida en que un autor no esté escribiendo sobre su propia investigación o experimentos personales, la fuente es una fuente secundaria. BD2412 T 18:52, 17 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Tienes razón. Las fuentes de la literatura científica (por ejemplo, las reseñas) o los libros de texto de prestigio deberían ser fuentes fiables y aceptables. Los artículos del New York Times y las revistas científicas populares no deberían serlo. Sin embargo, todavía hace falta un experto para determinar qué reseñas y qué libros de texto representan el consenso científico.

Tuve que pelearme con otros editores cuando usé una definición de libro de texto (de alelo y ADN basura) que entraba en conflicto con la definición del diccionario de Oxford. Eso es un problema. Genome42 ( discusión ) 15:40 18 dic 2024 (UTC) [ responder ]

Hay una discusión sobre el traslado solicitado en Talk:Orígenes zoonóticos de la COVID-19#Traslado solicitado el 14 de diciembre de 2024 que puede ser de interés para los miembros de este WikiProject. Tar nis hed Path ^talk 14:24, 15 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Se ha nominado a Protein para una reevaluación de buen artículo. Si está interesado en la discusión, participe agregando sus comentarios a la página de reevaluación . Si no se abordan las inquietudes durante el período de revisión, se puede eliminar el estado de buen artículo del artículo. Z1720 ( discusión ) 17:49, 18 de diciembre de 2024 (UTC) [ responder ]