Bases de datos de microarrays
Una base de datos de microarrays es un repositorio que contiene datos de expresión génica de microarrays . Los usos principales de una base de datos de microarrays son almacenar los datos de medición, administrar un índice de búsqueda y poner los datos a disposición de otras aplicaciones para su análisis e interpretación (ya sea directamente o mediante descargas de los usuarios).
Las bases de datos de microarrays pueden dividirse en dos clases distintas:
- Un repositorio público revisado por pares que cumple con los estándares académicos o de la industria y está diseñado para ser utilizado por muchas aplicaciones y grupos de análisis. Un buen ejemplo de esto es Gene Expression Omnibus (GEO) de NCBI o ArrayExpress de EBI .
- Repositorio especializado asociado principalmente con la marca de una entidad en particular (laboratorio, empresa, universidad, consorcio, grupo), un conjunto de aplicaciones, un tema o un método de análisis, ya sea comercial, sin fines de lucro o académico. Estas bases de datos pueden tener una o más de las siguientes características:
- Es posible que se necesite una suscripción o licencia para obtener acceso completo.
- El contenido puede provenir principalmente de un grupo específico (por ejemplo, SMD o UPSC-BASE), el Proyecto Genoma Inmunológico.
- Puede haber restricciones sobre quién puede utilizar los datos o para qué propósito se pueden utilizar los datos.
- Es posible que se requiera un permiso especial para enviar nuevos datos, o puede que no exista ningún proceso obvio en absoluto.
- Sólo ciertas aplicaciones pueden estar equipadas para utilizar los datos, a menudo también asociados con la misma entidad (por ejemplo, caArray en NCI está especializado para caBIG ),
- Es posible que se requiera un procesamiento o reformateo adicional de los datos para aplicaciones o análisis estándar.
- Afirman que abordan la "necesidad urgente" de tener un repositorio centralizado y estandarizado para datos de microarrays (véase YMD, última actualización en 2003, por ejemplo).
- Se afirma que se trata de una mejora incremental con respecto a uno de los repositorios públicos,
- Una aplicación de metanálisis que incorpora estudios de una o más bases de datos públicas (por ejemplo, Gemma utiliza principalmente estudios GEO ; NextBio utiliza varias fuentes)
Algunas de las bases de datos de microarrays públicas y curadas más conocidas son:
| Base de datos | Alcance | Conjuntos de experimentos de microarrays | Perfiles de muestra | A partir de la fecha |
|---|---|---|---|---|
| Pista de matriz | ArrayTrack aloja datos públicos y privados, incluidos datos de referencia de MAQC, con herramientas de análisis integradas | 1622 | 50.093 | Febrero de 2012 |
| mAb del NCI | Aloja datos del NCI con herramientas de análisis y estadísticas integradas | ? | 105.000 | Marzo de 2012 |
| Base de datos ImmGen | Acceso abierto a todas las células del sistema inmunológico; datos de expresión, expresión diferencial, grupos corregulados, regulación | 267 | 1059 | Enero de 2012 |
| Investigador genético | Motor de búsqueda de expresión genética basado en conjuntos de datos de microarrays y RNA-seq, públicos y privados, seleccionados manualmente y bien anotados | 3228 | 232.855 | Octubre de 2016 |
| Ómnibus de expresión genética - NCBI | cualquier estudio de abundancia molecular curado y compatible con MIAME | 25859 | 641770 | 28 de octubre de 2011 |
| ArrayExpress en EBI | Cualquier dato transcriptómico curado que cumpla con las normas MIAME o MINSEQE | 24838 | 708914 | 28 de octubre de 2011 |
| Base de datos de microarrays de Stanford | Base de datos privada y publicada de microarrays y abundancia de moléculas (ahora desaparecida) | 82542 | ? | 23 de octubre de 2011 |
| Atlas del genoma del cáncer (TCGA) | Recopilación de datos de expresión para diferentes tipos de cáncer | 21229 | ? | 30 de agosto de 2013 |
| Sistema GeneNetwork | Matrices estándar de acceso abierto, matrices de exones y datos de secuenciación de ARN para análisis genético (estudios eQTL) con paquete de análisis | ~100 | ~10000 | Julio de 2010 |
| Base de datos de microarrays modENCODE de UNC | Matriz de 2,1 millones de clientes de Nimblegen | ~6 | 180 | 17 de julio de 2009 |
| Base UPSC | Datos generados mediante análisis de microarrays en el Centro de Ciencias Vegetales de Umeå (UPSC). | ~100 | ? | 15 de noviembre de 2007 |
| Base de datos de RAD de la Universidad de Pensilvania | Estudios públicos y privados compatibles con MIAME , asociados con ArrayExpress | ~100 | ~2500 | 1 de septiembre de 2007 |
| Base de datos de microarrays de la UNC | Proporciona el servicio de almacenamiento, recuperación, análisis y visualización de datos de microarrays. | ~31 | 2093 | 1 de abril de 2007 |
| Base de datos MUSC | La base de datos es un repositorio de datos de microarrays de ADN generados por investigadores de MUSC, así como por investigadores de la comunidad de investigación global. | ~45 | 555 | 1 de abril de 2007 |
| caArray en el NCI | Datos sobre el cáncer, preparados para su análisis en caBIG | 41 | 1741 | 15 de noviembre de 2006 |
Véase también
- Base de datos biológica
- Lista de bases de datos biológicas
- Microarray de ADN
- Técnicas de análisis de microarrays
Enlaces externos
- ArrayExpress: recorrido rápido por EBI Train OnLine
- Exploración de datos genómicos funcionales con el Archivo ArrayExpress en EBI Train OnLine
- Investigación de patrones de expresión genética con el Atlas de expresión genética en EBI Train OnLine
- ArrayExpress: cómo enviar datos mediante MAGE-TAB en EBI Train OnLine
- ArrayExplorer: una herramienta gratuita para comparar microarrays uno al lado del otro.
