Base de datos del metaboloma humano
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| Contenido | |
|---|---|
| Descripción | Base de datos de metabolómica |
| Tipos de datos capturados | Estructuras de metabolitos humanos, descripciones de metabolitos, reacciones de metabolitos, enzimas y transportadores de metabolitos, secuencias de enzimas y transportadores humanos, vías metabólicas humanas, concentraciones normales y anormales de metabolitos en humanos, enfermedades asociadas, propiedades químicas, nomenclatura, sinónimos, taxonomía química, espectros de RMN de metabolitos, espectros de GC-MS de metabolitos, espectros de LC-MS de metabolitos |
| Contacto | |
| Centro de investigación | Universidad de Alberta y el Centro de Innovación en Metabolómica |
| Laboratorio | David S. Wishart |
| Cita primaria | HMDB: la base de datos del metaboloma humano. [1] |
| Acceso | |
| Sitio web | http://www.hmdb.ca |
| Descargar URL | http://www.hmdb.ca/descargas |
| Misceláneas | |
Frecuencia de publicación de datos | Cada 2 años con correcciones y actualizaciones mensuales. |
| Política de curación | Curado manualmente |
La base de datos del metaboloma humano (HMDB) [1] [2] [3] [4] es una base de datos en línea, completa, de alta calidad y de libre acceso sobre metabolitos de moléculas pequeñas que se encuentran en el cuerpo humano. Ha sido creada por el Proyecto del Metaboloma Humano financiado por Genome Canada [5] y es una de las primeras bases de datos dedicadas a la metabolómica . La HMDB facilita la investigación en metabolómica humana, incluida la identificación y caracterización de metabolitos humanos mediante espectroscopia de RMN , espectrometría GC-MS y espectrometría LC/MS . Para ayudar en este proceso de descubrimiento, la HMDB contiene tres tipos de datos: 1) datos químicos, 2) datos clínicos y 3) datos de biología molecular / bioquímica (Fig. 1–3). Los datos químicos incluyen 41.514 estructuras de metabolitos con descripciones detalladas junto con casi 10.000 espectros de RMN, GC-MS y LC/MS.
Los datos clínicos incluyen información sobre >10,000 concentraciones de metabolitos en biofluidos e información sobre la concentración de metabolitos en más de 600 enfermedades humanas diferentes . Los datos bioquímicos incluyen 5,688 secuencias de proteínas (y ADN ) y más de 5,000 reacciones bioquímicas vinculadas a estas entradas de metabolitos. [5] Cada entrada de metabolito en la HMDB contiene más de 110 campos de datos con 2/3 de la información dedicada a datos químicos/clínicos y el otro 1/3 dedicado a datos enzimáticos o bioquímicos. Muchos campos de datos están hipervinculados a otras bases de datos ( KEGG , MetaCyc , PubChem , Protein Data Bank , ChEBI , Swiss-Prot y GenBank ) y una variedad de subprogramas de visualización de estructuras y vías. La base de datos HMDB admite extensas búsquedas de texto, secuencia, espectro, estructura química y consultas relacionales . Se ha utilizado ampliamente en metabolómica, química clínica , descubrimiento de biomarcadores y educación bioquímica general.
Cuatro bases de datos adicionales, DrugBank, [6] [7] [8] T3DB, [9] SMPDB [10] y FooDB también forman parte del conjunto de bases de datos HMDB. DrugBank contiene información equivalente sobre ~1.600 fármacos y metabolitos de fármacos, T3DB contiene información sobre 3.100 toxinas y contaminantes ambientales comunes , SMPDB contiene diagramas de vías para 700 vías metabólicas y de enfermedades humanas, mientras que FooDB contiene información equivalente sobre ~28.000 componentes alimentarios y aditivos alimentarios .
Historial de versiones
La primera versión de HMDB se publicó el 1 de enero de 2007, [1] seguida de dos versiones posteriores el 1 de enero de 2009 (versión 2.0), [2] el 1 de agosto de 2009 (versión 2.5), el 18 de septiembre de 2012 (versión 3.0) [4] y el 1 de enero de 2013 (versión 3.5), [11] 2017 (versión 4.0) [12] 2022 (versión 5.0) [11] Los detalles de cada una de las principales versiones de HMDB (hasta la versión 5.0) se proporcionan en la Tabla 1.
| Estado de contenido o característica de la base de datos | Base de datos de datos móviles (versión 1.0) | Base de datos de datos móviles (versión 2.0) | Base de datos de datos móviles (versión 3.0) | Base de datos de datos móviles (versión 4.0) | Base de datos de datos móviles (versión 5.0) |
|---|---|---|---|---|---|
| Número de metabolitos | 2.180 | 6.408 | 37.170 | 114.100 | 220.945 |
| Número de sinónimos únicos de metabolitos | 27.700 | 43.882 | 152.364 | − | − |
| Número de compuestos relacionados con enfermedades | 862 | 1.002 | 3.948 | 22.605 | 22.600 |
| Número de compuestos con datos de concentración en biofluidos o tejidos | 883 | 4.413 | 6.796 | − | − |
| Número de compuestos con referencias de síntesis química | 220 | 1.647 | 8,863 | 72.604 | 78.841 |
| Número de compuestos con espectros de RMN de 1H y/o 13C de referencia experimental | 385 | 792 | 1.054 | 2.801 | 12.216 |
| Número de compuestos con espectros MS/MS de referencia | 390 | 799 | 1.249 | 1,544 | 4.064 |
| Número de compuestos con datos de referencia de GC-MS | 0 | 279 | 884 | 7,418 | 11,493 |
| Número de mapas de vías específicas de los humanos | 26 | 58 | 442 | − | − |
| Número de compuestos en la biblioteca del metaboloma humano | 607 | 920 | 1.031 | − | − |
| Número de campos de datos de HMDB | 91 | 102 | 114 | 130 | 130 |
| Número de propiedades moleculares previstas | 2 | 2 | 10 | − | − |
Alcance y acceso
Todos los datos de HMDB no son de propiedad exclusiva o se derivan de una fuente que no es de propiedad exclusiva. Son de libre acceso y están disponibles para cualquier persona. Además, casi todos los elementos de datos son totalmente rastreables y se hace referencia explícita a la fuente original. Los datos de HMDB están disponibles a través de una interfaz web pública y de descargas.
Véase también
- BARRIL
- Banco de medicamentos
- Base de datos SMP
- MetaCiclo
- Base de datos del metaboloma bovino
- Metaboloma
- Metabolómica
- Lista de bases de datos biológicas
Referencias
- ^ abc Wishart, David S.; Tzur, Dan; Knox, Craig; Eisner, Roman; Guo, An Chi; Young, Nelson; Cheng, Dean; Jewell, Kevin; Arndt, David; Sawhney, Summit; Fung, Chris; Nikolai, Lisa; Lewis, Mike; Coutouly, Marie-Aude; Forsythe, Ian J.; Tang, Peter; Shrivastava, Savita; Jeroncic, Kevin; Stothard, Paul; Amegbey, Godwin; Block, David; Hau, David D.; Wagner, James; Miniaci, Jessica; Clements, Melisa; Gebremedhin, Mulu; Guo, Natalie; Zhang, Ying; Duggan, Gavin E.; Macinnis, Glen D.; Weljie, Alim M.; Dowlatabadi, Reza; Bamforth, Fiona; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Li, Liang; Marrie, Tom; Sykes, Brian D.; Vogel, Hans J.; Querengesser, Lori (1 de enero de 2007). "HMDB: la base de datos del metabolobolo humano". Nucleic Acids Research . 35 (D1): D521–D526. doi :10.1093/nar/gkl923. PMC 1899095 . PMID 17202168.
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