ARN ribosómico 28S
Componente de ARN de la subunidad grande del ribosoma eucariota
Filogenias del ADN ribosómico mitocondrial 16S y nuclear 28S de tres especies de moluscos pertenecientes al género Waldo .

El ARN ribosómico 28S es el ARN ribosómico estructural (ARNr) de la subunidad grande (LSU) de los ribosomas citoplasmáticos eucariotas y, por lo tanto, uno de los componentes básicos de todas las células eucariotas. Tiene un tamaño de 25S en las plantas y 28S en los mamíferos, de ahí el alias de ARNr 25S–28S . [1]

Combinado con el ARNr 5.8S en el lado 5', es el homólogo nuclear eucariota del ARN ribosómico procariota 23S y mitocondrial 16S . [2] [3] [4]

Uso en filogenia

Los genes que codifican el ARNr 28S se denominan ADNr 28S. La comparación de las secuencias de estos genes se utiliza a veces en análisis molecular para construir árboles filogenéticos , por ejemplo en protistas , [5] hongos , [6] insectos , [7] arácnidos , [8] tardígrados , [9] y vertebrados . [10] [11]

Estructura

El ARNr 28S tiene una longitud típica de entre 4000 y 5000 nt. [12]

Algunos eucariotas dividen el ARNr 28S en dos partes antes de ensamblarlas en el ribosoma, un fenómeno denominado "ruptura oculta". [12]

Bases de datos

Varias bases de datos proporcionan alineaciones y anotaciones de secuencias de ARNr de LSU con fines comparativos :

  • RDP, [13] el Proyecto de Base de Datos Ribosomal; [14] [15]
  • SILVA, un proyecto de base de datos de genes de ARN ribosómico. [16]

Referencias

  1. ^ Lodish, Harvey F.; Darnell, James E. (1 de enero de 1995). Biología celular molecular . Libros de Scientific American. ISBN 978-0-7167-2380-6.OCLC 30783343  .
  2. ^ Eperon, IC; Anderson, S.; Nierlich, DP (31 de julio de 1980). "Secuencia distintiva de genes de ARN ribosómico mitocondrial humano". Nature . 286 (5772): 460–467. Bibcode :1980Natur.286..460E. doi :10.1038/286460a0. PMID  6157106. S2CID  4262269.
  3. ^ Doris, Stephen M.; Smith, Deborah R.; Beamesderfer, Julia N.; Raphael, Benjamin J.; Nathanson, Judith A.; Gerbi, Susan A. (octubre de 2015). "Secuencias universales y específicas de dominio en el ARN ribosómico 23S-28S identificadas mediante filogenética computacional". ARN . 21 (10): 1719–1730. doi : 10.1261/rna.051144.115 . PMC 4574749 . PMID  26283689. 
  4. ^ Lafontaine, DLJ; Tollervey, D. (2001). "La función y síntesis de los ribosomas". Nature Reviews Molecular Cell Biology . 2 (7): 514–520. doi :10.1038/35080045. hdl : 1842/729 . PMID  11433365. S2CID  2637106.
  5. ^ Baroin, A.; Perasso, R.; Qu, LH; Brugerolle, G.; Bachellerie, JP; Adoutte, A. (1988-05-01). "Filogenia parcial de los eucariotas unicelulares basada en la secuenciación rápida de una porción del ARN ribosómico 28S". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 85 (10): 3474–3478. Bibcode :1988PNAS...85.3474B. doi : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN  0027-8424. PMC 280234 . PMID  3368456. 
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  14. ^ Olsen, GJ; Overbeek, R.; Larsen, N.; Marsh, TL; McCaughey, MJ; Maciukenas, MA; Kuan, W.-M.; Macke, TJ; Xing, Y. (11 de mayo de 1992). "El proyecto de base de datos ribosomal". Investigación de ácidos nucleicos . 20 (suppl): 2199–2200. doi :10.1093/nar/20.suppl.2199. ISSN  0305-1048. PMC 333993 . PMID  1598241. 
  15. ^ Cole, James R.; Wang, Qiong; Fish, Jordan A.; Chai, Benli; McGarrell, Donna M.; Sun, Yanni; Brown, C. Titus; Porras-Alfaro, Andrea; Kuske, Cheryl R. (1 de enero de 2014). "Proyecto de base de datos ribosomal: datos y herramientas para el análisis de ARNr de alto rendimiento". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (D1): D633–D642. doi :10.1093/nar/gkt1244. ISSN  0305-1048. PMC 3965039 . PMID  24288368. 
  16. ^ Quast, C.; Pruesse, E.; Yilmaz, P.; Gerken, J.; Schweer, T.; Yarza, P.; Peplies, J.; Glockner, FO (1 de enero de 2013). "El proyecto de base de datos de genes de ARN ribosomal SILVA: procesamiento de datos mejorado y herramientas basadas en la web". Investigación de ácidos nucleicos . 41 (D1): D590–D596. doi :10.1093/nar/gks1219. ISSN  0305-1048. PMC 3531112 . PMID  23193283. 
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